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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1jit | ||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF TETRAGONAL LYSOZYME GROWN IN PRESENCE 30% TREHALOSE | ||||||
要素 | LYSOZYMEリゾチーム | ||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / GLYCOSIDASE / ENZYME-TETRAGONAL FORM / MUCOPEPTIDE N-ACETYLMURAMYL HYDROLASE / HEN EGG-WHITE LYSOZYME | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 抗微生物ペプチド / Neutrophil degranulation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / cell wall macromolecule catabolic process / リゾチーム / lysozyme activity / killing of cells of another organism / defense response to Gram-negative bacterium / defense response to Gram-positive bacterium / defense response to bacterium ...抗微生物ペプチド / Neutrophil degranulation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / cell wall macromolecule catabolic process / リゾチーム / lysozyme activity / killing of cells of another organism / defense response to Gram-negative bacterium / defense response to Gram-positive bacterium / defense response to bacterium / 小胞体 / extracellular space / identical protein binding / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Gallus gallus (ニワトリ) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å | ||||||
データ登録者 | Datta, S. / Biswal, B.K. / Vijayan, M. | ||||||
引用 | ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2001 タイトル: The effect of stabilizing additives on the structure and hydration of proteins: a study involving tetragonal lysozyme. 著者: Datta, S. / Biswal, B.K. / Vijayan, M. #1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2000 タイトル: Hydration, Mobility and Accessibility of Lysozyme: Strucutres of a Ph 6.5 Orthorhombic Form and its Low-Humidity Variant and a Comparative Study Involving 20 Crystallographically Independent Molecules 著者: Biswal, B.K. / Sukumar, N. / Vijayan, M. #2: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 1993 タイトル: Protein Hydration and Water Structure: X-Ray Analysis of a Closely Packed Protein Crystal with Very Low Solvent Content 著者: Madhusudan, K. / Kodandapani, R. / Vijayan, M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1jit.cif.gz | 40.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1jit.ent.gz | 27.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1jit.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ji/1jit ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ji/1jit | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 14331.160 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Gallus gallus (ニワトリ) / 細胞内の位置: CYTOPLASM細胞質 / 組織: EGG WHITE卵白 / 参照: UniProt: P00698, リゾチーム |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.97 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: liquid diffusion / pH: 4.6 詳細: Na-acetate buffer, pH 4.6, 10% NaCl, 30% trehalose, LIQUID DIFFUSION at 293K |
結晶化 | *PLUS 手法: unknown |
溶液の組成 | *PLUS 濃度: 0.04 M / 一般名: acetate / 詳細: pH4.6 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 293 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 Å |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.9→30 Å / Num. all: 10007 / Num. obs: 9275 / % possible obs: 92.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Biso Wilson estimate: 15.1 Å2 / Rsym value: 0.064 / Net I/σ(I): 11.3 |
反射 シェル | 解像度: 1.9→1.97 Å / Num. unique all: 917 / Rsym value: 0.227 / % possible all: 93 |
反射 | *PLUS 最低解像度: 30 Å / Num. measured all: 25368 / Rmerge(I) obs: 0.064 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 93 % / Num. unique obs: 917 / Rmerge(I) obs: 0.227 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 193L 解像度: 1.9→30 Å / Rfactor Rfree error: 0.007 / Data cutoff high absF: 541825.36 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 58.8465 Å2 / ksol: 0.417951 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 22.7 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→30 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.9→2.02 Å / Rfactor Rfree error: 0.023 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: CNS / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS σ(F): 0 / % reflection Rfree: 10.5 % / Rfactor obs: 0.194 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS Biso mean: 22.7 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor Rfree: 0.273 / % reflection Rfree: 10.1 % / Rfactor Rwork: 0.229 |