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- PDB-1iw7: Crystal structure of the RNA polymerase holoenzyme from Thermus t... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1iw7
タイトルCrystal structure of the RNA polymerase holoenzyme from Thermus thermophilus at 2.6A resolution
要素(RNA polymerase ...RNAポリメラーゼ) x 5
キーワードTRANSFERASE (転移酵素) / RNA polymerase holoenzyme (RNAポリメラーゼ) / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI / Structural Genomics (構造ゲノミクス)
機能・相同性
機能・相同性情報


sigma factor activity / DNA-directed RNA polymerase complex / DNA-templated transcription initiation / ribonucleoside binding / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / ポリメラーゼ / protein dimerization activity / DNA-templated transcription / magnesium ion binding / DNA binding ...sigma factor activity / DNA-directed RNA polymerase complex / DNA-templated transcription initiation / ribonucleoside binding / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / ポリメラーゼ / protein dimerization activity / DNA-templated transcription / magnesium ion binding / DNA binding / zinc ion binding / metal ion binding / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #1410 / Ribonucleotide Reductase Protein R1; domain 1 - #90 / Wheat Germ Agglutinin (Isolectin 2); domain 1 - #280 / Rna Polymerase Beta Subunit; Chain: C,domain 2 / Rna Polymerase Beta Subunit; Chain: C,domain 2 - #10 / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) - #1810 / Molybdopterin biosynthesis moea protein, domain 2 / Rna Polymerase Beta Subunit; Chain: C, domain 4 / DNA-directed RNA polymerase, beta subunit, external 1 domain / RNA polymerase Rpb1, domain 3 ...Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #1410 / Ribonucleotide Reductase Protein R1; domain 1 - #90 / Wheat Germ Agglutinin (Isolectin 2); domain 1 - #280 / Rna Polymerase Beta Subunit; Chain: C,domain 2 / Rna Polymerase Beta Subunit; Chain: C,domain 2 - #10 / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) - #1810 / Molybdopterin biosynthesis moea protein, domain 2 / Rna Polymerase Beta Subunit; Chain: C, domain 4 / DNA-directed RNA polymerase, beta subunit, external 1 domain / RNA polymerase Rpb1, domain 3 / Molybdopterin biosynthesis moea protein, domain 2 / RNA polymerase Rpb1 funnel domain / : / DNA-directed RNA polymerase subunit beta', hybrid domain / Enzyme I; Chain A, domain 2 / Ribonucleotide Reductase Protein R1; domain 1 / Topoisomerase I; Chain A, domain 4 / Dna-directed Rna Polymerase Ii 140kd Polypeptide; Chain: B; domain 3 / RNA polymerase Rpb2, domain 2 / Dna-directed Rna Polymerase Ii 140kd Polypeptide; Chain: B; Domain 6 / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2, domain 6 / RNA polymerase II, Rpb2 subunit, wall domain / Barwin-like endoglucanases - #20 / Barwin-like endoglucanases / Wheat Germ Agglutinin (Isolectin 2); domain 1 / RNA polymerase subunit, RPB6/omega / Eukaryotic RPB6 RNA polymerase subunit / RNA polymerase II/Efflux pump adaptor protein, barrel-sandwich hybrid domain / DNA-directed RNA polymerase, insert domain / RNA polymerase, RBP11-like subunit / RNA Polymerase Alpha Subunit; Chain A, domain 2 / RNA polymerase sigma factor RpoD, C-terminal / RNA polymerase sigma factor RpoD / RNA polymerase sigma-70 region 1.2 / Sigma-70 factor, region 1.2 / RNA polymerase sigma-70 region 3 / Sigma-70 region 3 / Sigma-70 factors family signature 2. / RNA polymerase sigma-70 / RNA polymerase sigma-70 region 4 / Sigma-70, region 4 / RNA polymerase sigma-70 region 2 / RNA polymerase sigma-70 like domain / Sigma-70 region 2 / RNA polymerase sigma factor, region 2 / RNA polymerase sigma factor, region 3/4-like / Gyrase A; domain 2 / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / DNA-directed RNA polymerase, omega subunit / DNA-directed RNA polymerase, subunit beta-prime, bacterial type / DNA-directed RNA polymerase, beta subunit, external 1 domain superfamily / DNA-directed RNA polymerase, beta subunit, external 1 domain / RNA polymerase beta subunit external 1 domain / RNA polymerase, alpha subunit, C-terminal / Bacterial RNA polymerase, alpha chain C terminal domain / DNA-directed RNA polymerase, alpha subunit / DNA-directed RNA polymerase beta subunit, bacterial-type / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / Beta Complex / Helix non-globular / RNA polymerase Rpb6 / RNA polymerase, subunit omega/Rpo6/RPB6 / RNA polymerase Rpb6 / RNA polymerase Rpb1, domain 3 superfamily / RNA polymerase Rpb1, clamp domain superfamily / RPB6/omega subunit-like superfamily / DNA-directed RNA polymerase, subunit beta-prime / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / RNA polymerase Rpb1, domain 3 / RNA polymerase Rpb1, domain 3 / RNA polymerase Rpb2, domain 2 superfamily / RNA polymerase Rpb1, domain 1 / RNA polymerase Rpb1, domain 1 / RNA polymerase, alpha subunit / RNA polymerase Rpb1, domain 4 / RNA polymerase Rpb1, domain 2 / RNA polymerase Rpb1, domain 4 / RNA polymerase, N-terminal / RNA polymerase Rpb1, funnel domain superfamily / RNA polymerase I subunit A N-terminus / RNA polymerase Rpb1, domain 5 / RNA polymerase Rpb1, domain 5 / RNA polymerase, beta subunit, protrusion / RNA polymerase beta subunit / DNA-directed RNA polymerase, insert domain / DNA-directed RNA polymerase, RpoA/D/Rpb3-type / RNA polymerase Rpb3/RpoA insert domain / RNA polymerase Rpb3/Rpb11 dimerisation domain / RNA polymerases D / DNA-directed RNA polymerase, insert domain superfamily / RNA polymerase, RBP11-like subunit / RNA polymerase Rpb2, domain 2 / RNA polymerase Rpb2, domain 2 / RNA polymerase, beta subunit, conserved site / RNA polymerase Rpb2, domain 7 / RNA polymerase Rpb2, domain 3 / RNA polymerase Rpb2, OB-fold / RNA polymerase Rpb2, domain 7 / RNA polymerase Rpb2, domain 3 / RNA polymerases beta chain signature.
類似検索 - ドメイン・相同性
LEAD (II) ION / : / DNA-directed RNA polymerase subunit alpha / RNA polymerase sigma factor SigA / DNA-directed RNA polymerase subunit omega / DNA-directed RNA polymerase subunit beta' / DNA-directed RNA polymerase subunit beta / DNA-directed RNA polymerase subunit alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI)
引用ジャーナル: NATURE / 年: 2002
タイトル: Crystal structure of a bacterial RNA polymerase holoenzyme at 2.6 A resolution
著者: Vassylyev, D.G. / Sekine, S. / Laptenko, O. / Lee, J. / Vassylyeva, M.N. / Borukhov, S. / Yokoyama, S.
履歴
登録2002年4月22日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02002年6月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年10月25日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RNA polymerase alpha subunit
B: RNA polymerase alpha subunit
C: RNA polymerase beta subunit
D: RNA polymerase beta subunit
E: RNA polymerase omega subunit
F: RNA polymerase sigma-70 subunit
K: RNA polymerase alpha subunit
L: RNA polymerase alpha subunit
M: RNA polymerase beta subunit
N: RNA polymerase beta subunit
O: RNA polymerase omega subunit
P: RNA polymerase sigma-70 subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)865,888501
ポリマ－853,27112
非ポリマー12,617489
水98,6505476
1
A: RNA polymerase alpha subunit
B: RNA polymerase alpha subunit
C: RNA polymerase beta subunit
D: RNA polymerase beta subunit
E: RNA polymerase omega subunit
F: RNA polymerase sigma-70 subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)433,369268
ポリマ－426,6356
非ポリマー6,734262
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
K: RNA polymerase alpha subunit
L: RNA polymerase alpha subunit
M: RNA polymerase beta subunit
N: RNA polymerase beta subunit
O: RNA polymerase omega subunit
P: RNA polymerase sigma-70 subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)432,519233
ポリマ－426,6356
非ポリマー5,883227
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)236.350, 236.350, 249.040
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number145
Space group name H-MP32

