[日本語] English
万見
- PDB-1m5x: Crystal structure of the homing endonuclease I-MsoI bound to its ... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1m5x
タイトルCrystal structure of the homing endonuclease I-MsoI bound to its DNA substrate
要素
  • 5'-D(*CP*GP*GP*AP*AP*CP*TP*GP*TP*CP*TP*CP*AP*CP*GP*AP*CP*GP*TP*TP*CP*TP*GP*C)-3'
  • 5'-D(*GP*CP*AP*GP*AP*AP*CP*GP*TP*CP*GP*TP*GP*AP*GP*AP*CP*AP*GP*TP*TP*CP*CP*G)-3'
  • DNA endonuclease I-MsoI
キーワードHYDROLASE/DNA / LAGLIDADG / HYDROLASE-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


葉緑体 / endonuclease activity
類似検索 - 分子機能
LAGLIDADG endonuclease / Homing endonucleases / Endonuclease I-creI / Homing endonuclease, LAGLIDADG / Homing endonuclease / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
デオキシリボ核酸 / DNA (> 10) / Site-specific DNA endonuclease I-MsoI / :
類似検索 - 構成要素
生物種Monomastix sp. (植物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.25 Å
データ登録者Chevalier, B. / Turmel, M. / Lemieux, C. / Monnat, R.J. / Stoddard, B.L.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2003
タイトル: Flexible DNA Target Site Recognition by Divergent Homing Endonuclease Isoschizomers I-CreI and I-MsoI
著者: Chevalier, B. / Turmel, M. / Lemieux, C. / Monnat, R.J. / Stoddard, B.L.
履歴
登録2002年7月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年6月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32018年3月7日Group: Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow
Item: _exptl_crystal_grow.pdbx_details / _exptl_crystal_grow.temp
改定 1.42024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
C: 5'-D(*GP*CP*AP*GP*AP*AP*CP*GP*TP*CP*GP*TP*GP*AP*GP*AP*CP*AP*GP*TP*TP*CP*CP*G)-3'
D: 5'-D(*CP*GP*GP*AP*AP*CP*TP*GP*TP*CP*TP*CP*AP*CP*GP*AP*CP*GP*TP*TP*CP*TP*GP*C)-3'
A: DNA endonuclease I-MsoI
B: DNA endonuclease I-MsoI
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,8057
ポリマ－53,6844
非ポリマー1203
水4,125229
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)41.510, 42.210, 71.320
Angle α, β, γ (deg.)73.34, 73.17, 71.09
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

#1: DNA鎖 5'-D(*GP*CP*AP*GP*AP*AP*CP*GP*TP*CP*GP*TP*GP*AP*GP*AP*CP*AP*GP*TP*TP*CP*CP*G)-3'


分子量: 7419.792 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: target DNA (Watson strand)
#2: DNA鎖 5'-D(*CP*GP*GP*AP*AP*CP*TP*GP*TP*CP*TP*CP*AP*CP*GP*AP*CP*GP*TP*TP*CP*TP*GP*C)-3'


分子量: 7321.716 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: target DNA (Crick strand)
#3: タンパク質 DNA endonuclease I-MsoI


分子量: 19471.416 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Monomastix sp. (植物) / 株: OKE-1 / プラスミド: pI-MsoI / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21[DE3] / 参照: UniProt: Q8WKW7, UniProt: C0JWR6*PLUS
#4: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 229 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.58 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: PEG 400, sodium chloride, calcium chloride, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1PEG 40011
2NaCl塩化ナトリウム11
3CaCl211
4NaCl塩化ナトリウム12
5CaCl212
結晶化
*PLUS
温度: 18 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / PH range low: 7.9 / PH range high: 7.3
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
119-22 %PEG4001reservoir
2100 mMTris1reservoirpH7.3-7.9
310 mM1reservoirCaCl2
420 mM1reservoirNaCl
53.5 mg/mlprotein1drop

-
データ収集

回折平均測定温度: 200 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1 Å
検出器検出器: CCD / 日付: 2001年3月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.25→50 Å / Num. obs: 20335 / % possible obs: 97.6 % / Biso Wilson estimate: 23.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.035 / Net I/σ(I): 26.1
反射 シェル解像度: 2.25→2.39 Å / Rmerge(I) obs: 0.076 / Mean I/σ(I) obs: 9.79 / % possible all: 96.9
反射
*PLUS
Num. obs: 19849 / % possible obs: 97.5 % / Num. measured all: 38547 / Rmerge(I) obs: 0.03
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 96.9 %

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
SCALEPACKデータスケーリング
EPMR位相決定
CNS1精密化
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: poly ananine I-CreI/DNA complex

解像度: 2.25→19.96 Å / Rfactor Rfree error: 0.008 / Data cutoff high absF: 881264.79 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.255 956 4.8 %RANDOM
Rwork0.219 ---
obs-19849 97.7 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 43.7588 Å2 / ksol: 0.352117 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 38.3 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-7.08 Å2-6.22 Å24.61 Å2
2--4.05 Å29.45 Å2
3----11.12 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error free: 0.35 Å / Luzzati sigma a free: 0.36 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.25→19.96 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2612 978 3 229 3822
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d21.5
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.17
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.491.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.352
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.92
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.92.5
LS精密化 シェル解像度: 2.25→2.39 Å / Rfactor Rfree error: 0.022 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.302 184 5.6 %
Rwork0.266 3112 -
obs--96.8 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2DNA-RNA_REP.PARAM
X-RAY DIFFRACTION3ION.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION4WATER_REP.PARAMION.TOP
精密化
*PLUS
最低解像度: 50 Å / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor Rfree: 0.253 / Rfactor Rwork: 0.218
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.22
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg21.5
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg1.17

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る