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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1if7 | ||||||
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タイトル | Carbonic Anhydrase II Complexed With (R)-N-(3-Indol-1-yl-2-methyl-propyl)-4-sulfamoyl-benzamide | ||||||
要素 | CARBONIC ANHYDRASE II炭酸脱水酵素 | ||||||
キーワード | LYASE (リアーゼ) / Carbonic Anhydrase II (炭酸脱水酵素) / (R)-N-(3-Indol-1-yl-2-methyl-propyl)-4-sulfamoyl-benzamide | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 positive regulation of cellular pH reduction / positive regulation of dipeptide transmembrane transport / regulation of monoatomic anion transport / 分泌 / cyanamide hydratase / cyanamide hydratase activity / arylesterase activity / regulation of chloride transport / Reversible hydration of carbon dioxide / angiotensin-activated signaling pathway ...positive regulation of cellular pH reduction / positive regulation of dipeptide transmembrane transport / regulation of monoatomic anion transport / 分泌 / cyanamide hydratase / cyanamide hydratase activity / arylesterase activity / regulation of chloride transport / Reversible hydration of carbon dioxide / angiotensin-activated signaling pathway / positive regulation of synaptic transmission, GABAergic / morphogenesis of an epithelium / regulation of intracellular pH / 炭酸脱水酵素 / carbonate dehydratase activity / carbon dioxide transport / Erythrocytes take up oxygen and release carbon dioxide / Erythrocytes take up carbon dioxide and release oxygen / neuron cellular homeostasis / one-carbon metabolic process / apical part of cell / 髄鞘 / extracellular exosome / zinc ion binding / 細胞膜 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / フーリエ合成 / 解像度: 1.98 Å | ||||||
データ登録者 | Grzybowski, B.A. / Ishchenko, A.V. / Kim, C.-Y. / Topalov, G. / Chapman, R. / Christianson, D.W. / Whitesides, G.M. / Shakhnovich, E.I. | ||||||
引用 | ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2002 タイトル: Combinatorial computational method gives new picomolar ligands for a known enzyme. 著者: Grzybowski, B.A. / Ishchenko, A.V. / Kim, C.Y. / Topalov, G. / Chapman, R. / Christianson, D.W. / Whitesides, G.M. / Shakhnovich, E.I. | ||||||
履歴 |
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Remark 999 | SEQUENCE THE RESIDUE NUMBERING IS NOT SEQUENTIAL. RESIDUE 125 IS COVALENTLY BOUND TO RESIDUE 127. |
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1if7.cif.gz | 69.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1if7.ent.gz | 49 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1if7.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/if/1if7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/if/1if7 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 29157.863 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00918, 炭酸脱水酵素 |
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#2: 化合物 | ChemComp-ZN / |
#3: 化合物 | ChemComp-HG / |
#4: 化合物 | ChemComp-SBR / ( |
#5: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.5 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: methyl mercuric acetate, tris-sulfate, ammonium sulfate, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 4 ℃詳細: drop consists of equal amounts of protein and precipitant solutions | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 298 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.54 Å |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IIC / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2000年6月25日 |
放射 | モノクロメーター: YALE MIRRORS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.54 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.98→20 Å / Num. all: 21083 / Num. obs: 18772 / Observed criterion σ(F): 2 / 冗長度: 5.7 % / Biso Wilson estimate: 16.87 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.098 / Net I/σ(I): 10.3 |
反射 | *PLUS Num. obs: 21083 / % possible obs: 96 % / Num. measured all: 119392 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: フーリエ合成 開始モデル: PDB ENTRY 2CBA 解像度: 1.98→20 Å / σ(F): 2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.98→20 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / 分類: refinement | |||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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