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万見
- PDB-1hqv: STRUCTURE OF APOPTOSIS-LINKED PROTEIN ALG-2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1hqv
タイトルSTRUCTURE OF APOPTOSIS-LINKED PROTEIN ALG-2
要素PROGRAMMED CELL DEATH PROTEIN 6プログラム細胞死
キーワードAPOPTOSIS (アポトーシス) / penta-EF-hand protein / calcium binding protein (カルシウム結合タンパク質)
機能・相同性
機能・相同性情報


neural crest formation / vascular endothelial growth factor receptor-2 signaling pathway / neural crest cell development / COPII vesicle coat / COPII vesicle coating / negative regulation of TOR signaling / positive regulation of protein monoubiquitination / Cul3-RING ubiquitin ligase complex / negative regulation of vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / ubiquitin-like ligase-substrate adaptor activity ...neural crest formation / vascular endothelial growth factor receptor-2 signaling pathway / neural crest cell development / COPII vesicle coat / COPII vesicle coating / negative regulation of TOR signaling / positive regulation of protein monoubiquitination / Cul3-RING ubiquitin ligase complex / negative regulation of vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / ubiquitin-like ligase-substrate adaptor activity / negative regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / endoplasmic reticulum to Golgi vesicle-mediated transport / endoplasmic reticulum exit site / protein-membrane adaptor activity / positive regulation of endothelial cell proliferation / positive regulation of endothelial cell migration / intracellular protein transport / response to calcium ion / calcium-dependent protein binding / positive regulation of angiogenesis / protein-macromolecule adaptor activity / cellular response to heat / cytoplasmic vesicle / 血管新生 / protein dimerization activity / エンドソーム / apoptotic process / calcium ion binding / endoplasmic reticulum membrane / magnesium ion binding / 小胞体 / protein homodimerization activity / 核質 / identical protein binding / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
EFハンド / EFハンド / Recoverin; domain 1 / EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair ...EFハンド / EFハンド / Recoverin; domain 1 / EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Programmed cell death protein 6
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Jia, J. / Tarabykina, S. / Hansen, C. / Berchtold, M. / Cygler, M.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2001
タイトル: Structure of apoptosis-linked protein ALG-2: insights into Ca2+-induced changes in penta-EF-hand proteins.
著者: Jia, J. / Tarabykina, S. / Hansen, C. / Berchtold, M. / Cygler, M.
履歴
登録2000年12月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年5月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32024年2月7日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROGRAMMED CELL DEATH PROTEIN 6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,0495
ポリマ－21,8881
非ポリマー1604
水91951
1
A: PROGRAMMED CELL DEATH PROTEIN 6
ヘテロ分子

A: PROGRAMMED CELL DEATH PROTEIN 6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,09710
ポリマ－43,7772
非ポリマー3218
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_555x,-y,-z+1/21
Buried area2900 Å2
ΔGint-78 kcal/mol
Surface area18960 Å2
手法PISA
2
A: PROGRAMMED CELL DEATH PROTEIN 6
ヘテロ分子

A: PROGRAMMED CELL DEATH PROTEIN 6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,09710
ポリマ－43,7772
非ポリマー3218
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_656-x+1,y,-z+11
Buried area3320 Å2
ΔGint-99 kcal/mol
Surface area18550 Å2
手法PISA
3
A: PROGRAMMED CELL DEATH PROTEIN 6
ヘテロ分子

A: PROGRAMMED CELL DEATH PROTEIN 6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,09710
ポリマ－43,7772
非ポリマー3218
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z+3/41
Buried area2570 Å2
ΔGint-91 kcal/mol
Surface area19380 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)72.060, 72.060, 91.520
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number91
Space group name H-MP4122
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-996-

CA

21A-444-

HOH

31A-445-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 PROGRAMMED CELL DEATH PROTEIN 6 / プログラム細胞死 / PROBABLE CALCIUM-BINDING PROTEIN ALG-2


分子量: 21888.396 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P12815
#2: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 51 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.66 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: PEG 8000, Calcium Acetate, Sodium cacodylate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
結晶化
*PLUS
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
16 mg/mlprotein1drop
20.1 Msodium cacodylate1reservoir
3100 mM1reservoirCaCl2
412-15 %PEG80001reservoir

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X8C / 波長: 1.04453 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 1999年9月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.04453 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→30 Å / Num. all: 11288 / Num. obs: 10911 / % possible obs: 96.8 % / 冗長度: 6.4 % / Biso Wilson estimate: 50.16 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.061 / Rsym value: 0.063 / Net I/σ(I): 23.7
反射 シェル解像度: 2.3→2.35 Å / Rmerge(I) obs: 0.213 / Num. unique all: 699 / Rsym value: 0.233 / % possible all: 96
反射
*PLUS
Num. measured all: 69890
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 96 %

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CCP4モデル構築
CNS1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CCP4位相決定
精密化構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 2.3→30 Å / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.295 570 -random
Rwork0.25 ---
all-11249 --
obs-10911 97 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1452 0 4 51 1507
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.212
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / バージョン: 1 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 44.7 Å2
拘束条件
*PLUS
タイプ: c_angle_deg / Dev ideal: 1.22

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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