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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1isa | ||||||
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タイトル | STRUCTURE-FUNCTION IN E. COLI IRON SUPEROXIDE DISMUTASE: COMPARISONS WITH THE MANGANESE ENZYME FROM T. THERMOPHILUS | ||||||
要素 | IRON(II) SUPEROXIDE DISMUTASE | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE(SUPEROXIDE ACCEPTOR) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 response to superoxide / superoxide metabolic process / スーパーオキシドディスムターゼ / superoxide dismutase activity / removal of superoxide radicals / oxidoreductase activity / iron ion binding / 生体膜 / metal ion binding / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 1.8 Å | ||||||
データ登録者 | Lah, M.S. / Dixon, M. / Pattridge, K.A. / Stallings, W.C. / Fee, J.A. / Ludwig, M.L. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 1995 タイトル: Structure-function in Escherichia coli iron superoxide dismutase: comparisons with the manganese enzyme from Thermus thermophilus. 著者: Lah, M.S. / Dixon, M.M. / Pattridge, K.A. / Stallings, W.C. / Fee, J.A. / Ludwig, M.L. #1: ジャーナル: Molecular Biology of Free Radical Scavenging Systems 年: 1992 タイトル: Iron and Manganese Superoxide Dismutases: Catalytic Inferences from the Structures 著者: Stallings, W.C. / Bull, C. / Fee, J.A. / Lah, M.S. / Ludwig, M.L. #2: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1988 タイトル: Iron Superoxide Dismutase: Nucleotide Sequence of the Gene from Escherichia Coli K12 and Correlation with Crystal Structures 著者: Carlioz, A. / Ludwig, M.L. / Stallings, W.C. / Fee, J.A. / Steinman, H.M. / Touati, D. | ||||||
履歴 |
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Remark 650 | HELIX ASSIGNMENTS OF SECONDARY STRUCTURE ARE BASED ON THE ALGORITHM OF KABSCH AND SANDER. ...HELIX ASSIGNMENTS OF SECONDARY STRUCTURE ARE BASED ON THE ALGORITHM OF KABSCH AND SANDER. EXCEPTIONS: THE FIRST HELIX HAS A KINK NEAR RESIDUE 28; SUCCESSIVE 3/10 TURNS ARE GIVEN PRIORITY OVER SHORT HELICES. |
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1isa.cif.gz | 90.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1isa.ent.gz | 69.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1isa.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/is/1isa ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/is/1isa | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Atom site foot note | 1: CIS PROLINE - PRO A 16 / 2: CIS PROLINE - PRO B 16 | ||||||||
非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper: (Code: given Matrix: (-0.1465, -0.9542, 0.2607), ベクター: 詳細 | THE TRANSFORMATION PRESENTED ON *MTRIX* RECORDS BELOW WILL YIELD APPROXIMATE COORDINATES FOR CHAIN *B* WHEN APPLIED TO CHAIN *A*. | |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 21154.486 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): K12 参照: UniProt: P09157, UniProt: P0AGD3*PLUS, スーパーオキシドディスムターゼ #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.45 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | *PLUS 温度: 4 ℃ / pH: 7.5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: taken from Stallings, W.C.(1983). Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A., 80, 3884-3888. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
放射 | 散乱光タイプ: x-ray |
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放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 1.8 Å / 最低解像度: 40 Å / Num. obs: 37923 / % possible obs: 92 % / 冗長度: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.0591 / Rmerge F obs: 0.1 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 1.8→40 Å / σ(F): 0 /
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→40 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor obs: 0.188 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS タイプ: x_angle_d / Dev ideal: 2.739 |