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万見
- PDB-1k3g: NMR Solution Structure of Oxidized Cytochrome c-553 from Bacillus... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1k3g
タイトルNMR Solution Structure of Oxidized Cytochrome c-553 from Bacillus pasteurii
要素cytochrome c-553
キーワードELECTRON TRANSPORT (電子伝達系) / C-553 / HEME (ヘム) / CYTOCHROME (シトクロム) / BACILLUS PASTEURII / ELECTRON TRANSFER (電子移動反応)
機能・相同性
機能・相同性情報


electron transfer activity / iron ion binding / heme binding / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Cytochrome c, Bacillus subtilis c550-related / Cytochrome C oxidase, cbb3-type, subunit III / Cytochrome c-like domain / Cytochrome Bc1 Complex; Chain D, domain 2 / Cytochrome c family profile. / Cytochrome c-like domain / Cytochrome c-like domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
HEME C / Cytochrome c-553
類似検索 - 構成要素
生物種Sporosarcina pasteurii (バクテリア)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics, restrained energy minimization
データ登録者Banci, L. / Bertini, I. / Ciurli, S. / Dikiy, A. / Dittmer, J. / Rosato, A. / Sciara, G. / Thompsett, A.R.
引用
ジャーナル: Chembiochem / 年: 2002
タイトル: NMR solution structure, backbone mobility, and homology modeling of c-type cytochromes from gram-positive bacteria.
著者: Banci, L. / Bertini, I. / Ciurli, S. / Dikiy, A. / Dittmer, J. / Rosato, A. / Sciara, G. / Thompsett, A.R.
#1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 2000
タイトル: Crystal Structure of Oxidized Bacillus pasteurii cytochrome c-553 at 0.97-A Resolution
著者: Benini, S. / Gonzalez, A. / Rypniewski, W.R. / Wilson, K.S. / Van Beeumen, J.J. / Ciurli, S.
#2: ジャーナル: J.Biol.Inorg.Chem. / 年: 1998
タイトル: Modulation of Bacillus pasteurii Cytochrome c553 Reduction Potential by Structural and Solution Parameters
著者: Benini, S. / Borsari, M. / Ciurli, S. / Dikiy, A. / Lamborghini, M.
履歴
登録2001年10月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年10月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年2月23日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_conn / struct_conn_type / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn_type.id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: cytochrome c-553
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,7342
ポリマ－7,1161
非ポリマー6191
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)30 / 400target function
代表モデル

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要素

#1: タンパク質 cytochrome c-553 / C553


分子量: 7115.937 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 22-92 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Sporosarcina pasteurii (バクテリア)
プラスミド: pEC86 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): DH5alpha / 参照: UniProt: P82599
#2: 化合物 ChemComp-HEC / HEME C / Heme C


分子量: 618.503 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H34FeN4O4

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D NOESY
121HNHA
1311D NOE

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試料調製

詳細内容: 1-3 mM oxidized cytochrome c-553 in 10 mM phosphate buffer
溶媒系: 90%H2O+10%D2O; 100% D2O
試料状態イオン強度: 10 mM phosphate buffer / pH: 7.5 / 圧: Ambient / 温度: 288 K
結晶化
*PLUS
手法: その他 / 詳細: NMR

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVANCEBrukerAVANCE8001
Bruker AVANCEBrukerAVANCE7002
Bruker AVANCEBrukerAVANCE6003

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
XwinNMR2.6Bruker解析
XEASY1.3.13Xiaデータ解析
DYANA1.5Guentert構造決定
Amber5Kollman精密化
精密化手法: torsion angle dynamics, restrained energy minimization
ソフトェア番号: 1
詳細: PSEUDOCONTACT SHIFTS WERE INCLUDED AS CONSTRAINTS BY MEANS OF MODIFIED DYANA AND SANDER MODULES (PSEUDODYANA, PSEUDOREM) (BANCI ET AL., 1997)
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 400 / 登録したコンフォーマーの数: 30

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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