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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1ltz | ||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF CHROMOBACTERIUM VIOLACEUM PHENYLALANINE HYDROXYLASE, STRUCTURE HAS BOUND IRON (III) AND OXIDIZED COFACTOR 7,8-DIHYDROBIOPTERIN | ||||||
要素 | PHENYLALANINE-4-HYDROXYLASE | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / HYDROXYLASE (ヒドロキシル化) / PHENYLALANINE (フェニルアラニン) / DIHYDROBIOPTERIN (ジヒドロビオプテリン) / BACTERIAL ENZYME | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 フェニルアラニンヒドロキシラーゼ / phenylalanine 4-monooxygenase activity / L-phenylalanine catabolic process / iron ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Chromobacterium violaceum (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / Difference map / 解像度: 1.4 Å | ||||||
データ登録者 | Erlandsen, H. / Kim, J.Y. / Patch, M.G. / Han, A. / Volner, A. / Abu-Omar, M.M. / Stevens, R.C. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2002 タイトル: Structural comparison of bacterial and human iron-dependent phenylalanine hydroxylases: similar fold, different stability and reaction rates. 著者: Erlandsen, H. / Kim, J.Y. / Patch, M.G. / Han, A. / Volner, A. / Abu-Omar, M.M. / Stevens, R.C. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1ltz.cif.gz | 77.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1ltz.ent.gz | 56.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1ltz.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lt/1ltz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lt/1ltz | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 33627.969 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Chromobacterium violaceum (バクテリア) プラスミド: pET-3a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)PLysS 参照: UniProt: P30967, フェニルアラニンヒドロキシラーゼ |
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#2: 化合物 | ChemComp-FE / |
#3: 化合物 | ChemComp-CL / |
#4: 化合物 | ChemComp-HBI / |
#5: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.89 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: ammonium sulfate, NaCl, HEPES buffer, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277.15K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 4 ℃ | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2000年11月8日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.4→20 Å / Num. all: 54370 / Num. obs: 54730 / % possible obs: 95.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 9 % / Rmerge(I) obs: 0.057 / Net I/σ(I): 28 |
反射 シェル | 解像度: 1.4→1.42 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.427 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique all: 1910 / % possible all: 67.2 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 1.4 Å / 最低解像度: 20 Å / 冗長度: 9-12 / Num. measured all: 54730 / Rmerge(I) obs: 0.057 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 67.2 % / Rmerge(I) obs: 0.427 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: Difference map 開始モデル: PDB ENTRY 1LTU 解像度: 1.4→20 Å / Isotropic thermal model: anisotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.4→20 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: 'CNS, SHELZ' / バージョン: 97 / 分類: refinement | |||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 1.4 Å / 最低解像度: 20 Å / Rfactor Rfree: 0.223 / Rfactor Rwork: 0.159 | |||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS 最高解像度: 1.4 Å / 最低解像度: 1.42 Å |