+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1kt7 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Crystal structure of bovine holo-RBP at pH 7.0 | ||||||
要素 | Plasma retinol-binding protein | ||||||
キーワード | TRANSPORT PROTEIN (運搬体タンパク質) / RBP / retinol binding | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 retinol transport / retinol transmembrane transporter activity / retinal binding / retinol binding / extracellular space 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Bos taurus (ウシ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.274 Å | ||||||
データ登録者 | Calderone, V. / Berni, R. / Zanotti, G. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2003 タイトル: High-resolution Structures of Retinol-binding Protein in Complex with Retinol: pH-induced Protein Structural Changes in the Crystal State 著者: Calderone, V. / Berni, R. / Zanotti, G. #1: ジャーナル: Proteins / 年: 1990 タイトル: Crystallographic Refinement of Human Serum Retinol Binding Protein at 2A Resolution. 著者: Cowan, S.W. / Newcomer, M.E. / Jones, T.A. #2: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1993 タイトル: Crystal Structure of Liganded and Unliganded Forms of Bovine Plasma Retinol-Binding Protein 著者: Zanotti, G. / Berni, R. / Monaco, H.L. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1kt7.cif.gz | 99.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb1kt7.ent.gz | 75.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1kt7.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kt/1kt7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kt/1kt7 | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 21095.654 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P18902 |
---|---|
#2: 化合物 | ChemComp-RTL / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.77 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.26 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 100 mM HEPES, 50 mM NaCl, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 20 ℃ / pH: 7 / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: used microseeding | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
|
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.9393 Å |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2001年2月10日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9393 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.274→40.866 Å / Num. all: 42235 / Num. obs: 42235 / % possible obs: 94.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.057 / Rsym value: 0.057 / Net I/σ(I): 5.6 |
反射 シェル | 解像度: 1.274→1.34 Å / 冗長度: 2.6 % / Rmerge(I) obs: 0.237 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique all: 3502 / Rsym value: 0.237 / % possible all: 67.1 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 1.27 Å / 最低解像度: 74.54 Å / Num. obs: 42476 / Num. measured all: 226144 |
反射 シェル | *PLUS 最高解像度: 1.27 Å / % possible obs: 67.1 % |
-解析
ソフトウェア |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1HBP 解像度: 1.274→40.866 Å / Num. parameters: 16005 / Num. restraintsaints: 18876 / Isotropic thermal model: anisotropic / 交差検証法: FREE R / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH AND HUBER
| |||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 溶媒モデル: MOEWS & KRETSINGER, J.MOL.BIOL.91(1973)201-228 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Num. disordered residues: 0 / Occupancy sum hydrogen: 1330 / Occupancy sum non hydrogen: 1778 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.274→40.866 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||
ソフトウェア | *PLUS 名称: SHELXL / バージョン: 97 / 分類: refinement | |||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor Rfree: 0.1909 / Rfactor Rwork: 0.1307 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
|