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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1lxk | |||||||||
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タイトル | Streptococcus pneumoniae Hyaluronate Lyase in Complex with Tetrasaccharide Hyaluronan Substrate | |||||||||
要素 | Hyaluronate Lyase | |||||||||
キーワード | LYASE / PROTEIN-CARBOHYDRATE COMPLEX | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 hyaluronate lyase / hyaluronate lyase activity / hydrolase activity, acting on glycosyl bonds / carbohydrate binding / carbohydrate metabolic process / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.53 Å | |||||||||
データ登録者 | Jedrzejas, M.J. / Mello, L.V. / De Groot, B.L. / Li, S. | |||||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2002 タイトル: Mechanism of hyaluronan degradation by Streptococcus pneumoniae hyaluronate lyase. Structures of complexes with the substrate. 著者: Jedrzejas, M.J. / Mello, L.V. / de Groot, B.L. / Li, S. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1lxk.cif.gz | 174.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1lxk.ent.gz | 134.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1lxk.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1lxk_validation.pdf.gz | 754.4 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1lxk_full_validation.pdf.gz | 800.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1lxk_validation.xml.gz | 36.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1lxk_validation.cif.gz | 55.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lx/1lxk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lx/1lxk | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 82301.641 Da / 分子数: 1 / 変異: Y408F / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌) プラスミド: pET21 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: GenBank: 437705, UniProt: Q54873*PLUS, hyaluronate lyase |
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#2: 多糖 | beta-D-glucopyranuronic acid-(1-3)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D- ...beta-D-glucopyranuronic acid-(1-3)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranuronic acid-(1-3)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.03 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 詳細: AMMONIUM SULFATE, SODIUM Cacodylate, pH 6.00, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 22 ℃ / pH: 7.4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 298 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 1 |
検出器 | タイプ: OXFORD / 検出器: CCD / 日付: 2001年3月20日 |
放射 | モノクロメーター: SI / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.53→50 Å / Num. obs: 124799 / % possible obs: 93.1 % |
反射 シェル | 解像度: 1.53→1.58 Å / % possible all: 49.8 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 1.52 Å / 最低解像度: 50 Å / Num. obs: 124927 / Num. measured all: 904361 / Rmerge(I) obs: 0.08 |
反射 シェル | *PLUS 最高解像度: 1.52 Å / 最低解像度: 1.59 Å / % possible obs: 49.8 % / Rmerge(I) obs: 0.611 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.53→20 Å / σ(F): 2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.53→20 Å
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精密化 | *PLUS 最高解像度: 1.52 Å / 最低解像度: 50 Å / % reflection Rfree: 1 % / Rfactor Rwork: 0.19 | ||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS 最高解像度: 1.52 Å / 最低解像度: 1.59 Å / Rfactor Rfree: 0.395 / Rfactor Rwork: 0.33 |