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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1lys | ||||||
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タイトル | X-RAY STRUCTURE OF A MONOCLINIC FORM OF HEN EGG-WHITE LYSOZYME CRYSTALLIZED AT 313K. COMPARISON OF TWO INDEPENDENT MOLECULES | ||||||
要素 | HEN EGG WHITE LYSOZYME | ||||||
キーワード | HYDROLASE(O-GLYCOSYL) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 抗微生物ペプチド / Neutrophil degranulation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / cell wall macromolecule catabolic process / リゾチーム / lysozyme activity / killing of cells of another organism / defense response to Gram-negative bacterium / defense response to Gram-positive bacterium / defense response to bacterium ...抗微生物ペプチド / Neutrophil degranulation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / cell wall macromolecule catabolic process / リゾチーム / lysozyme activity / killing of cells of another organism / defense response to Gram-negative bacterium / defense response to Gram-positive bacterium / defense response to bacterium / 小胞体 / extracellular space / identical protein binding / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Gallus gallus (ニワトリ) | ||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 1.72 Å | ||||||
データ登録者 | Harata, K. | ||||||
引用 | ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 1994 タイトル: X-ray structure of a monoclinic form of hen egg-white lysozyme crystallized at 313 K. Comparison of two independent molecules. 著者: Harata, K. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1lys.cif.gz | 60.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1lys.ent.gz | 48.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1lys.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ly/1lys ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ly/1lys | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
類似構造データ |
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-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper: (Code: given Matrix: (0.9998, -0.0425, 0.0241), ベクター: |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 14331.160 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / 参照: UniProt: P00698, リゾチーム #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.79 Å3/Da / 溶媒含有率: 31.11 % | ||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | *PLUS 温度: 313 K / pH: 7.6 / 手法: unknown / 詳細: pH was adjusted to 7.6 with 0.1 M HCl | ||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
放射 | 散乱光タイプ: x-ray |
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放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 1.72 Å / Num. obs: 18391 / % possible obs: 87.5 % / Rmerge(I) obs: 0.061 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 1.72→10 Å / Rfactor Rwork: 0.187 / Rfactor obs: 0.187 / σ(F): 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.72→10 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 1.72 Å / 最低解像度: 10 Å / Num. reflection obs: 18260 / σ(F): 3 / Rfactor obs: 0.187 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS タイプ: x_angle_d / Dev ideal: 3 |