PDB-1isi: Crystal Structure Analysis of BST-1/CD157 complexed with ethenoNAD

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1isi

タイトル

Crystal Structure Analysis of BST-1/CD157 complexed with ethenoNAD

要素

bone marrow stromal cell antigen 1

キーワード

HYDROLASE (加水分解酵素) / ADP ribosyl cyclase / NAD glycohydrolase / cns / ethenoNAD

機能・相同性

機能・相同性情報

: / : / regulation of cellular extravasation / regulation of superoxide metabolic process /

regulation of neutrophil chemotaxis / regulation of integrin-mediated signaling pathway / phosphorus-oxygen lyase activity / Post-translational modification: synthesis of GPI-anchored proteins /

uropod /

ニコチン酸 ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Yamamoto-Katayama, S. / Ariyoshi, M. / Ishihara, K. / Hirano, T. / Jingami, H. / Morikawa, K.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2002
タイトル: Crystallographic studies on human BST-1/CD157 with ADP-ribosyl cyclase and NAD glycohydrolase activities.
著者: Yamamoto-Katayama, S. / Ariyoshi, M. / Ishihara, K. / Hirano, T. / Jingami, H. / Morikawa, K.

履歴

登録	2001年12月5日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2002年3月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月27日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 2.0	2020年7月29日	Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.1	2021年11月10日	Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: chem_comp / database_2 / struct_ref_seq_dif Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 2.2	2023年12月27日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1isi.cif.gz	122.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1isi.ent.gz	95 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1isi.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/is/1isi ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/is/1isi	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1isfC 1isgC 1ishC 1isjC 1ismC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1isf-d 1ish-d 1isg-d 1ism-d 1isj-d 3r6s-3 3zwy-2 3zwx-1 1lbe-d 3zwv-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#143 - 2011年11月 Toll様受容体 (Toll-like Receptors) 類似性 (1)

登録構造単位

A: bone marrow stromal cell antigen 1

B: bone marrow stromal cell antigen 1

ヘテロ分子

62.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	58.945, 112.740, 130.851
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質

bone marrow stromal cell antigen 1 / BST-1/CD157 / ADP-ribosyl cyclase 2

分子量: 30172.182 Da / 分子数: 2 / 断片: Extracellular region / 変異: N34D, N63T, N116A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): High Five / 発現宿主:

Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q10588,

NAD+ヌクレオシダーゼ

#2: 多糖

2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

タイプ: oligosaccharide

オリゴ糖 / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}	LINUCS	PDB-CARE

#3: 化合物

ChemComp-NCA / NICOTINAMIDE / ニコチンアミド /

ニコチンアミド

分子量: 122.125 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₆N₂O / コメント: 薬剤*YM

#4: 化合物

ChemComp-ENQ / [[(2R,3S,4R,5R)-3,4-dihydroxy-5-(9H-imidazo[2,1-f]purin-6-ium-3-yl)oxolan-2-yl]methoxy-oxidanidyl-phosphoryl] [(2R,3S,4R,5R)-3,4-dihydroxy-5-oxidanidyl-oxolan-2-yl]methyl phosphate

タイプ: RNA linking / 分子量: 582.329 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₇H₂₂N₅O₁₄P₂

#5: 水

ChemComp-HOH / water /

水

分子量: 18.015 Da / 分子数: 262 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.6 Å³/Da / 溶媒含有率: 65.84 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5 詳細: ammonium sulfate, citrate, ethenoNAD, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL24XU / 波長: 0.836 Å
検出器	タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2000年3月18日
放射	モノクロメーター: SILICON CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.836 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.1→20 Å / Num. all: 49467 / Num. obs: 49467 / % possible obs: 95.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 30 % / B_iso Wilson estimate: 29.7 Å² / R_merge(I) obs: 0.053 / Net I/σ(I): 4.8
反射シェル	解像度: 2.1→2.17 Å / R_merge(I) obs: 0.244 / Mean I/σ(I) obs: 30.3 / Num. unique all: 4498 / % possible all: 88.3

-
解析

ソフトウェア

名称	分類
DENZO	データ削減
SCALEPACK	データスケーリング
CNS	精密化
CNS	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.1→19.57 Å / R_factor R_free error: 0.004 / Data cutoff high absF: 1395327.1 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.246	3759	7.6 %	RANDOM
R_work	0.219	-	-	-
all	-	49401	-	-
obs	-	49401	95.5 %	-

溶媒の処理

溶媒モデル: FLAT MODEL / B_sol: 55.3696 Å² / k_sol: 0.397687 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso mean: 36.3 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	14.3 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-5.99 Å²	0 Å²
3-	-	-	-8.31 Å²

Refine analyze

	Free	Obs
Luzzati coordinate error	0.3 Å	0.27 Å
Luzzati d res low	-	5 Å
Luzzati sigma a	0.23 Å	0.24 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→19.57 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4010	0	150	262	4422

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target
X-RAY DIFFRACTION	c_bond_d	0.006
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_d	1.2
X-RAY DIFFRACTION	c_dihedral_angle_d	21.2
X-RAY DIFFRACTION	c_improper_angle_d	0.72
X-RAY DIFFRACTION	c_mcbond_it	1.19	1.5
X-RAY DIFFRACTION	c_mcangle_it	1.88	2
X-RAY DIFFRACTION	c_scbond_it	1.82	2
X-RAY DIFFRACTION	c_scangle_it	2.73	2.5

LS精密化シェル

解像度: 2.1→2.23 Å / R_factor R_free error: 0.011 / Total num. of bins used: 6

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.278	601	8 %
R_work	0.269	6907	-
obs	-	7508	88.7 %

Xplor file

Refine-ID	Serial no	Param file	Topol file
X-RAY DIFFRACTION	1	PROTEIN_REP.PARAM	PROTEIN_REP.TOP
X-RAY DIFFRACTION	2	CARBOHYDRATE.PARAM	CARBOHYDRATE.TOP
X-RAY DIFFRACTION	3	WATER_REP2.PARAM	WATER2.TOP
X-RAY DIFFRACTION	4	NCA.PARAM	NCA.TOP
X-RAY DIFFRACTION	5	ETHENO.PARAM	ETHENO.TOP

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)