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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1ioq | ||||||
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タイトル | STABILIZATION OF HEN EGG WHITE LYSOZYME BY A CAVITY-FILLING MUTATION | ||||||
要素 | LYSOZYME C | ||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / Glycosidase / Bacteriolytic enzyme | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 抗微生物ペプチド / Neutrophil degranulation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / cell wall macromolecule catabolic process / リゾチーム / lysozyme activity / killing of cells of another organism / defense response to Gram-negative bacterium / defense response to Gram-positive bacterium / defense response to bacterium ...抗微生物ペプチド / Neutrophil degranulation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / cell wall macromolecule catabolic process / リゾチーム / lysozyme activity / killing of cells of another organism / defense response to Gram-negative bacterium / defense response to Gram-positive bacterium / defense response to bacterium / 小胞体 / extracellular space / identical protein binding / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Gallus gallus (ニワトリ) | ||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 1.79 Å | ||||||
データ登録者 | Ohmura, T. / Ueda, T. / Ootsuka, K. / Saito, M. / Imoto, T. | ||||||
引用 | ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2001 タイトル: Stabilization of hen egg white lysozyme by a cavity-filling mutation. 著者: Ohmura, T. / Ueda, T. / Ootsuka, K. / Saito, M. / Imoto, T. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1ioq.cif.gz | 38.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1ioq.ent.gz | 26.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1ioq.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/io/1ioq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/io/1ioq | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 14381.154 Da / 分子数: 1 / 変異: M12F/L56F / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / プラスミド: PAM82 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P00698, リゾチーム |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.01 % |
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結晶化 | 温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.7 詳細: NaCl, Na-acetate, pH 4.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 296K |
結晶化 | *PLUS |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 296 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU300 / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IIC / 検出器: IMAGE PLATE |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.79→79.5 Å / Num. all: 10950 / Num. obs: 10634 / % possible obs: 91.07 % / Observed criterion σ(F): 1 / Rmerge(I) obs: 0.0579 |
反射 シェル | 解像度: 1.78→1.8 Å / Rmerge(I) obs: 0.258 / Num. unique all: 142 / % possible all: 74 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 1.79→6 Å / σ(F): 1 /
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.79→6 Å
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拘束条件 |
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