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- PDB-1hhj: THE ANTIGENIC IDENTITY OF PEPTIDE(SLASH)MHC COMPLEXES: A COMPARIS... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1hhj
タイトルTHE ANTIGENIC IDENTITY OF PEPTIDE(SLASH)MHC COMPLEXES: A COMPARISON OF THE CONFORMATION OF FIVE PEPTIDES PRESENTED BY HLA-A2
要素
  • BETA 2-MICROGLOBULINΒ2-ミクログロブリン
  • CLASS I HISTOCOMPATIBILITY ANTIGEN (HLA-A*0201) (ALPHA CHAIN)
  • HIV-1 REVERSE TRANSCRIPTASE (RESIDUES 309-317)
キーワードHISTOCOMPATIBILITY ANTIGEN
機能・相同性
機能・相同性情報


T cell mediated cytotoxicity directed against tumor cell target / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-dependent / positive regulation of memory T cell activation / TAP complex binding / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class I / Golgi medial cisterna / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell activation / CD8-positive, alpha-beta T cell activation / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell proliferation / CD8 receptor binding ...T cell mediated cytotoxicity directed against tumor cell target / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-dependent / positive regulation of memory T cell activation / TAP complex binding / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class I / Golgi medial cisterna / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell activation / CD8-positive, alpha-beta T cell activation / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell proliferation / CD8 receptor binding / endoplasmic reticulum exit site / beta-2-microglobulin binding / TAP binding / protection from natural killer cell mediated cytotoxicity / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-independent / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class Ib / detection of bacterium / T cell receptor binding / positive regulation of ferrous iron binding / positive regulation of transferrin receptor binding / positive regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / DAP12 interactions / negative regulation of receptor binding / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / Endosomal/Vacuolar pathway / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / HIV-1 retropepsin / : / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / cellular response to iron(III) ion / negative regulation of forebrain neuron differentiation / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / ER to Golgi transport vesicle membrane / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / response to molecule of bacterial origin / regulation of erythrocyte differentiation / regulation of iron ion transport / : / MHC class I peptide loading complex / exoribonuclease H activity / HFE-transferrin receptor complex / T cell mediated cytotoxicity / cellular response to iron ion / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / positive regulation of T cell cytokine production / MHC class I protein complex / host multivesicular body / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / DNA integration / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / negative regulation of neurogenesis / MHC class II protein complex / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / cellular response to nicotine / 逆転写酵素 / recycling endosome membrane / phagocytic vesicle membrane / specific granule lumen / viral genome integration into host DNA / viral penetration into host nucleus / peptide antigen binding / establishment of integrated proviral latency / positive regulation of cellular senescence / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / RNA-directed DNA polymerase activity / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / positive regulation of immune response / negative regulation of epithelial cell proliferation / Interferon gamma signaling / positive regulation of T cell activation / Modulation by Mtb of host immune system / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / Interferon alpha/beta signaling / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / positive regulation of type II interferon production / sensory perception of smell / E3 ubiquitin ligases ubiquitinate target proteins / negative regulation of neuron projection development / tertiary granule lumen / DAP12 signaling / MHC class II protein complex binding / T cell differentiation in thymus / late endosome membrane / positive regulation of protein binding / ER-Phagosome pathway / antibacterial humoral response / iron ion transport / T cell receptor signaling pathway / protein refolding / early endosome membrane / viral nucleocapsid / protein homotetramerization / DNA recombination / intracellular iron ion homeostasis / amyloid fibril formation / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素
類似検索 - 分子機能
MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Reverse transcriptase connection / Reverse transcriptase connection domain / Β2-ミクログロブリン / MHC class I-like antigen recognition-like ...MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Reverse transcriptase connection / Reverse transcriptase connection domain / Β2-ミクログロブリン / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / Reverse transcriptase thumb / Reverse transcriptase thumb domain / Integrase Zinc binding domain / Zinc finger integrase-type profile. / Integrase-like, N-terminal / Integrase DNA binding domain / Integrase, C-terminal domain superfamily, retroviral / Integrase, N-terminal zinc-binding domain / Integrase, C-terminal, retroviral / Integrase DNA binding domain profile. / Immunodeficiency lentiviral matrix, N-terminal / gag gene protein p17 (matrix protein) / リボヌクレアーゼH / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / Integrase core domain / Integrase, catalytic core / Integrase catalytic domain profile. / Retroviral nucleocapsid Gag protein p24, C-terminal domain / Gag protein p24 C-terminal domain / Retropepsin-like catalytic domain / Matrix protein, lentiviral and alpha-retroviral, N-terminal / Ribonuclease H domain / RNase H type-1 domain profile. / Reverse transcriptase (RNA-dependent DNA polymerase) / Reverse transcriptase domain / Reverse transcriptase (RT) catalytic domain profile. / Retropepsins / Retroviral aspartyl protease / Aspartyl protease, retroviral-type family profile. / Peptidase A2A, retrovirus, catalytic / Retrovirus capsid, C-terminal / Retroviral matrix protein / Retrovirus capsid, N-terminal / ジンクフィンガー / Zinc knuckle / Zinc finger, CCHC-type superfamily / Zinc finger, CCHC-type / Zinc finger CCHC-type profile. / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Aspartic peptidase, active site / Eukaryotic and viral aspartyl proteases active site. / Ribonuclease H superfamily / Aspartic peptidase domain superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / 抗体 / DNA/RNA polymerase superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / サンドイッチ / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
HLA class I histocompatibility antigen, A alpha chain / HLA class I histocompatibility antigen, A alpha chain / Gag-Pol polyprotein / Β2-ミクログロブリン
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
手法X線回折 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Madden, D.R. / Garboczi, D.N. / Wiley, D.C.
