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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1isg | |||||||||
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タイトル | Crystal Structure Analysis of BST-1/CD157 with ATPgammaS | |||||||||
要素 | bone marrow stromal cell antigen 1 | |||||||||
キーワード | HYDROLASE / ADP ribosylcyclase / NAD glycohydrolase / cns / ATPgammaS | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 regulation of cellular extravasation / regulation of superoxide metabolic process / regulation of neutrophil chemotaxis / regulation of integrin-mediated signaling pathway / phosphorus-oxygen lyase activity / Post-translational modification: synthesis of GPI-anchored proteins / uropod / Nicotinate metabolism / regulation of cell-matrix adhesion / ADP-ribosyl cyclase/cyclic ADP-ribose hydrolase ...regulation of cellular extravasation / regulation of superoxide metabolic process / regulation of neutrophil chemotaxis / regulation of integrin-mediated signaling pathway / phosphorus-oxygen lyase activity / Post-translational modification: synthesis of GPI-anchored proteins / uropod / Nicotinate metabolism / regulation of cell-matrix adhesion / ADP-ribosyl cyclase/cyclic ADP-ribose hydrolase / NAD+ nucleosidase activity / NAD+ nucleotidase, cyclic ADP-ribose generating / regulation of peptidyl-tyrosine phosphorylation / humoral immune response / side of membrane / specific granule membrane / positive regulation of B cell proliferation / regulation of calcium-mediated signaling / regulation of actin cytoskeleton organization / regulation of inflammatory response / transferase activity / positive regulation of cell population proliferation / Neutrophil degranulation / signal transduction / extracellular exosome / extracellular region / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å | |||||||||
データ登録者 | Yamamoto-Katayama, S. / Ariyoshi, M. / Ishihara, K. / Hirano, T. / Jingami, H. / Morikawa, K. | |||||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2002 タイトル: Crystallographic studies on human BST-1/CD157 with ADP-ribosyl cyclase and NAD glycohydrolase activities. 著者: Yamamoto-Katayama, S. / Ariyoshi, M. / Ishihara, K. / Hirano, T. / Jingami, H. / Morikawa, K. #1: ジャーナル: Biochem.J. / 年: 2001 タイトル: Site-directed removal of N-glycosylation sites in BST-1/CD157: effects on molecular and functional heterogeneity 著者: Yamamoto-Katayama, S. / Sato, A. / Ariyoshi, M. / Suyama, M. / Ishihara, K. / Hirano, T. / Nakamura, H. / Morikawa, K. / Jingami, H. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1isg.cif.gz | 117.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1isg.ent.gz | 90.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1isg.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1isg_validation.pdf.gz | 1.6 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1isg_full_validation.pdf.gz | 1.6 MB | 表示 | |
XML形式データ | 1isg_validation.xml.gz | 22.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1isg_validation.cif.gz | 30.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/is/1isg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/is/1isg | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 30172.182 Da / 分子数: 2 / 断片: Extracellular region / 変異: N34D, N63T, N116A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): High Five / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q10588, NAD+ glycohydrolase #2: 多糖 | #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.57 % | |||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5 詳細: ammonium sulfate, citrate, ATPgammaS, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K | |||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 20 ℃ / 手法: unknown | |||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL24XU / 波長: 0.836 Å |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2000年3月18日 |
放射 | モノクロメーター: silicon crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.836 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.6→20 Å / Num. all: 26538 / Num. obs: 26538 / % possible obs: 98.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 31.2 % / Biso Wilson estimate: 26.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.068 / Net I/σ(I): 5.9 |
反射 シェル | 解像度: 2.6→2.69 Å / Rmerge(I) obs: 0.371 / Mean I/σ(I) obs: 33.6 / Num. unique all: 2504 / % possible all: 94.2 |
反射 | *PLUS 最低解像度: 20 Å |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 94.2 % |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.6→19.4 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 34.5738 Å2 / ksol: 0.361196 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 45.1 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.6→19.4 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.6→2.76 Å / Rfactor Rfree error: 0.02 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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精密化 | *PLUS 最低解像度: 20 Å / σ(F): 0 / % reflection Rfree: 7.5 % / Rfactor obs: 0.211 / Rfactor Rfree: 0.25 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS Biso mean: 45.1 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor Rfree: 0.337 / % reflection Rfree: 7.2 % / Rfactor Rwork: 0.292 |