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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1lhm | ||||||
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タイトル | THE CRYSTAL STRUCTURE OF A MUTANT LYSOZYME C77(SLASH)95A WITH INCREASED SECRETION EFFICIENCY IN YEAST | ||||||
要素 | HUMAN LYSOZYMEリゾチーム | ||||||
キーワード | HYDROLASE (O-GLYCOSYL) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 antimicrobial humoral response / 抗微生物ペプチド / 代謝 / specific granule lumen / azurophil granule lumen / tertiary granule lumen / リゾチーム / lysozyme activity / killing of cells of another organism / defense response to Gram-negative bacterium ...antimicrobial humoral response / 抗微生物ペプチド / 代謝 / specific granule lumen / azurophil granule lumen / tertiary granule lumen / リゾチーム / lysozyme activity / killing of cells of another organism / defense response to Gram-negative bacterium / defense response to Gram-positive bacterium / defense response to bacterium / 炎症 / Amyloid fiber formation / Neutrophil degranulation / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 1.8 Å | ||||||
データ登録者 | Inaka, K. / Matsushima, M. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1991 タイトル: The crystal structure of a mutant human lysozyme C77/95A with increased secretion efficiency in yeast. 著者: Inaka, K. / Taniyama, Y. / Kikuchi, M. / Morikawa, K. / Matsushima, M. #1: ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 1988 タイトル: Role of Disulfide Bonds in Folding and Secretion of Human Lysozyme in Saccharomyces Cerevisiae 著者: Taniyama, Y. / Yamamoto, Y. / Kikuchi, N.Nakao M. / Ikehara, M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1lhm.cif.gz | 34.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1lhm.ent.gz | 26.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1lhm.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lh/1lhm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lh/1lhm | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
類似構造データ |
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-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Atom site foot note | 1: THE CYS 77 - CYS 95 DISULFIDE BOND HAS BEEN DELETED IN THIS ENTRY. |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 14656.562 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P61626, リゾチーム |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
構成要素の詳細 | THE CYS 77 - CYS 95 DISULFIDE BOND HAS BEEN DELETED IN THIS ENTRY. |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.86 % | ||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | *PLUS 温度: 13.0 ℃ / 手法: unknown / pH: 6 | ||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
放射 | 散乱光タイプ: x-ray |
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放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 1.76 Å / 最低解像度: 9999 Å / Num. obs: 11241 / Num. measured all: 78240 / Rmerge(I) obs: 0.0834 |
-解析
ソフトウェア | 名称: PROLSQ / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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精密化 | Rfactor obs: 0.16 / 最高解像度: 1.8 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 最高解像度: 1.8 Å
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ソフトウェア | *PLUS 名称: PROLSQ / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 1.8 Å / 最低解像度: 5 Å / Num. reflection obs: 10370 / Rfactor obs: 0.163 / Rfactor Rwork: 0.163 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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