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- PDB-1ltt: LACTOSE BINDING TO HEAT-LABILE ENTEROTOXIN REVEALED BY X-RAY CRYS... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ltt
タイトルLACTOSE BINDING TO HEAT-LABILE ENTEROTOXIN REVEALED BY X-RAY CRYSTALLOGRAPHY
要素
  • (HEAT-LABILE ENTEROTOXIN, SUBUNIT AHeat-labile enterotoxin family) x 2
  • HEAT-LABILE ENTEROTOXIN, SUBUNIT BHeat-labile enterotoxin family
キーワードTOXIN (毒素)
機能・相同性
機能・相同性情報


toxin activity / killing of cells of another organism / extracellular space / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #240 / Heat-labile enterotoxin, A chain / Heat-labile enterotoxin alpha chain / Heat-Labile Enterotoxin; Chain A / Heat-Labile Enterotoxin, subunit A / Heat-labile enterotoxin, B chain / Heat-labile enterotoxin beta chain / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #110 / エンテロトキシン / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces ...Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #240 / Heat-labile enterotoxin, A chain / Heat-labile enterotoxin alpha chain / Heat-Labile Enterotoxin; Chain A / Heat-Labile Enterotoxin, subunit A / Heat-labile enterotoxin, B chain / Heat-labile enterotoxin beta chain / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #110 / エンテロトキシン / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Alpha-Beta Complex / Up-down Bundle / Βバレル / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
beta-lactose / Heat-labile enterotoxin A chain / Heat-labile enterotoxin B chain
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Sixma, T.K. / Hol, W.G.J.
引用
ジャーナル: Nature / 年: 1992
タイトル: Lactose binding to heat-labile enterotoxin revealed by X-ray crystallography.
著者: Sixma, T.K. / Pronk, S.E. / Kalk, K.H. / van Zanten, B.A. / Berghuis, A.M. / Hol, W.G.
#1: ジャーナル: Nature / 年: 1991
タイトル: Crystal Structure of a Cholera Toxin-Related Heat-Labile Enterotoxin from E. Coli
著者: Sixma, T.K. / Pronk, S.E. / Kalk, K.H. / Wartna, E.S. / Van Zanten, B.A.M. / Witholt, B. / Hol, W.G.J.
#2: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1993
タイトル: Refined Structure of E. Coli Heat Labile Enterotoxin, a Close Relative of Cholera Toxin
著者: Sixma, T.K. / Van Zanten, B.A.M. / Dauter, Z. / Hol, W.G.J.
履歴
登録1992年7月15日処理サイト: BNL
改定 1.01994年1月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_database_status / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_database_status.process_site / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
D: HEAT-LABILE ENTEROTOXIN, SUBUNIT B
E: HEAT-LABILE ENTEROTOXIN, SUBUNIT B
F: HEAT-LABILE ENTEROTOXIN, SUBUNIT B
G: HEAT-LABILE ENTEROTOXIN, SUBUNIT B
H: HEAT-LABILE ENTEROTOXIN, SUBUNIT B
A: HEAT-LABILE ENTEROTOXIN, SUBUNIT A
C: HEAT-LABILE ENTEROTOXIN, SUBUNIT A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,05712
ポリマ－85,3467
非ポリマー1,7115
水6,017334
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)119.800, 101.200, 64.200
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Atom site foot note1: CIS PROLINE - PRO D 93 / 2: CIS PROLINE - PRO E 93 / 3: CIS PROLINE - PRO F 93 / 4: CIS PROLINE - PRO G 93 / 5: CIS PROLINE - PRO H 93 / 6: CIS PROLINE - PRO A 178
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.986307, 0.072994, -0.147886), (-0.163423, 0.312057, -0.935902), (-0.022166, 0.947255, 0.319713)1.547, 63.178, -21.273
2given(0.964145, -0.045324, -0.261478), (-0.191442, -0.80114, -0.567032), (-0.18378, 0.596759, -0.781092)10.832, 102.55, 31.741
3given(0.964145, -0.191441, -0.18378), (-0.045324, -0.80114, 0.596759), (-0.261477, -0.567032, -0.781092)15.022, 63.706, 85.774
4given(0.986308, -0.16342, -0.022164), (0.072991, 0.312057, 0.947255), (-0.147884, -0.935903, 0.319713)8.327, 0.323, 66.158
詳細ROTATION MATRICES HAVE BEEN INCLUDED FOR PARTIAL NON-CRYSTALLOGRAPHIC FIVEFOLD SYMMETRY OF THE B SUBUNITS. ROTATIONS ACT ON CARTESIAN COORDINATES, WITH THE ORIGIN AS CENTER OF ROTATION (NO TRANSLATION ALONG THE FIVEFOLD AXIS). RMS DEVIATION FOR ALL 515 ALPHA CARBONS OF THE B SUBUNIT IS 0.6 ANGSTROMS. (SUPERPOSITION OF INDIVIDUAL B SUBUNITS GIVES BETTER VALUES OF 0.20 - 0.45 ANGSTROMS). ROTATIONS IN POLAR COORDINATES: KAPPA PHI PSI RELATING 288.0 7.2 94.7 B1 TO B2 (MTRIX1) 216.0 7.2 94.7 B1 TO B3 (MTRIX2) 144.0 7.2 94.7 B1 TO B4 (MTRIX3) 72.0 7.2 94.7 B1 TO B5 (MTRIX4) THE TRANSFORMATION PRESENTED AS *MTRIX 1* BELOW WILL YIELD APPROXIMATE COORDINATES FOR CHAIN *E* WHEN APPLIED TO CHAIN *D*. THE TRANSFORMATION PRESENTED AS *MTRIX 2* BELOW WILL YIELD APPROXIMATE COORDINATES FOR CHAIN *F* WHEN APPLIED TO CHAIN *D*. THE TRANSFORMATION PRESENTED AS *MTRIX 3* BELOW WILL YIELD APPROXIMATE COORDINATES FOR CHAIN *G* WHEN APPLIED TO CHAIN *D*. THE TRANSFORMATION PRESENTED AS *MTRIX 4* BELOW WILL YIELD APPROXIMATE COORDINATES FOR CHAIN *H* WHEN APPLIED TO CHAIN *D*.

