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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1kci | ||||||||||||||||||
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タイトル | Crystal Structure of 9-amino-N-[2-(4-morpholinyl)ethyl]-4-acridinecarboxamide Bound to d(CGTACG)2 | ||||||||||||||||||
要素 | 5'-D(*キーワード | DNA (デオキシリボ核酸) / intercalator (インターカレーション) / aminoacridinecarboxamide | 機能・相同性 | Chem-DRC / デオキシリボ核酸 | 機能・相同性情報 手法 | X線回折 / ISOMORPHOUS / 解像度: 1.8 Å | データ登録者 | Adams, A. / Guss, J.M. / Denny, W.A. / Wakelin, L.P.G. | 引用 | ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2002 | タイトル: Crystal structure of 9-amino-N-[2-(4-morpholinyl)ethyl]-4-acridinecarboxamide bound to d(CGTACG)2: implications for structure-activity relationships of acridinecarboxamide topoisomerase poisons. 著者: Adams, A. / Guss, J.M. / Denny, W.A. / Wakelin, L.P. 履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1kci.cif.gz | 15.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1kci.ent.gz | 8.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1kci.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kc/1kci ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kc/1kci | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
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-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 1809.217 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 | ||
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#2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.75 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.25 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 285 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 詳細: cacodylate, spermine, KCl, MgCl2, MPD, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 285K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 |
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結晶化 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 110 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 Å |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS II / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2000年8月1日 / 詳細: focusing mirror |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.8→40 Å / Num. all: 1951 / Num. obs: 1951 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.7 % / Rsym value: 0.094 / Net I/σ(I): 21.5 |
反射 シェル | 解像度: 1.8→1.86 Å / 冗長度: 6.6 % / Mean I/σ(I) obs: 5 / Num. unique all: 195 / Rsym value: 0.35 / % possible all: 100 |
反射 | *PLUS 最低解像度: 40 Å / Num. obs: 1955 / Num. measured all: 30670 / Rmerge(I) obs: 0.094 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 100 % / Rmerge(I) obs: 0.351 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ISOMORPHOUS 開始モデル: NDB entry DD0015 解像度: 1.8→40 Å / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: Rfree / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: SHELX 2000 DNA dictioary
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原子変位パラメータ | Biso mean: 28 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→40 Å
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ソフトウェア | *PLUS 名称: SHELXL-97 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 1.8 Å / 最低解像度: 40 Å / σ(F): 0 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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