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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1ke9 | ||||||
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タイトル | CYCLIN-DEPENDENT KINASE 2 (CDK2) COMPLEXED WITH 3-{[4-({[AMINO(IMINO)METHYL]AMINOSULFONYL)ANILINO]METHYLENE}-2-OXO-2,3-DIHYDRO-1H-INDOLE | ||||||
要素 | Cell division protein kinase 2細胞分裂 | ||||||
キーワード | TRANSFERASE (転移酵素) / cyclin (サイクリン) / kinase (キナーゼ) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 cyclin A1-CDK2 complex / cyclin E2-CDK2 complex / cyclin E1-CDK2 complex / cyclin A2-CDK2 complex / positive regulation of DNA-templated DNA replication initiation / G2期 / cyclin-dependent protein kinase activity / Y染色体 / Phosphorylation of proteins involved in G1/S transition by active Cyclin E:Cdk2 complexes / positive regulation of heterochromatin formation ...cyclin A1-CDK2 complex / cyclin E2-CDK2 complex / cyclin E1-CDK2 complex / cyclin A2-CDK2 complex / positive regulation of DNA-templated DNA replication initiation / G2期 / cyclin-dependent protein kinase activity / Y染色体 / Phosphorylation of proteins involved in G1/S transition by active Cyclin E:Cdk2 complexes / positive regulation of heterochromatin formation / p53-Dependent G1 DNA Damage Response / X染色体 / PTK6 Regulates Cell Cycle / regulation of anaphase-promoting complex-dependent catabolic process / Defective binding of RB1 mutants to E2F1,(E2F2, E2F3) / centriole replication / Regulation of APC/C activators between G1/S and early anaphase / centrosome duplication / Telomere Extension By Telomerase / G0 and Early G1 / Activation of the pre-replicative complex / cyclin-dependent protein kinase holoenzyme complex / cellular response to nitric oxide / カハール体 / サイクリン依存性キナーゼ / cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity / TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in G1 Cell Cycle Arrest / Activation of ATR in response to replication stress / Cyclin E associated events during G1/S transition / Cyclin A/B1/B2 associated events during G2/M transition / Cyclin A:Cdk2-associated events at S phase entry / condensed chromosome / mitotic G1 DNA damage checkpoint signaling / regulation of mitotic cell cycle / regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / cyclin binding / post-translational protein modification / meiotic cell cycle / positive regulation of DNA replication / male germ cell nucleus / response to organic substance / G1/S transition of mitotic cell cycle / potassium ion transport / DNA Damage/Telomere Stress Induced Senescence / CDK-mediated phosphorylation and removal of Cdc6 / SCF(Skp2)-mediated degradation of p27/p21 / 遺伝的組換え / Orc1 removal from chromatin / Transcriptional regulation of granulopoiesis / Cyclin D associated events in G1 / G2/M transition of mitotic cell cycle / 細胞老化 / Regulation of TP53 Degradation / 核膜 / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / Processing of DNA double-strand break ends / Senescence-Associated Secretory Phenotype (SASP) / 遺伝子発現の調節 / peptidyl-serine phosphorylation / Ras protein signal transduction / Regulation of TP53 Activity through Phosphorylation / transcription regulator complex / DNA複製 / chromosome, telomeric region / エンドソーム / クロマチンリモデリング / 細胞分裂 / protein domain specific binding / protein phosphorylation / DNA修復 / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / 中心体 / DNA-templated transcription / positive regulation of cell population proliferation / positive regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / magnesium ion binding / シグナル伝達 / 核質 / ATP binding / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2 Å | ||||||
データ登録者 | Bramson, H.N. / Corona, J. / Davis, S.T. / Dickerson, S.H. / Edelstein, M. / Frye, S.V. / Gampe, R.T. / Hassell, A.M. / Shewchuk, L.M. / Kuyper, L.F. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2001 タイトル: Oxindole-based inhibitors of cyclin-dependent kinase 2 (CDK2): design, synthesis, enzymatic activities, and X-ray crystallographic analysis. 著者: Bramson, H.N. / Corona, J. / Davis, S.T. / Dickerson, S.H. / Edelstein, M. / Frye, S.V. / Gampe Jr., R.T. / Harris, P.A. / Hassell, A. / Holmes, W.D. / Hunter, R.N. / Lackey, K.E. / Lovejoy, ...著者: Bramson, H.N. / Corona, J. / Davis, S.T. / Dickerson, S.H. / Edelstein, M. / Frye, S.V. / Gampe Jr., R.T. / Harris, P.A. / Hassell, A. / Holmes, W.D. / Hunter, R.N. / Lackey, K.E. / Lovejoy, B. / Luzzio, M.J. / Montana, V. / Rocque, W.J. / Rusnak, D. / Shewchuk, L. / Veal, J.M. / Walker, D.H. / Kuyper, L.F. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1ke9.cif.gz | 72.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1ke9.ent.gz | 53.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1ke9.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ke/1ke9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ke/1ke9 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 33976.488 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): sf9 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: P24941, EC: 2.7.1.37 |
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#2: 化合物 | ChemComp-LS5 / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.26 % | |||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 10% PEG3340, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 22K | |||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 20 ℃ / 詳細: Shewchuk L., (2000) J. Med. Chem., 43, 133. | |||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU300 / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS II / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1996年7月3日 / 詳細: mirrors |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→20 Å / Num. all: 20373 / Num. obs: 19110 / % possible obs: 93.8 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.052 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.1 Å / % possible all: 91.8 |
反射 | *PLUS 最低解像度: 500 Å / Num. measured all: 60211 / Rmerge(I) obs: 0.052 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB entry 1HCK 解像度: 2→20 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / σ(I): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.22 Å / Luzzati d res low obs: 5 Å / Luzzati sigma a obs: 0.21 Å | |||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→20 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2→2.1 Å / Rfactor Rfree error: 0.018
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精密化 | *PLUS Rfactor obs: 0.203 / Rfactor Rfree: 0.238 / Rfactor Rwork: 0.203 | |||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor Rfree: 0.286 / Rfactor Rwork: 0.245 / Rfactor obs: 0.245 |