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要素

#1: タンパク質
HEAT-LABILE ENTEROTOXIN, SUBUNIT B / Heat-labile enterotoxin family


分子量: 11807.539 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 器官: TAIL尾 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P32890
#2: タンパク質 HEAT-LABILE ENTEROTOXIN, SUBUNIT A / Heat-labile enterotoxin family


分子量: 21354.600 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 器官: TAIL尾 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P06717
#3: タンパク質・ペプチド HEAT-LABILE ENTEROTOXIN, SUBUNIT A / Heat-labile enterotoxin family


分子量: 4953.393 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 器官: TAIL尾 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P06717
#4: 多糖
beta-D-galactopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose / beta-lactose


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖, Oligosaccharideオリゴ糖
クラス: 栄養素栄養素 / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: beta-lactose
記述子タイププログラム
DGalpb1-4DGlcpb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[a2122h-1b_1-5][a2112h-1b_1-5]/1-2/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Galp]{}}LINUCSPDB-CARE
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 334 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細THIS IS THE UNNICKED AND UNREDUCED FORM OF THE TOXIN.
配列の詳細SUBUNIT NUMBERING SCHEME: SUBUNIT CHAIN PROTEIN SEQUENCE B1 D 1 - 103 B2 E 1 - 103 B3 F 1 - 103 B4 ...SUBUNIT NUMBERING SCHEME: SUBUNIT CHAIN PROTEIN SEQUENCE B1 D 1 - 103 B2 E 1 - 103 B3 F 1 - 103 B4 G 1 - 103 B5 H 1 - 103 A1 A 1 - 188 A2 C 196 - 237 GALACTOSE D 104 GLUCOSE D 105 GALACTOSE E 104 GLUCOSE E 105 GALACTOSE F 104 GLUCOSE F 105 GALACTOSE G 104 GLUCOSE G 105 GALACTOSE H 104 GLUCOSE H 105 WATER 1 - 334

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.03 %
結晶化
*PLUS
pH: 7.5 / 手法: microdialysis
詳細: three-layer liquid-liquid diffusion, taken from Pronk, S.E. et al (1985). J. Biol. Chem., 260, 13580-13584.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
150 mMTris-HCl11
21 mMEDTA11
33 mM11NaN3
40.3 MKF11
525 mMlactose12
710 mg/mlprecipitant11
850 mMTris-HCl13
93 mMEDTA13
100.3 M13NaN3
1115 %PEG600013
612NaCl

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データ収集

放射散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射
*PLUS
最高解像度: 2.3 Å / % possible obs: 91 % / Observed criterion σ(F): 1 / Rmerge(I) obs: 0.064

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解析

ソフトウェア
名称分類
X-PLORモデル構築
X-PLOR精密化
X-PLOR位相決定
精密化解像度: 2.3→8 Å / Rfactor Rwork: 0.182 / Rfactor obs: 0.182
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5978 0 115 334 6427
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.015
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg3
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.3 Å / 最低解像度: 8 Å / Num. reflection obs: 5978 / Rfactor obs: 0.182
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
タイプ: x_angle_d / Dev ideal: 3

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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