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- PDB-1hx1: CRYSTAL STRUCTURE OF A BAG DOMAIN IN COMPLEX WITH THE HSC70 ATPAS... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1hx1
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF A BAG DOMAIN IN COMPLEX WITH THE HSC70 ATPASE DOMAIN
要素
  • BAG family molecular chaperone regulator 1
  • Heat shock 70 kDa protein 8
キーワードCHAPERONE/CHAPERONE INHIBITOR / PROTEIN-PROTEIN COMPLEX / APOPTOSIS / PROTEIN FOLDING / MOLECULAR CHAPERONE / NUCLEOTIDE EXCHANGE FACTOR / CHAPERONE-CHAPERONE INHIBITOR COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


Regulation of HSF1-mediated heat shock response / Attenuation phase / HSF1-dependent transactivation / Protein methylation / GABA synthesis, release, reuptake and degradation / PKR-mediated signaling / mRNA Splicing - Major Pathway / HSP90 chaperone cycle for steroid hormone receptors (SHR) in the presence of ligand / protein targeting to lysosome involved in chaperone-mediated autophagy / adenyl-nucleotide exchange factor activity ...Regulation of HSF1-mediated heat shock response / Attenuation phase / HSF1-dependent transactivation / Protein methylation / GABA synthesis, release, reuptake and degradation / PKR-mediated signaling / mRNA Splicing - Major Pathway / HSP90 chaperone cycle for steroid hormone receptors (SHR) in the presence of ligand / protein targeting to lysosome involved in chaperone-mediated autophagy / adenyl-nucleotide exchange factor activity / synaptic vesicle uncoating / AUF1 (hnRNP D0) binds and destabilizes mRNA / positive regulation of smooth muscle cell apoptotic process / clathrin coat disassembly / Clathrin-mediated endocytosis / Prp19 complex / Neutrophil degranulation / non-chaperonin molecular chaperone ATPase / chaperone cofactor-dependent protein refolding / Regulation of HSF1-mediated heat shock response / protein folding chaperone / heat shock protein binding / RNA splicing / ATP-dependent protein folding chaperone / spliceosomal complex / mRNA processing / melanosome / presynapse / protein-macromolecule adaptor activity / protein-folding chaperone binding / protein refolding / cell surface receptor signaling pathway / protein stabilization / ribonucleoprotein complex / lysosomal membrane / negative regulation of DNA-templated transcription / ubiquitin protein ligase binding / negative regulation of apoptotic process / nucleolus / apoptotic process / ATP hydrolysis activity / nucleoplasm / ATP binding / membrane / nucleus / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
BAG domain / BAG domain superfamily / Molecular chaperone regulator BAG / BAG domain / BAG domain / BAG domain profile. / BAG domains, present in regulator of Hsp70 proteins / Defensin A-like - #30 / Defensin A-like / Heat shock hsp70 proteins family signature 2. ...BAG domain / BAG domain superfamily / Molecular chaperone regulator BAG / BAG domain / BAG domain / BAG domain profile. / BAG domains, present in regulator of Hsp70 proteins / Defensin A-like - #30 / Defensin A-like / Heat shock hsp70 proteins family signature 2. / Heat shock hsp70 proteins family signature 1. / Heat shock hsp70 proteins family signature 3. / Heat shock protein 70, conserved site / Heat shock protein 70kD, peptide-binding domain superfamily / Heat shock protein 70 family / Hsp70 protein / Heat shock protein 70kD, C-terminal domain superfamily / ATPase, substrate binding domain, subdomain 4 / Actin; Chain A, domain 4 / ATPase, nucleotide binding domain / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / ATPase, nucleotide binding domain / Ubiquitin family / Ubiquitin homologues / Nucleotidyltransferase; domain 5 / Ubiquitin domain profile. / Ubiquitin-like domain / Ubiquitin-like domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Up-down Bundle / 2-Layer Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Heat shock cognate 71 kDa protein / BAG family molecular chaperone regulator 1
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Sondermann, H. / Scheufler, C. / Moarefi, I.
引用ジャーナル: Science / 年: 2001
タイトル: Structure of a Bag/Hsc70 complex: convergent functional evolution of Hsp70 nucleotide exchange factors.
著者: Sondermann, H. / Scheufler, C. / Schneider, C. / Hohfeld, J. / Hartl, F.U. / Moarefi, I.
履歴
登録2001年1月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年3月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32012年6月20日Group: Database references / Structure summary
改定 1.42019年12月18日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: diffrn_source / struct_ref_seq_dif
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _diffrn_source.type / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Heat shock 70 kDa protein 8
B: BAG family molecular chaperone regulator 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,7883
ポリマ－57,6662
非ポリマー1221
水6,467359
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)116.570, 40.780, 129.260
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 114.84, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Heat shock 70 kDa protein 8 / HSC70 / Heat shock cognate 71 kDa protein


分子量: 44509.086 Da / 分子数: 1 / 断片: ATPASE DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 遺伝子: HSPA8, HSC70 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P19120
#2: タンパク質 BAG family molecular chaperone regulator 1 / BAG-1 / Bcl-2-associated athanogene 1


分子量: 13157.168 Da / 分子数: 1 / 断片: BAG DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BAG1, HAP / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q99933
#3: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 359 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.11 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: PEG3350, Tris, Na-K-tartrate, glycerol, DTT, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
結晶化
*PLUS
温度: 20 ℃ / pH: 7.5
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
140 mg/mlprotein1drop
210 mMHEPES1drop
350-100 mMsodium potassium tartrate1reservoir
412-16 %PEG33501reservoir
50.1 MTris1reservoir
625 %(w/v)glycerol1reservoir

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンMPG/DESY, HAMBURG BW610.9786, 0.9792, 0.9500
シンクロトロンESRF ID14-420.9287
検出器
タイプID検出器日付
MARRESEARCH1CCD2000年6月21日
ADSC QUANTUM 42CCD2000年10月24日
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1DiamondMADMx-ray1
2DiamondSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97861
20.97921
30.951
40.92871
反射解像度: 1.9→15 Å / Num. all: 43748 / Num. obs: 43748 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / Biso Wilson estimate: 28.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.056 / Net I/σ(I): 21
反射 シェル解像度: 1.9→2 Å / Rmerge(I) obs: 0.27
反射
*PLUS
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 99.6 % / Rmerge(I) obs: 0.27

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
直接法モデル構築
CNS1精密化
直接法位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.9→14.9 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high absF: 1785682.69 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH and HUBER
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.279 3149 7.2 %RANDOM
Rwork0.234 ---
all-43748 --
obs-43748 99.4 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 64.29 Å2 / ksol: 0.371 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 49.8 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-12.21 Å20 Å23.63 Å2
2--0.06 Å20 Å2
3----12.26 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.35 Å0.28 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.37 Å0.32 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→14.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3776 0 8 359 4143
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22.3
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.86
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.391.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.072
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.072
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.022.5
LS精密化 シェル解像度: 1.9→2.02 Å / Rfactor Rfree error: 0.018 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.399 509 7.1 %
Rwork0.351 6708 -
obs--99.1 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMWATER_REP.TOP
X-RAY DIFFRACTION3TRIS.PARTRIS.TOP
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / バージョン: 1 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
σ(F): 0 / % reflection Rfree: 7.2 % / Rfactor obs: 0.234
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 49.8 Å2
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg22.3
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.86
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.5
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.399 / % reflection Rfree: 7.1 % / Rfactor Rwork: 0.351

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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