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- PDB-1ir1: Crystal Structure of Spinach Ribulose-1,5-Bisphosphate Carboxylas... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ir1
タイトルCrystal Structure of Spinach Ribulose-1,5-Bisphosphate Carboxylase/Oxygenase (Rubisco) Complexed with CO2, Mg2+ and 2-Carboxyarabinitol-1,5-Bisphosphate
要素
  • Large subunit of Rubisco
  • Small subunit of Rubisco
キーワードLYASE (リアーゼ) / ALPHA/BETA BARREL
機能・相同性
機能・相同性情報


光呼吸 / リブロース1,5-ビスリン酸カルボキシラーゼ/オキシゲナーゼ / ribulose-bisphosphate carboxylase activity / reductive pentose-phosphate cycle / 葉緑体 / monooxygenase activity / magnesium ion binding
類似検索 - 分子機能
Ribulose-1,5-bisphosphate carboxylase small subunit, N-terminal / Ribulose-1,5-bisphosphate carboxylase small subunit / Ribulose bisphosphate carboxylase, small subunit / Ribulose 1,5 Bisphosphate Carboxylase/Oxygenase / Ribulose bisphosphate carboxylase, small subunit / Ribulose bisphosphate carboxylase, large subunit, C-terminal domain / RuBisCO large subunit, N-terminal domain / Ribulose bisphosphate carboxylase small subunit, domain / Ribulose bisphosphate carboxylase, small subunit superfamily / Ribulose bisphosphate carboxylase, small chain ...Ribulose-1,5-bisphosphate carboxylase small subunit, N-terminal / Ribulose-1,5-bisphosphate carboxylase small subunit / Ribulose bisphosphate carboxylase, small subunit / Ribulose 1,5 Bisphosphate Carboxylase/Oxygenase / Ribulose bisphosphate carboxylase, small subunit / Ribulose bisphosphate carboxylase, large subunit, C-terminal domain / RuBisCO large subunit, N-terminal domain / Ribulose bisphosphate carboxylase small subunit, domain / Ribulose bisphosphate carboxylase, small subunit superfamily / Ribulose bisphosphate carboxylase, small chain / Ribulose bisphosphate carboxylase, small chain / Ribulose bisphosphate carboxylase large subunit, type I / Ribulose bisphosphate carboxylase, large chain, active site / Ribulose bisphosphate carboxylase large chain active site. / Ribulose bisphosphate carboxylase, large subunit, ferrodoxin-like N-terminal / Ribulose bisphosphate carboxylase large chain, N-terminal domain / Ribulose bisphosphate carboxylase, large subunit, C-terminal / リブロース1,5-ビスリン酸カルボキシラーゼ/オキシゲナーゼ / Ribulose bisphosphate carboxylase, large subunit, C-terminal domain superfamily / RuBisCO large subunit, N-terminal domain superfamily / Ribulose bisphosphate carboxylase large chain, catalytic domain / Alpha-Beta Plaits / TIMバレル / Alpha-Beta Barrel / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2-CARBOXYARABINITOL-1,5-DIPHOSPHATE / Ribulose bisphosphate carboxylase large chain / Ribulose bisphosphate carboxylase small subunit, chloroplastic 2
類似検索 - 構成要素
生物種Spinacia oleracea (ホウレンソウ)
手法X線回折 / シンクロトロン / RE-REFINEMENT of 1BUR / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Mizohata, E. / Matsumura, H. / Okano, Y. / Kumei, M. / Takuma, H. / Onodera, J. / Kato, K. / Shibata, N. / Inoue, T. / Yokota, A. / Kai, Y.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2002
タイトル: Crystal structure of activated ribulose-1,5-bisphosphate carboxylase/oxygenase from green alga Chlamydomonas reinhardtii complexed with 2-carboxyarabinitol-1,5-bisphosphate.
著者: Mizohata, E. / Matsumura, H. / Okano, Y. / Kumei, M. / Takuma, H. / Onodera, J. / Kato, K. / Shibata, N. / Inoue, T. / Yokota, A. / Kai, Y.
履歴
登録2001年8月31日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
置き換え2002年3月13日ID: 1BUR
改定 1.02002年3月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32023年10月25日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_conn_type / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Large subunit of Rubisco
S: Small subunit of Rubisco
B: Large subunit of Rubisco
T: Small subunit of Rubisco
C: Large subunit of Rubisco
U: Small subunit of Rubisco
D: Large subunit of Rubisco
V: Small subunit of Rubisco
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)271,67116
ポリマ－270,1508
非ポリマー1,5228
水40,9302272
1
A: Large subunit of Rubisco
S: Small subunit of Rubisco
B: Large subunit of Rubisco
T: Small subunit of Rubisco
C: Large subunit of Rubisco
U: Small subunit of Rubisco
D: Large subunit of Rubisco
V: Small subunit of Rubisco
ヘテロ分子

