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万見
- PDB-1hny: The structure of human pancreatic alpha-amylase at 1.8 angstroms ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1hny
タイトルThe structure of human pancreatic alpha-amylase at 1.8 angstroms resolution and comparisons with related enzymes
要素HUMAN PANCREATIC ALPHA-AMYLASE
キーワードHYDROLASE (O-GLYCOSYL)
機能・相同性
機能・相同性情報


polysaccharide digestion / Digestion of dietary carbohydrate / alpha-amylase / carbohydrate catabolic process / alpha-amylase activity / chloride ion binding / carbohydrate metabolic process / calcium ion binding / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Alpha-amylase, C-terminal domain / Aamy_C / Alpha-amylase/branching enzyme, C-terminal all beta / Alpha amylase, C-terminal all-beta domain / Alpha amylase / Alpha amylase, catalytic domain / Glycosyl hydrolase, family 13, catalytic domain / Alpha-amylase domain / Golgi alpha-mannosidase II / Glycosyl hydrolase, all-beta ...Alpha-amylase, C-terminal domain / Aamy_C / Alpha-amylase/branching enzyme, C-terminal all beta / Alpha amylase, C-terminal all-beta domain / Alpha amylase / Alpha amylase, catalytic domain / Glycosyl hydrolase, family 13, catalytic domain / Alpha-amylase domain / Golgi alpha-mannosidase II / Glycosyl hydrolase, all-beta / グリコシダーゼ / Glycoside hydrolase superfamily / TIMバレル / Alpha-Beta Barrel / Immunoglobulin-like / サンドイッチ / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Pancreatic alpha-amylase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Luo, Y. / Brayer, G.D.
引用
ジャーナル: Protein Sci. / 年: 1995
タイトル: The structure of human pancreatic alpha-amylase at 1.8 A resolution and comparisons with related enzymes.
著者: Brayer, G.D. / Luo, Y. / Withers, S.G.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1993
タイトル: Isolation, Crystallization and Preliminary Diffraction Analyses of Human Pancreatic Alpha-Amylase
著者: Burk, D. / Wang, Y. / Dombroski, D. / Berghuis, A.M. / Evans, S.V. / Luo, Y. / Withers, S.G. / Brayer, G.D.
履歴
登録1995年6月28日処理サイト: BNL
改定 1.01996年3月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月3日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32019年7月17日Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: pdbx_database_status / software / struct_conn
Item: _pdbx_database_status.process_site / _software.classification ..._pdbx_database_status.process_site / _software.classification / _software.name / _software.version / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.42019年8月14日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.name / _software.version
改定 2.02019年12月25日Group: Derived calculations / Polymer sequence / カテゴリ: entity_poly / pdbx_struct_mod_residue
Item: _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _pdbx_struct_mod_residue.parent_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HUMAN PANCREATIC ALPHA-AMYLASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,0073
ポリマ－55,9311
非ポリマー762
水6,467359
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)53.040, 74.800, 137.340
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Atom site foot note1: CIS PROLINE - PRO 54 / 2: CIS PROLINE - PRO 130

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要素

#1: タンパク質 HUMAN PANCREATIC ALPHA-AMYLASE


分子量: 55931.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 器官: PANCREAS膵臓 / 参照: UniProt: P04746, alpha-amylase
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 359 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.48 %
結晶
*PLUS
溶媒含有率: 50 %
結晶化
*PLUS
温度: 22 ℃ / pH: 7.5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
120 mg/mlprotein1drop
21 mM1dropNH4OH
3100 mMcacodylate1drop
460 %MPD1reservoir

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データ収集

放射光源波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU / 検出器: IMAGE PLATE
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→36.6 Å / Num. obs: 42316 / % possible obs: 82.1 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.055
反射
*PLUS
Rmerge(I) obs: 0.055
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 1.8 Å / 最低解像度: 2 Å / % possible obs: 63.1 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MSCDATA PROCESSING PACKAGEデータ収集
X-PLOR2.1モデル構築
PROLSQ精密化
X-PLOR2.1精密化
MSCデータ削減
X-PLOR2.1位相決定
精密化解像度: 1.8→8 Å / σ(F): 2 /
Rfactor反射数%反射
Rwork0.174 --
obs0.174 41646 81.9 %
原子変位パラメータBiso mean: 22.71 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.18 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3946 0 2 359 4307
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.016
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it1.6411.5
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it2.4612.5
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it2.6612
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it3.873
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / 分類: refinement
精密化
*PLUS
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.016
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d0.0250.036
X-RAY DIFFRACTIONx_planar_d0.050.049
X-RAY DIFFRACTIONx_plane_restr0.010.008
X-RAY DIFFRACTIONx_chiral_restr0.080.122

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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