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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1jf7 | ||||||
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タイトル | HUMAN PTP1B CATALYTIC DOMAIN COMPLEXED WITH PNU177836 | ||||||
要素 | PROTEIN-TYROSINE PHOSPHATASE 1B | ||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / HYDROLASE (PHOSPHORYLATION) / TYROSINE PHOSPHATASE (プロテインチロシンホスファターゼ) / INHIBITOR (酵素阻害剤) / COMPLEX | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 regulation of hepatocyte growth factor receptor signaling pathway / PTK6 Down-Regulation / peptidyl-tyrosine dephosphorylation involved in inactivation of protein kinase activity / positive regulation of receptor catabolic process / insulin receptor recycling / negative regulation of PERK-mediated unfolded protein response / negative regulation of vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / regulation of intracellular protein transport / IRE1-mediated unfolded protein response / cytoplasmic side of endoplasmic reticulum membrane ...regulation of hepatocyte growth factor receptor signaling pathway / PTK6 Down-Regulation / peptidyl-tyrosine dephosphorylation involved in inactivation of protein kinase activity / positive regulation of receptor catabolic process / insulin receptor recycling / negative regulation of PERK-mediated unfolded protein response / negative regulation of vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / regulation of intracellular protein transport / IRE1-mediated unfolded protein response / cytoplasmic side of endoplasmic reticulum membrane / sorting endosome / mitochondrial crista / platelet-derived growth factor receptor-beta signaling pathway / positive regulation of IRE1-mediated unfolded protein response / regulation of type I interferon-mediated signaling pathway / regulation of endocytosis / non-membrane spanning protein tyrosine phosphatase activity / peptidyl-tyrosine dephosphorylation / Regulation of IFNA/IFNB signaling / regulation of signal transduction / cellular response to unfolded protein / positive regulation of protein tyrosine kinase activity / growth hormone receptor signaling pathway via JAK-STAT / negative regulation of endoplasmic reticulum stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / negative regulation of signal transduction / Regulation of IFNG signaling / MECP2 regulates neuronal receptors and channels / endoplasmic reticulum unfolded protein response / Growth hormone receptor signaling / positive regulation of JUN kinase activity / negative regulation of insulin receptor signaling pathway / Insulin receptor recycling / ephrin receptor binding / Integrin signaling / protein dephosphorylation / プロテインチロシンホスファターゼ / protein phosphatase 2A binding / negative regulation of MAP kinase activity / protein tyrosine phosphatase activity / endosome lumen / insulin receptor binding / Negative regulation of MET activity / negative regulation of ERK1 and ERK2 cascade / receptor tyrosine kinase binding / insulin receptor signaling pathway / actin cytoskeleton organization / エンドソーム / ミトコンドリアマトリックス / cadherin binding / protein kinase binding / enzyme binding / 小胞体 / protein-containing complex / RNA binding / zinc ion binding / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å | ||||||
データ登録者 | Larsen, S.D. / Barf, T. / Liljebris, C. / May, P.D. / Ogg, D. / O'Sullivan, T.J. / Palazuk, B.J. / Schostarez, H.J. / Stevens, F.C. / Bleasdale, J.E. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2002 タイトル: Synthesis and biological activity of a novel class of small molecular weight peptidomimetic competitive inhibitors of protein tyrosine phosphatase 1B. 著者: Larsen, S.D. / Barf, T. / Liljebris, C. / May, P.D. / Ogg, D. / O'Sullivan, T.J. / Palazuk, B.J. / Schostarez, H.J. / Stevens, F.C. / Bleasdale, J.E. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1jf7.cif.gz | 134.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1jf7.ent.gz | 104.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1jf7.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jf/1jf7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jf/1jf7 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 1ptvS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 34720.566 Da / 分子数: 2 / 断片: Catalytic Domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P18031, プロテインチロシンホスファターゼ #2: 化合物 | ChemComp-TBH / | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.11 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: PEG6000, ammonium sulphate, glycerol, Hepes, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 4 ℃ / pH: 7.5 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU300 / 波長: 1.5418 Å |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年12月10日 |
放射 | モノクロメーター: YALE MIRRORS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.2→50 Å / Num. all: 33693 / Num. obs: 32150 / % possible obs: 95.4 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 37.587 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.042 / Net I/σ(I): 19.3 |
反射 シェル | 解像度: 2.2→2.28 Å / 冗長度: 2.89 % / Rmerge(I) obs: 0.177 / % possible all: 89.9 |
反射 | *PLUS Num. obs: 33693 / Num. measured all: 537079 |
反射 シェル | *PLUS 最高解像度: 2.2 Å / 最低解像度: 2.3 Å / % possible obs: 89.9 % |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1PTV 解像度: 2.2→15 Å / SU B: 7.398 / SU ML: 0.192 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.32 / ESU R Free: 0.247 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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原子変位パラメータ | Biso mean: 36.95 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.2→15 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.2→2.256 Å / Total num. of bins used: 20
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ソフトウェア | *PLUS 名称: REFMAC / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最低解像度: 50 Å / σ(F): 2 / % reflection Rfree: 5.1 % | ||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS Biso mean: 36.95 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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