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要素

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RNA polymerase ... , 5種, 12分子 ABKLCMDNEOFP

#1: タンパク質
RNA polymerase alpha subunit


分子量: 35056.164 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス)
参照: UniProt: Q9Z9H6, UniProt: Q5SHR6*PLUS, ポリメラーゼ
#2: タンパク質 RNA polymerase beta subunit


分子量: 125436.539 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス)
参照: UniProt: Q8RQE9*PLUS, ポリメラーゼ
#3: タンパク質 RNA polymerase beta subunit


分子量: 170997.391 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス)
参照: UniProt: Q8RQE8*PLUS, ポリメラーゼ
#4: タンパク質 RNA polymerase omega subunit


分子量: 11521.221 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス)
参照: UniProt: Q8RQE7*PLUS, ポリメラーゼ
#5: タンパク質 RNA polymerase sigma-70 subunit


分子量: 48568.008 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス)
参照: GenBank: 4239959, UniProt: Q5SKW1*PLUS, ポリメラーゼ

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非ポリマー , 3種, 5965分子

#6: 化合物...
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 485 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#7: 化合物
ChemComp-PB / LEAD (II) ION / 鉛


分子量: 207.200 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Pb
#8: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 5476 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 73.87 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.8
詳細: Mg formate, PEG400, Spermidine, TRIS HCl, pH 5.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
結晶化
*PLUS
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
110 mg/mlprotein1drop
213 mMmagnesium formate1reservoir
35 %PEG4001reservoir
42 mMdithiothreitol1reservoir
520 mMMES1reservoirpH5.8

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL45PX / 波長: 1.02 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2001年1月25日
放射散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.02 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→40 Å / Num. all: 1449705 / Num. obs: 1362723 / % possible obs: 94 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.133 / Net I/σ(I): 5.4
反射 シェル解像度: 2.7→2.8 Å / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.37 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / % possible all: 89.2
反射
*PLUS
Num. obs: 452740 / % possible obs: 94.6 % / Num. measured all: 1362723 / Rmerge(I) obs: 0.133
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 2.6 Å / % possible obs: 89.2 % / Rmerge(I) obs: 0.37

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
AMoRE位相決定
CNS1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1I6V

1i6v


解像度: 2.6→40 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: Merohedral twinning (-h,-k,l). Twinning fraction - 0.5.
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.274 20891 THIN SHELS
Rwork0.228 --
all0.232 478583 -
obs0.232 427116 -
原子変位パラメータBiso mean: 58.9 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数53564 0 489 5476 59529
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.013
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg2.08
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.16
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d25.05
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.7 Å / Rfactor Rfree: 0.322 / Rfactor Rwork: 0.303
精密化
*PLUS
% reflection Rfree: 4 % / Rfactor all: 0.232 / Rfactor Rfree: 0.274 / Rfactor Rwork: 0.228
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.02
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg2.26
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg25.05
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg1.18
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.322 / Rfactor Rwork: 0.303

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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