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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1lzg | |||||||||
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タイトル | DISSECTION OF PROTEIN-CARBOHYDRATE INTERACTIONS IN MUTANT HEN EGG-WHITE LYSOZYME COMPLEXES AND THEIR HYDROLYTIC ACTIVITY | |||||||||
要素 | HEN EGG WHITE LYSOZYME | |||||||||
キーワード | HYDROLASE (O-GLYCOSYL) | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 抗微生物ペプチド / Neutrophil degranulation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / cell wall macromolecule catabolic process / リゾチーム / lysozyme activity / killing of cells of another organism / defense response to Gram-negative bacterium / defense response to Gram-positive bacterium / defense response to bacterium ...抗微生物ペプチド / Neutrophil degranulation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / cell wall macromolecule catabolic process / リゾチーム / lysozyme activity / killing of cells of another organism / defense response to Gram-negative bacterium / defense response to Gram-positive bacterium / defense response to bacterium / 小胞体 / extracellular space / identical protein binding / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Gallus gallus (ニワトリ) | |||||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 1.8 Å | |||||||||
データ登録者 | Maenaka, K. / Matsushima, M. / Song, H. / Watanabe, K. / Kumagai, I. | |||||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1995 タイトル: Dissection of protein-carbohydrate interactions in mutant hen egg-white lysozyme complexes and their hydrolytic activity. 著者: Maenaka, K. / Matsushima, M. / Song, H. / Sunada, F. / Watanabe, K. / Kumagai, I. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1lzg.cif.gz | 36.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1lzg.ent.gz | 26.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1lzg.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lz/1lzg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lz/1lzg | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 14292.125 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / 器官: EGG / 参照: UniProt: P00698, リゾチーム |
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#2: 多糖 | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.11 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | *PLUS 温度: 20 ℃ / pH: 4.7 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
放射 | 散乱光タイプ: x-ray |
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放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.8→6 Å / Num. obs: 8461 |
反射 | *PLUS Num. obs: 8821 / % possible obs: 75.1 % / Num. measured all: 38863 / Rmerge(I) obs: 0.0589 |
-解析
ソフトウェア | 名称: PROLSQ / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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精密化 | Rfactor obs: 0.159 / 最高解像度: 1.8 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 最高解像度: 1.8 Å
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拘束条件 |
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精密化 | *PLUS 最低解像度: 6 Å / Num. reflection obs: 8461 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |