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- PDB-1io8: Thermophilic cytochrome P450 (CYP119) from sulfolobus solfataricu... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1io8
タイトルThermophilic cytochrome P450 (CYP119) from sulfolobus solfataricus: High resolution structural origin of its thermostability and functional properties
要素CYTOCHROME P450 CYP119
キーワードOXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / Thermophilic (好熱菌) / Cytochromo P450 / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI / Structural Genomics (構造ゲノミクス) / NPPSFA / National Project on Protein Structural and Functional Analyses
機能・相同性
機能・相同性情報


酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する / lactoperoxidase activity / ペルオキシダーゼ / oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen / monooxygenase activity / iron ion binding / heme binding / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Cytochrome P450, B-class / シトクロムP450 / シトクロムP450 / Cytochrome P450, conserved site / Cytochrome P450 cysteine heme-iron ligand signature. / シトクロムP450 / Cytochrome P450 superfamily / シトクロムP450 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Cytochrome P450 119
類似検索 - 構成要素
生物種Sulfolobus solfataricus (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Park, S.-Y. / Yamane, K. / Adachi, S. / Shiro, Y. / Sligar, S.G. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI)
引用ジャーナル: J.Inorg.Biochem. / 年: 2002
タイトル: Thermophilic cytochrome P450 (CYP119) from Sulfolobus solfataricus: high resolution structure and functional properties
著者: Park, S.Y. / Yamane, K. / Adachi, S. / Shiro, Y. / Weiss, K.E. / Maves, S.A. / Sligar, S.G.
履歴
登録2001年2月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02001年3月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年11月10日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年12月27日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond
改定 1.52024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CYTOCHROME P450 CYP119
B: CYTOCHROME P450 CYP119
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,0134
ポリマ－85,7802
非ポリマー1,2332
水5,098283
1
A: CYTOCHROME P450 CYP119
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,5062
ポリマ－42,8901
非ポリマー6161
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: CYTOCHROME P450 CYP119
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,5062
ポリマ－42,8901
非ポリマー6161
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
A: CYTOCHROME P450 CYP119
ヘテロ分子

A: CYTOCHROME P450 CYP119
ヘテロ分子

B: CYTOCHROME P450 CYP119
ヘテロ分子

B: CYTOCHROME P450 CYP119
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)174,0268
ポリマ－171,5604
非ポリマー2,4664
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z1
crystal symmetry operation2_664-x+1,-y+1,z-1/21
crystal symmetry operation8_665-y+1,-x+1,-z+1/21
Buried area11300 Å2
ΔGint-137 kcal/mol
Surface area59680 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)85.522, 85.522, 221.462
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 CYTOCHROME P450 CYP119


分子量: 42890.012 Da / 分子数: 2 / 変異: F24L / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sulfolobus solfataricus (古細菌) / プラスミド: PKWS119 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): TB-1
参照: UniProt: Q55080, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; ...参照: UniProt: Q55080, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; フラビンないしはフラボプロテインを片方の電子供与体とし、1分子の酸素を取り込む
#2: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME / Heme B


分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 283 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.87 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: PEG4000, 0.2M sodium thiocyanate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K
結晶
*PLUS
溶媒含有率: 48 %
結晶化
*PLUS
温度: 293 K / pH: 6.4 / 詳細: Park, S.Y., (2000) Acta Crystallogr., D56, 1173.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
1200 mMsodium thiocyanate1reservoir
220 %(w/v)PEG40001reservoir
341 mg/mlprotein1drop

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データ収集

回折平均測定温度: 298 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44B2 / 波長: 0.7 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.7 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→20 Å / Num. all: 188348 / Num. obs: 53362 / % possible obs: 94.9 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 21.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.056 / Net I/σ(I): 16.7
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.463 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / % possible all: 86.2
反射
*PLUS
Num. measured all: 188348
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 86.2 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLORモデル構築
X-PLOR3.851精密化
MOSFLMデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
X-PLOR位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Native CYP119

解像度: 2→20 Å / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.307 2694 -RANDOM
Rwork0.23 ---
all-53328 --
obs-53328 94.5 %-
原子変位パラメータBiso mean: 35 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.37 Å0.3 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.38 Å0.41 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5965 0 86 283 6334
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d25.4
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d0.83
LS精密化 シェル解像度: 2→2.13 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.373 423 -
Rwork0.388 --
obs-7895 85.5 %
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.851 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 2 Å / 最低解像度: 20 Å / σ(F): 0 / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor obs: 0.228 / Rfactor Rwork: 0.23
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 35 Å2
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg25.4
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg0.83
LS精密化 シェル
*PLUS
最高解像度: 2 Å / Rfactor Rfree: 0.373 / Rfactor Rwork: 0.388

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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