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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1mbc | ||||||
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タイトル | X-RAY STRUCTURE AND REFINEMENT OF CARBON-MONOXY (FE II)-MYOGLOBIN AT 1.5 ANGSTROMS RESOLUTION | ||||||
要素 | MYOGLOBIN | ||||||
キーワード | OXYGEN STORAGE | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 酸化還元酵素; 他の含窒素化合物が電子供与する / nitrite reductase activity / sarcoplasm / 酸化還元酵素; 過酸化物を電子受容体にする; ペルオキシダーゼ / removal of superoxide radicals / oxygen carrier activity / peroxidase activity / oxygen binding / heme binding / extracellular exosome / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Physeter catodon (マッコウクジラ) | ||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 1.5 Å | ||||||
データ登録者 | Kuriyan, J. / Petsko, G.A. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1986 タイトル: X-ray structure and refinement of carbon-monoxy (Fe II)-myoglobin at 1.5 A resolution. 著者: Kuriyan, J. / Wilz, S. / Karplus, M. / Petsko, G.A. #1: ジャーナル: Proteins / 年: 1987 タイトル: Estimation of Uncertainties in X-Ray Refinement Results by Use of Perturbed Structures 著者: Kuriyan, J. / Karplus, M. / Petsko, G.A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1mbc.cif.gz | 47.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1mbc.ent.gz | 33.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1mbc.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1mbc_validation.pdf.gz | 486.2 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1mbc_full_validation.pdf.gz | 498.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1mbc_validation.xml.gz | 8.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1mbc_validation.cif.gz | 12 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mb/1mbc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mb/1mbc | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ |
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-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Atom site foot note | 1: SEE REMARK 4. |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 17234.951 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Physeter catodon (マッコウクジラ) 参照: UniProt: P02185 |
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#2: 化合物 | ChemComp-SO4 / |
#3: 化合物 | ChemComp-HEM / |
#4: 化合物 | ChemComp-CMO / |
#5: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.8 % |
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結晶化 | *PLUS 手法: unknown |
-データ収集
放射 | 散乱光タイプ: x-ray |
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放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 1.5 Å / 最低解像度: 10 Å / Num. obs: 10448 / Num. measured all: 18520 |
-解析
ソフトウェア | 名称: PROLSQ / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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精密化 | Rfactor obs: 0.171 / 最高解像度: 1.5 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 最高解像度: 1.5 Å
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拘束条件 |
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精密化 | *PLUS 最低解像度: 10 Å / 最高解像度: 2.5 Å / Rfactor obs: 0.171 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS タイプ: p_mcbond_it / Dev ideal: 0.9 |