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- PDB-1ji9: Solution structure of the alpha-domain of mouse metallothionein-3 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ji9
タイトルSolution structure of the alpha-domain of mouse metallothionein-3
要素METALLOTHIONEIN-IIIメタロチオネイン
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / 3-10 helix / Cd-S cluster / half turn (Turn (角度)) / type II turn
機能・相同性
機能・相同性情報


: / : / : / regulation of protein glycosylation / : / Metallothioneins bind metals / : / positive regulation of oxygen metabolic process / : / positive regulation of lysosomal membrane permeability ...: / : / : / regulation of protein glycosylation / : / Metallothioneins bind metals / : / positive regulation of oxygen metabolic process / : / positive regulation of lysosomal membrane permeability / negative regulation of hydrogen peroxide catabolic process / : / regulation of response to food / : / cellular lipid catabolic process / negative regulation of oxidoreductase activity / astrocyte end-foot / leptin-mediated signaling pathway / zinc ion transport / negative regulation of cysteine-type endopeptidase activity / negative regulation of axon extension / astrocyte development / energy reserve metabolic process / detoxification of copper ion / intracellular zinc ion homeostasis / positive regulation of vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / cholesterol catabolic process / cellular response to zinc ion / protein kinase activator activity / positive regulation of catalytic activity / cadmium ion binding / cysteine-type endopeptidase inhibitor activity involved in apoptotic process / cellular response to nitric oxide / negative regulation of reactive oxygen species metabolic process / 小胞体 / 封入体 / ERK1 and ERK2 cascade / cellular response to copper ion / cellular response to cadmium ion / activation of protein kinase B activity / removal of superoxide radicals / negative regulation of autophagy / phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / brain development / negative regulation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic process / negative regulation of cell growth / negative regulation of neurogenesis / シナプス小胞 / cellular response to oxidative stress / cellular response to hypoxia / response to oxidative stress / negative regulation of neuron apoptotic process / 微小管 / mitochondrial outer membrane / 樹状突起スパイン / postsynaptic density / response to hypoxia / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / protein stabilization / リボソーム / positive regulation of protein phosphorylation / copper ion binding / 神経繊維 / negative regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of gene expression / negative regulation of apoptotic process / perinuclear region of cytoplasm / positive regulation of DNA-templated transcription / extracellular space / zinc ion binding / metal ion binding / 細胞核 / 細胞膜 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
メタロチオネイン / Metallothionein, vertebrate / Metallothionein, vertebrate, metal binding site / Metallothionein domain superfamily, vertebrate / メタロチオネイン / Vertebrate metallothioneins signature. / Metallothionein domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Metallothionein-3
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法溶液NMR / HYBRID DISTANCE GEOMETRY-DYNAMICAL SIMULATED ANNEALING
Model type detailsminimized average
データ登録者Oz, G. / Zangger, K. / Armitage, I.M.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2001
タイトル: Three-dimensional structure and dynamics of a brain specific growth inhibitory factor: metallothionein-3.
著者: Oz, G. / Zangger, K. / Armitage, I.M.
履歴
登録2001年7月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年10月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年2月23日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_assembly ...database_2 / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_oper_list / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: METALLOTHIONEIN-III
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,2505
ポリマ－3,8001
非ポリマー4504
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)1 / 50Minimized average structure
代表モデルminimized average structure

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要素

#1: タンパク質・ペプチド METALLOTHIONEIN-III / メタロチオネイン


分子量: 3800.474 Da / 分子数: 1 / 断片: C-TERMINAL (ALPHA) DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / プラスミド: pET3d / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P28184
#2: 化合物
ChemComp-CD / CADMIUM ION


分子量: 112.411 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cd

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D NOESY
1212D TOCSY
2311H-113Cd HMQC
NMR実験の詳細Text: This structure was determined using standard 2D homonuclear techniques and 2D 1H-113Cd HMQC spectroscopy.

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試料調製

詳細内容: 1.6 mM mouse metallothionein-3 / 溶媒系: 20 mM deuterated Tris-HCl buffer
試料状態
Conditions-IDイオン強度pH圧 (kPa)温度 (K)
120mM Tris-HCl 6.5 1 atm283 K
220mM Tris-HCl 6.5 1 atm303 K
結晶化
*PLUS
手法: その他 / 詳細: NMR

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian Unity INOVAVarianUnity INOVA8001
Varian Unity INOVAVarianUnity INOVA6002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
X-PLOR3.851Brunger構造決定
X-PLOR3.851Brunger精密化
精密化手法: HYBRID DISTANCE GEOMETRY-DYNAMICAL SIMULATED ANNEALING
ソフトェア番号: 1
詳細: A total of 377 NOE-derived distance constraints and 16 cadmium-to-cysteine connectivities were used in the structure calculations.
代表構造選択基準: minimized average structure
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: Minimized average structure
計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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