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- PDB-1k5n: HLA-B*2709 BOUND TO NONA-PEPTIDE M9 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1k5n
タイトルHLA-B*2709 BOUND TO NONA-PEPTIDE M9
要素
  • beta-2-microglobulin, light chainΒ2-ミクログロブリン
  • major histocompatibility complex molecule HLA-B*2709
  • nonameric model peptide m9
キーワードIMMUNE SYSTEM (免疫系) / MHC(MAJOR HISTOCOMPATIBILITY COMPLEX) / HLA(HUMAN LEUKOCYTE ANTIGEN)
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of interleukin-12 production / regulation of dendritic cell differentiation / regulation of T cell anergy / regulation of interleukin-6 production / TAP binding / protection from natural killer cell mediated cytotoxicity / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-independent / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class Ib / detection of bacterium / secretory granule membrane ...regulation of interleukin-12 production / regulation of dendritic cell differentiation / regulation of T cell anergy / regulation of interleukin-6 production / TAP binding / protection from natural killer cell mediated cytotoxicity / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-independent / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class Ib / detection of bacterium / secretory granule membrane / positive regulation of ferrous iron binding / positive regulation of transferrin receptor binding / positive regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / DAP12 interactions / negative regulation of receptor binding / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / Endosomal/Vacuolar pathway / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / cellular response to iron(III) ion / negative regulation of forebrain neuron differentiation / defense response / ER to Golgi transport vesicle membrane / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / response to molecule of bacterial origin / regulation of erythrocyte differentiation / regulation of iron ion transport / MHC class I peptide loading complex / HFE-transferrin receptor complex / T cell mediated cytotoxicity / cellular response to iron ion / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / positive regulation of T cell cytokine production / MHC class I protein complex / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / negative regulation of neurogenesis / MHC class II protein complex / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / cellular response to nicotine / recycling endosome membrane / phagocytic vesicle membrane / specific granule lumen / peptide antigen binding / positive regulation of cellular senescence / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / positive regulation of immune response / negative regulation of epithelial cell proliferation / Interferon gamma signaling / positive regulation of T cell activation / Modulation by Mtb of host immune system / Interferon alpha/beta signaling / sensory perception of smell / negative regulation of neuron projection development / tertiary granule lumen / DAP12 signaling / MHC class II protein complex binding / T cell differentiation in thymus / late endosome membrane / positive regulation of protein binding / ER-Phagosome pathway / iron ion transport / protein-folding chaperone binding / protein refolding / early endosome membrane / protein homotetramerization / intracellular iron ion homeostasis / amyloid fibril formation / 獲得免疫系 / learning or memory / 免疫応答 / Amyloid fiber formation / lysosomal membrane / external side of plasma membrane / 小胞体 / ゴルジ体 / signaling receptor binding / focal adhesion / 自然免疫系 / Neutrophil degranulation / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / structural molecule activity / ゴルジ体 / 細胞膜 / 小胞体 / protein homodimerization activity / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / 生体膜 / identical protein binding / 細胞膜 / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Β2-ミクログロブリン / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein ...MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Β2-ミクログロブリン / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / 抗体 / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / サンドイッチ / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
HLA class I histocompatibility antigen, B alpha chain / HLA class I histocompatibility antigen, B alpha chain / Β2-ミクログロブリン
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.09 Å
データ登録者Hulsmeyer, M. / Hillig, R.C. / Volz, A. / Ruhl, M. / Schroder, W. / Saenger, W. / Ziegler, A. / Uchanska-Ziegler, B.
引用
ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2002
タイトル: HLA-B27 Subtypes Differentially Associated with Disease Exhibit Subtle Structural Alterations
著者: Hulsmeyer, M. / Hillig, R.C. / Volz, A. / Ruhl, M. / Schroder, W. / Saenger, W. / Ziegler, A. / Uchanska-Ziegler, B.
#1: ジャーナル: J.IMMUNOL. / 年: 1994
タイトル: Identification of a Novel Hla-B27 Subtype by Restriction Analysis of a Cytotoxic Gamma Delta T Cell Clone
著者: Del Porto, P. / D'Amato, M. / Fiorillo, M.T. / Tuosto, L. / Piccolella, E. / Sorrention, R.
#2: ジャーナル: Nature / 年: 1991
タイトル: The Structure of Hla-B27 Reveals Nonamer Self-Peptides Bound in an Extended Conformation
著者: Madden, D.R. / Gorga, J.C. / Strominger, J.L. / Wiley, D.C.
#3: ジャーナル: CELL(CAMBRIDGE,MASS.) / 年: 1992
タイトル: The Three-Dimensional Structure of Hla-B27 at 2.1 A Resolution Suggests a General Mechanism for Tight Peptide Binding to Mhc
著者: Madden, D.R. / Gorga, J.C. / Strominger, J.L. / Wiley, D.C.
履歴
登録2001年10月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02002年10月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.32023年10月25日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: major histocompatibility complex molecule HLA-B*2709
B: beta-2-microglobulin, light chain
C: nonameric model peptide m9
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,9215
ポリマ－44,7373
非ポリマー1842
水17,276959
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4740 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area19010 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)50.845, 82.484, 110.708
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細The biologically assembly is a heterotrimeric complex consisting of one HLA-B*2709(heavy) chain, one beta-2-microglobulin(light) chain and one nonameric model peptide m9.

