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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1hsw | ||||||
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タイトル | LYSOZYME (MUCOPEPTIDE N-ACETYLMURAMYL HYDROLASE) | ||||||
要素 | LYSOZYMEリゾチーム | ||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / GLYCOSIDASE / ENZYME-ORTHORHOMBIC 88% R.H. FORM | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 抗微生物ペプチド / Neutrophil degranulation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / cell wall macromolecule catabolic process / リゾチーム / lysozyme activity / killing of cells of another organism / defense response to Gram-negative bacterium / defense response to Gram-positive bacterium / defense response to bacterium ...抗微生物ペプチド / Neutrophil degranulation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / cell wall macromolecule catabolic process / リゾチーム / lysozyme activity / killing of cells of another organism / defense response to Gram-negative bacterium / defense response to Gram-positive bacterium / defense response to bacterium / 小胞体 / extracellular space / identical protein binding / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Gallus gallus (ニワトリ) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2 Å | ||||||
データ登録者 | Sukumar, N. / Biswal, B.K. / Vijayan, M. | ||||||
引用 | ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 1999 タイトル: Structures of orthorhombic lysozyme grown at basic pH and its low-humidity variant. 著者: Sukumar, N. / Biswal, B.K. / Vijayan, M. #1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 1993 タイトル: Protein Hydration and Water Structure: X-Ray Analysis of a Closely Packed Protein Crystal with Very Low Solvent Content 著者: Madhusudan / Kodandapani, R. / Vijayan, M. #2: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.B / 年: 1990 タイトル: Refinement of Triclinic Lysozyme. II. The Method of Stereochemically Restrained Least-Squares 著者: Ramanadham, M. / Sieker, L.C. / Jensen, L.H. #3: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1990 タイトル: Crystal Structure of Low Humidity Tetragonal Lysozyme at 2.1-A Resolution. Variability in Hydration Shell and its Structural Consequences 著者: Kodandapani, R. / Suresh, C.G. / Vijayan, M. #4: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.B / 年: 1982 タイトル: The Structures of the Monoclinic and Orthorhombic Forms of Hen Egg-White Lysozyme at 6 Angstroms Resolution 著者: Artymiuk, P.J. / Blake, C.C.F. / Rice, D.W. / Wilson, K.S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1hsw.cif.gz | 40.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1hsw.ent.gz | 27.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1hsw.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hs/1hsw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hs/1hsw | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 14331.160 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 詳細: CRYSTAL STRUCTURE AT 88% RELATIVE HUMIDITY FORM I LYSOZYME 由来: (天然) Gallus gallus (ニワトリ) / Cell: EGG / 細胞内の位置: CYTOPLASM (WHITE) / 参照: UniProt: P00698, リゾチーム |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 16.9 % | |||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 9.6 / 詳細: pH 9.6 | |||||||||||||||||||||
結晶 | *PLUS 溶媒含有率: 38.3 % | |||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: unknown / pH: 9.3 | |||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 293 K |
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放射光源 | 波長: 1.5418 |
検出器 | 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年5月11日 |
放射 | 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→30 Å / Num. obs: 7683 / % possible obs: 92.13 % / 冗長度: 4.65 % / Biso Wilson estimate: 23.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.0571 / Net I/σ(I): 26.93 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.1 Å / 冗長度: 4.6 % / Rmerge(I) obs: 0.301 / Mean I/σ(I) obs: 4.19 / % possible all: 90.1 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 35416 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: NATIVE ORTHORHOMBIC FORM 解像度: 2→10 Å / Rfactor Rfree error: 0.017 / Data cutoff high absF: 10000000 / Data cutoff low absF: 0.001 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2
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原子変位パラメータ | Biso mean: 25.8 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.26 Å / Luzzati d res low obs: 10 Å / Luzzati sigma a obs: 0.29 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→10 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2→2.12 Å / Rfactor Rfree error: 0.085 / Total num. of bins used: 6
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / バージョン: 3.851 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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