+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1m5z | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | The PDZ7 of Glutamate Receptor Interacting Protein Binds to its Target via a Novel Hydrophobic Surface Area | ||||||
要素 | AMPA receptor interacting protein | ||||||
キーワード | PROTEIN BINDING (タンパク質) / six beta-strands and two alpha-helices | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 regulation of synaptic scaling / exocyst / vesicle-mediated transport in synapse / dendrite arborization / positive regulation of neuron projection arborization / proximal dendrite / neurotransmitter receptor transport, endosome to postsynaptic membrane / cellular response to phorbol 13-acetate 12-myristate / positive regulation of dendrite morphogenesis / spine synapse ...regulation of synaptic scaling / exocyst / vesicle-mediated transport in synapse / dendrite arborization / positive regulation of neuron projection arborization / proximal dendrite / neurotransmitter receptor transport, endosome to postsynaptic membrane / cellular response to phorbol 13-acetate 12-myristate / positive regulation of dendrite morphogenesis / spine synapse / presynaptic active zone / dendritic spine neck / dendritic spine head / Trafficking of GluR2-containing AMPA receptors / GABA-ergic synapse / synaptic cleft / cellular response to brain-derived neurotrophic factor stimulus / ionotropic glutamate receptor binding / dendritic shaft / synaptic membrane / PDZ domain binding / positive regulation of protein localization to plasma membrane / protein localization / terminal bouton / cerebral cortex development / recycling endosome / presynapse / GTPase binding / presynaptic membrane / nervous system development / perikaryon / postsynaptic membrane / postsynapse / 微小管 / 樹状突起スパイン / postsynaptic density / neuron projection / 脂質ラフト / signaling receptor binding / 樹状突起 / neuronal cell body / glutamatergic synapse / シナプス / endoplasmic reticulum membrane / perinuclear region of cytoplasm / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Rattus norvegicus (ドブネズミ) | ||||||
手法 | 溶液NMR / torsion angle dynamics | ||||||
データ登録者 | Feng, W. / Fan, J. / Jiang, M. / Shi, Y. / Zhang, M. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2002 タイトル: The PDZ7 of Glutamate Receptor Interacting Protein Binds to its Target via a Novel Hydrophobic Surface Area 著者: Feng, W. / Fan, J.-S. / Jiang, M. / Shi, Y.-W. / Zhang, M. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1m5z.cif.gz | 549 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb1m5z.ent.gz | 475.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1m5z.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m5/1m5z ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m5/1m5z | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| |||||||||
NMR アンサンブル |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 9979.455 Da / 分子数: 1 断片: The Seventh PDZ Domain of Glutamate Receptor Interacting Protein 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / プラスミド: pET32a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P97879 |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
NMR実験 |
|
-試料調製
詳細 |
| |||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
試料状態 | イオン強度: 100mM potassium phosphate buffer / pH: 6.5 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K | |||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: その他 / 詳細: NMR |
-NMR測定
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M | |||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
放射波長 | 相対比: 1 | |||||||||||||||
NMRスペクトロメーター |
|
-解析
NMR software |
| ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1 詳細: the structures are based on a total of 1826 restraints, 1644 are NOE-derived distance constraints, 126 dihedral angle restraints, 56 distance restraints from hydrogen bonds | ||||||||||||
代表構造 | 選択基準: closest to the average | ||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy 計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20 |