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要素

#1: タンパク質 major histocompatibility complex molecule HLA-B*2709 / LYMPHOCYTE ANTIGEN HLA-B27


分子量: 31951.219 Da / 分子数: 1 / 断片: HLA-B*2709 heavy chain, extracellular domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HLA-B or HLAB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P03989, UniProt: P01889*PLUS
#2: タンパク質 beta-2-microglobulin, light chain / Β2-ミクログロブリン


分子量: 11879.356 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: B2M / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P61769
#3: タンパク質・ペプチド nonameric model peptide m9


分子量: 906.083 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: This peptide was chemically synthesised.
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 959 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 53 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9
詳細: PEG 8000, Bicine, NaCl, glycerol as cryo protectant, pH 9.00, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
結晶化
*PLUS
pH: 7.5 / 詳細: used cross-seeding
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
115 mg/mlprotein1drop
220 mMTris1droppH7.5
3150 mM1dropNaCl
428 %PEG80001reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.9393 / 波長: 0.9393 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2001年6月17日
放射モノクロメーター: NULL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9393 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.09→19.1 Å / Num. all: 187545 / Num. obs: 187545 / % possible obs: 96.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.7 % / Biso Wilson estimate: 5.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.091 / Net I/σ(I): 12.8
反射 シェル解像度: 1.09→1.12 Å / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.376 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / Num. unique all: 12377 / % possible all: 96.8
反射
*PLUS
最高解像度: 1.09 Å / 最低解像度: 19.1 Å / 冗長度: 4.7 %
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 96.8 % / 冗長度: 2.9 % / Num. unique obs: 12377 / Mean I/σ(I) obs: 2.9

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
REFMAC精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1JGE (HLA-B*2705:m9), with Asp-A116 truncated to Ala

1jge


解像度: 1.09→19.1 Å / SU B: 0.79443 / SU ML: 0.02034 / Isotropic thermal model: anisotropic temperature factors / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.03234 / ESU R Free: 0.03298 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.14755 5660 3 %RANDOM
Rwork0.12275 ---
all0.12349 181945 --
obs0.12349 181945 96.8 %-
原子変位パラメータBiso mean: 11.517 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.21 Å20 Å20 Å2
2---0.38 Å20 Å2
3---0.59 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.09→19.1 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3155 0 12 959 4126
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.0220.021
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it1.9611.5
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it2.6782
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it2.913
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it3.9064.5
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg2.2622.569
LS精密化 シェル解像度: 1.09→1.13 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.17 381 -
Rwork0.17 --
obs-13307 96.8 %
精密化
*PLUS
最低解像度: 19.1 Å / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor Rfree: 0.148 / Rfactor Rwork: 0.123
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
タイプ: p_angle_deg / Dev ideal: 2.26
LS精密化 シェル
*PLUS
最低解像度: 1.12 Å / Rfactor Rfree: 0.18

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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