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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1is0 | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of a Complex of the Src SH2 Domain with Conformationally Constrained Peptide Inhibitor | ||||||
要素 |
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キーワード | TRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / conformationaly constrained INHIBITOR / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 non-specific protein-tyrosine kinase / non-membrane spanning protein tyrosine kinase activity / リン酸化 / ATP binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Rous sarcoma virus (ラウス肉腫ウイルス) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å | ||||||
データ登録者 | Davidson, J.P. / Lubman, O. / Rose, T. / Waksman, G. / Martin, S.F. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2002 タイトル: Calorimetric and structural studies of 1,2,3-trisubstituted cyclopropanes as conformationally constrained peptide inhibitors of Src SH2 domain binding. 著者: Davidson, J.P. / Lubman, O. / Rose, T. / Waksman, G. / Martin, S.F. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1is0.cif.gz | 58.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1is0.ent.gz | 42.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1is0.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/is/1is0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/is/1is0 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 12186.738 Da / 分子数: 2 / 断片: SH2 domain / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Rous sarcoma virus (ラウス肉腫ウイルス) 属: Alpharetrovirusアルファレトロウイルス属 / プラスミド: pET3a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00524, EC: 2.7.1.112 #2: タンパク質・ペプチド | #3: 水 | ChemComp-HOH / | 構成要素の詳細 | THE PEPTIDE INHIBITOR IS A CONFORMATI | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.83 % | ||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: 53% MPD, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K | ||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 200 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: RIGAKU / 検出器: IMAGE PLATE |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 最高解像度: 1.9 Å |
反射 | *PLUS 最高解像度: 1.9 Å / 最低解像度: 30 Å / Num. obs: 18121 / % possible obs: 97 % / Num. measured all: 101439 / Rmerge(I) obs: 0.031 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 95.3 % / Rmerge(I) obs: 0.11 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.9→22.32 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Data cutoff high absF: 578161.69 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 48.8679 Å2 / ksol: 0.371906 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 22.2 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→22.32 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.9→2.02 Å / Rfactor Rfree error: 0.023 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: CNS / バージョン: 1 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最低解像度: 30 Å / Num. reflection obs: 16124 / σ(F): 2 / % reflection Rfree: 10 % / Rfactor Rfree: 0.267 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS Biso mean: 22.2 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor Rfree: 0.411 / % reflection Rfree: 10.9 % / Rfactor Rwork: 0.376 |