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万見
- PDB-1j83: STRUCTURE OF FAM17 CARBOHYDRATE BINDING MODULE FROM CLOSTRIDIUM C... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1j83
タイトルSTRUCTURE OF FAM17 CARBOHYDRATE BINDING MODULE FROM CLOSTRIDIUM CELLULOVORANS
要素ENDO-1,4-BETA GLUCANASE ENGF
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / CARBOHYDRATE BINDING MODULE
機能・相同性
機能・相同性情報


セルラーゼ / cellulase activity / cellulose catabolic process / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Carbohydrate binding module family 17/28 / Carbohydrate binding domain (family 17/28) / Glycoside hydrolase, family 5, conserved site / Glycosyl hydrolases family 5 signature. / Glycoside hydrolase, family 5 / Cellulase (glycosyl hydrolase family 5) / Galactose-binding domain-like / Galactose-binding-like domain superfamily / Glycoside hydrolase superfamily / Jelly Rolls ...Carbohydrate binding module family 17/28 / Carbohydrate binding domain (family 17/28) / Glycoside hydrolase, family 5, conserved site / Glycosyl hydrolases family 5 signature. / Glycoside hydrolase, family 5 / Cellulase (glycosyl hydrolase family 5) / Galactose-binding domain-like / Galactose-binding-like domain superfamily / Glycoside hydrolase superfamily / Jelly Rolls / サンドイッチ / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Clostridium cellulovorans (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Notenboom, V. / Boraston, A.B. / Chiu, P. / Freelove, A.C.J. / Kilburn, D.G. / Rose, D.R.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2001
タイトル: Recognition of cello-oligosaccharides by a family 17 carbohydrate-binding module: an X-ray crystallographic, thermodynamic and mutagenic study.
著者: Notenboom, V. / Boraston, A.B. / Chiu, P. / Freelove, A.C. / Kilburn, D.G. / Rose, D.R.
履歴
登録2001年5月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年12月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ENDO-1,4-BETA GLUCANASE ENGF
B: ENDO-1,4-BETA GLUCANASE ENGF
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,9024
ポリマ－38,8222
非ポリマー802
水4,810267
1
A: ENDO-1,4-BETA GLUCANASE ENGF
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,4512
ポリマ－19,4111
非ポリマー401
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: ENDO-1,4-BETA GLUCANASE ENGF
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,4512
ポリマ－19,4111
非ポリマー401
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)131.264, 37.678, 71.234
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 91.93, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 ENDO-1,4-BETA GLUCANASE ENGF


分子量: 19410.885 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Clostridium cellulovorans (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P94622, セルラーゼ
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 267 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.73 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: AMMONIUM SULFATE, HEPES, PEG 400, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
11.6 mMammonium sulfate1reservoir
2100 mMHEPES1reservoirpH7.0
32 %(w/v)PEG4001reservoir

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 14-BM-D / 波長: 0.9798, 0.9796, 0.9593
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2000年3月20日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97981
20.97961
30.95931
反射解像度: 1.7→50 Å / Num. all: 38876 / Num. obs: 37972 / % possible obs: 98.1 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 15.9 % / Biso Wilson estimate: 10 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.049 / Net I/σ(I): 13
反射 シェル解像度: 1.7→1.73 Å / Rmerge(I) obs: 0.186 / % possible all: 91.9
反射
*PLUS
最高解像度: 1.7 Å / Num. measured all: 249009
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 91.9 % / Mean I/σ(I) obs: 9.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SOLVE位相決定
CNS1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.7→24.54 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Data cutoff high absF: 407968.26 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: CNS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.219 3517 5 %RANDOM
Rwork0.198 ---
all-70877 --
obs-70877 94.3 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 42.65 Å2 / ksol: 0.391 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 10.6 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.39 Å20 Å20.03 Å2
2---1.94 Å20 Å2
3---3.33 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.21 Å0.19 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.14 Å0.14 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→24.54 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2726 0 2 267 2995
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d26.5
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.8
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it0.161.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it0.292
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it0.212
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it0.322.5
LS精密化 シェル解像度: 1.7→1.81 Å / Rfactor Rfree error: 0.012 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.267 482 4.7 %
Rwork0.243 9794 -
obs--82.6 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION3CARBOHYDRATE.PARAMCARBOHYDRATE.TOP
X-RAY DIFFRACTION4ION.PARAMION.TOP
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / バージョン: 1 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
σ(F): 0 / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor obs: 0.198
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 10.6 Å2
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg26.5
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.8
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it0.161.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it0.212
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it0.292
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it0.322.5
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.267 / % reflection Rfree: 4.7 % / Rfactor Rwork: 0.243

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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