+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1ln6 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | STRUCTURE OF BOVINE RHODOPSIN (Metarhodopsin II) | ||||||
要素 | RHODOPSIN | ||||||
キーワード | MEMBRANE PROTEIN / G-PROTEIN COUPLED RECEPTOR / METARHODOPSIN II / RHODOPSIN | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Opsins / VxPx cargo-targeting to cilium / opsin binding / rod bipolar cell differentiation / sperm head plasma membrane / absorption of visible light / The canonical retinoid cycle in rods (twilight vision) / G protein-coupled opsin signaling pathway / photoreceptor inner segment membrane / podosome assembly ...Opsins / VxPx cargo-targeting to cilium / opsin binding / rod bipolar cell differentiation / sperm head plasma membrane / absorption of visible light / The canonical retinoid cycle in rods (twilight vision) / G protein-coupled opsin signaling pathway / photoreceptor inner segment membrane / podosome assembly / 11-cis retinal binding / G protein-coupled photoreceptor activity / rod photoreceptor outer segment / cellular response to light stimulus / G protein-coupled receptor complex / Inactivation, recovery and regulation of the phototransduction cascade / thermotaxis / response to light intensity / Activation of the phototransduction cascade / phototransduction, visible light / outer membrane / detection of temperature stimulus involved in thermoception / photoreceptor cell maintenance / arrestin family protein binding / photoreceptor outer segment membrane / G alpha (i) signalling events / phototransduction / photoreceptor outer segment / G-protein alpha-subunit binding / response to light stimulus / sperm midpiece / visual perception / guanyl-nucleotide exchange factor activity / photoreceptor disc membrane / microtubule cytoskeleton organization / cell-cell junction / gene expression / G protein-coupled receptor signaling pathway / Golgi membrane / zinc ion binding / identical protein binding / membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
手法 | 溶液NMR / MULTI-DIMENSIONAL NMR,CD, SIMULATED ANNEALING WITH MMFF94 FORCE FIELD, MOLECULAR DYNAMICS WITH CHARMM FORCE FIELD | ||||||
データ登録者 | Choi, G. / Landin, J. / Galan, J.F. / Birge, R.R. / Albert, A.D. / Yeagle, P.L. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 2002 タイトル: Structural studies of metarhodopsin II, the activated form of the G-protein coupled receptor, rhodopsin. 著者: Choi, G. / Landin, J. / Galan, J.F. / Birge, R.R. / Albert, A.D. / Yeagle, P.L. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1ln6.cif.gz | 102.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb1ln6.ent.gz | 80.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1ln6.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1ln6_validation.pdf.gz | 383.7 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 1ln6_full_validation.pdf.gz | 386.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1ln6_validation.xml.gz | 14.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1ln6_validation.cif.gz | 18.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ln/1ln6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ln/1ln6 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | |
---|---|
類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| |||||||||
NMR アンサンブル |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 39031.457 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 詳細: This protein was chemically synthesized using a SOLID STATE PEPTIDE SYNTHESIZER. It is naturally found in Bos taurus (bovine) 参照: UniProt: P02699 |
---|---|
#2: 化合物 | ChemComp-RET / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
NMR実験 |
|
-試料調製
詳細 | 内容: FRAGMENTS OF RHODOPSIN / 溶媒系: D2O, DMSO, DPC MICELLES |
---|---|
試料状態 | イオン強度: 10 mM / pH: 6 / 圧: 1 atm / 温度: 283.00 K |
結晶化 | *PLUS 手法: other / 詳細: NMR |
-NMR測定
NMRスペクトロメーター | タイプ: Bruker AMX / 製造業者: Bruker / モデル: AMX / 磁場強度: 600 MHz |
---|
-解析
NMR software |
| ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 手法: MULTI-DIMENSIONAL NMR,CD, SIMULATED ANNEALING WITH MMFF94 FORCE FIELD, MOLECULAR DYNAMICS WITH CHARMM FORCE FIELD ソフトェア番号: 1 詳細: SECONDARY STRUCTURE FROM NMR STRUCTURES OF PEPTIDES ENCODING HELICES OR TURNS, AND LONG-RANGE DISTANCE CONSTRAINTS FROM OTHER MEASUREMENTS ON INTACT PROTEIN AMINO TERMINUS REMOVED DUE TO LACK ...詳細: SECONDARY STRUCTURE FROM NMR STRUCTURES OF PEPTIDES ENCODING HELICES OR TURNS, AND LONG-RANGE DISTANCE CONSTRAINTS FROM OTHER MEASUREMENTS ON INTACT PROTEIN AMINO TERMINUS REMOVED DUE TO LACK OF LONG-RANGE CONSTRAINTS | ||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy 計算したコンフォーマーの数: 10 / 登録したコンフォーマーの数: 1 |