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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1mas | ||||||
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タイトル | PURINE NUCLEOSIDE HYDROLASE | ||||||
要素 | INOSINE-URIDINE NUCLEOSIDE N-RIBOHYDROLASE | ||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / PURINE NUCLEOSIDE HYDROLASE / PURINE NUCLEOSIDASE (プリンヌクレオシダーゼ) / IU-NH | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 イノシンヌクレオシダーゼ / uridine nucleosidase / inosine nucleosidase activity / uridine nucleosidase activity / organonitrogen compound metabolic process / nucleotide metabolic process / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Crithidia fasciculata (真核生物) | ||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 2.5 Å | ||||||
データ登録者 | Degano, M. / Gopaul, D.N. / Scapin, G. / Schramm, V.L. / Sacchettini, J.C. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 1996 タイトル: Three-dimensional structure of the inosine-uridine nucleoside N-ribohydrolase from Crithidia fasciculata. 著者: Degano, M. / Gopaul, D.N. / Scapin, G. / Schramm, V.L. / Sacchettini, J.C. #1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1996 タイトル: Inosine-Uridine Nucleoside Hydrolase from Crithidia Fasciculata. Genetic Characterization, Crystallization, and Identification of Histidine 241 as a Catalytic Site Residue 著者: Gopaul, D.N. / Meyer, S.L. / Degano, M. / Sacchettini, J.C. / Schramm, V.L. #2: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1991 タイトル: Transition-State Analysis of Nucleoside Hydrolase from Crithidia Fasciculata 著者: Horenstein, B.A. / Parkin, D.W. / Estupinan, B. / Schramm, V.L. #3: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1991 タイトル: Nucleoside Hydrolase from Crithidia Fasciculata 著者: Parkin, D.W. / Horenstein, B.A. / Abdulah, D.R. / Estupinan, B. / Schramm, V.L. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1mas.cif.gz | 127.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1mas.ent.gz | 99.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1mas.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ma/1mas ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ma/1mas | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper: (Code: given Matrix: (-0.3301, 0.943796, 0.016835), ベクター: |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 34206.480 Da / 分子数: 2 / 変異: P2A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Crithidia fasciculata (真核生物) / 遺伝子: IU-NH FROM C.FASCICULATA / プラスミド: PET3D-IUNH / 遺伝子 (発現宿主): IU-NH FROM C.FASCICULATA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q27546, プリンヌクレオシダーゼ #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.76 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.49 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | *PLUS 温度: 22 ℃ / pH: 7.4 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
放射光源 | 波長: 1.5418 |
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検出器 | タイプ: SIEMENS / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1995年1月24日 |
放射 | 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.5→99 Å / Num. obs: 25989 / % possible obs: 96.1 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.071 |
反射 | *PLUS Rmerge(I) obs: 0.075 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2.5→99 Å / σ(F): 2 詳細: TORSION ANGLES NOT RESTRAINED. MEAN B VALUE IS 28.07 ANGSTROMS**. X-PLOR ALSO WAS USED. THE MOLECULE DENOTED BY CHAIN IDENTIFIER B SUFFERS A HIGHER DEGREE OF DISORDER, AS JUDGED FROM THE ...詳細: TORSION ANGLES NOT RESTRAINED. MEAN B VALUE IS 28.07 ANGSTROMS**. X-PLOR ALSO WAS USED. THE MOLECULE DENOTED BY CHAIN IDENTIFIER B SUFFERS A HIGHER DEGREE OF DISORDER, AS JUDGED FROM THE TEMPERATURE FACTORS THAT ARE CONSIDERABLY HIGHER.
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.5→99 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: TNT / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 2.5 Å / Rfactor obs: 0.17 / Rfactor Rwork: 0.17 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS タイプ: t_angle_deg / Dev ideal: 1.51 |