A: Large subunit of Rubisco
S: Small subunit of Rubisco
B: Large subunit of Rubisco
T: Small subunit of Rubisco
C: Large subunit of Rubisco
U: Small subunit of Rubisco
D: Large subunit of Rubisco
V: Small subunit of Rubisco
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)543,34332
ポリマ－540,30016
非ポリマー3,04316
水28816
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_555-x,y,-z+1/21
Buried area110760 Å2
ΔGint-503 kcal/mol
Surface area120160 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)157.8, 157.8, 200.9
Angle α, β, γ (deg.)90, 90, 90
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-534-

HOH

21B-714-

HOH

31B-716-

HOH

41B-765-

HOH

51D-518-

HOH

61D-521-

HOH

71D-524-

HOH

81D-716-

HOH

91D-798-

HOH

101D-800-

HOH

111D-841-

HOH

詳細The biological assembly is a hexadecamer comprised of 8 large and 8 small subunits. A half of the hexadecamer (4 large and 4 small subunits) exists in the asymmetric unit. The rest part is generated by -x, y, -z+1/2.

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要素

#1: タンパク質
Large subunit of Rubisco / RIBULOSE BISPHOSPHATE CARBOXYLASE LARGE CHAIN


分子量: 52849.742 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 器官: leaves
参照: UniProt: P00875, リブロース1,5-ビスリン酸カルボキシラーゼ/オキシゲナーゼ
#2: タンパク質
Small subunit of Rubisco / RIBULOSE BISPHOSPHATE CARBOXYLASE SMALL CHAIN 2


分子量: 14687.708 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 器官: leaves
参照: UniProt: Q43832, リブロース1,5-ビスリン酸カルボキシラーゼ/オキシゲナーゼ
#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 糖
ChemComp-CAP / 2-CARBOXYARABINITOL-1,5-DIPHOSPHATE / 2-カルボキシ-D-アラビニト-ル1,5-ビスりん酸


タイプ: saccharide炭水化物 / 分子量: 356.115 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O13P2
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2272 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.84 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.9
詳細: PEG4000, MgCl2, NaHCO3, DTT, 2-carboxyarabinitol-1,5-bisphosphate, Bicine, pH 7.9, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K
結晶化
*PLUS
温度: 20 ℃ / pH: 8 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
180 mMHEPES-KOH1droppH8.0
21 mMEDTA1drop
35 mMdithiothreitol1drop
420 mM1dropMgCl2
540 mM1dropNaHCO3
625 mg/mlprotein1drop
780 mMHEPES-KOH1reservoirpH8.0
81 mMEDTA1reservoir
920 mM1reservoirMgCl2
106-7 %PEG40001reservoir
1130 %(v/v)glycerol1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 298 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-6A
検出器タイプ: WEISSENBERG / 検出器: DIFFRACTOMETER
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 1.8→10 Å / Num. obs: 175568 / % possible obs: 76.9 %
反射 シェル解像度: 1.8→1.86 Å / Num. unique all: 10760 / % possible all: 47.5

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解析

ソフトウェア名称: CNS / バージョン: 1 / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: RE-REFINEMENT of 1BUR
開始モデル: PDB ID 1BUR

1bur
PDB 未公開エントリ


解像度: 1.8→10 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.179 8801 5 %RANDOM
Rwork0.155 ---
obs-175568 76.9 %-
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.203 Å0.176 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.278 Å0.244 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数18696 0 88 2272 21056
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.36
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg23.42
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.81
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.86 Å / Rfactor Rfree error: 0.013
Rfactor反射数%反射
Rfree0.304 573 -
Rwork0.282 --
obs-10760 47.5 %
精密化
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.179 / Rfactor Rwork: 0.155
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
LS精密化 シェル
*PLUS
最高解像度: 1.8 Å / Rfactor Rfree: 0.304 / Rfactor Rwork: 0.282

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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