引用
ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 1993
タイトル: The antigenic identity of peptide-MHC complexes: a comparison of the conformations of five viral peptides presented by HLA-A2.
著者: Madden, D.R. / Garboczi, D.N. / Wiley, D.C.
#1: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1992
タイトル: Hla-A2-Peptide Complexes: Refolding and Crystallization of Molecules Expressed in Escherichia Coli and Complexed with Single Antigenic Peptides
著者: Garboczi, D.N. / Hung, D.T. / Wiley, D.C.
#2: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1991
タイトル: An Optimal Viral Peptide Recognized by Cd8+ T Cells Binds Very Tightly to the Restricting Class I Major Histocompatibility Complex Protein on Intact Cells But not to the Purified Class I Protein
著者: Tsomides, T.J. / Walker, B.D. / Eisen, H.N.
#3: ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 1992
タイトル: The Three-Dimensional Structure of Hla-B27 at 2.1 Angstroms Resolution Suggests a General Mechanism for Tight Peptide Binding to Mhc
著者: Madden, D.R. / Gorga, J.C. / Strominger, J.L. / Wiley, D.C.
#4: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1991
タイトル: Refined Structure of the Human Histocompatibility Antigen Hla-A2 at 2.6 Angstroms Resolution
著者: Saper, M.A. / Bjorkman, P.J. / Wiley, D.C.
#5: ジャーナル: Nature / 年: 1987
タイトル: Structure of the Human Class I Histocompatibility Antigen, Hla-A2
著者: Bjorkman, P.J. / Saper, M.A. / Samraoui, B. / Bennett, W.S. / Strominger, J.L. / Wiley, D.C.
#6: ジャーナル: Nature / 年: 1987
タイトル: The Foreign Antigen Binding Site and T Cell Recognition Regions of Class I Histocompatibility Antigens
著者: Bjorkman, P.J. / Saper, M.A. / Samraoui, B. / Bennett, W.S. / Strominger, J.L. / Wiley, D.C.
#7: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1985
タイトル: Crystallization and X-Ray Diffraction Studies on the Histocompatibility Antigens Hla-A2 and Hla-A28 from Human Cell Membranes
著者: Bjorkman, P.J. / Strominger, J.L. / Wiley, D.C.
履歴
登録1993年6月30日-
改定 1.01993年10月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
Remark 700SHEET SHEETS 2 AND 4 EACH HAVE ONE STRAND THAT IS BIFURCATED. THIS IS REPRESENTED BY PRESENTING THE ...SHEET SHEETS 2 AND 4 EACH HAVE ONE STRAND THAT IS BIFURCATED. THIS IS REPRESENTED BY PRESENTING THE SHEETS TWICE (DESIGNATED SHEETS SB1, SB2 AND SD1, SD2 RESPECTIVELY) WHERE THE TWO REPRESENTATIONS DIFFER IN THEIR LAST STRAND.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CLASS I HISTOCOMPATIBILITY ANTIGEN (HLA-A*0201) (ALPHA CHAIN)
B: BETA 2-MICROGLOBULIN
C: HIV-1 REVERSE TRANSCRIPTASE (RESIDUES 309-317)
D: CLASS I HISTOCOMPATIBILITY ANTIGEN (HLA-A*0201) (ALPHA CHAIN)
E: BETA 2-MICROGLOBULIN
F: HIV-1 REVERSE TRANSCRIPTASE (RESIDUES 309-317)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,4546
ポリマ－89,4546
非ポリマー00
水0
1
A: CLASS I HISTOCOMPATIBILITY ANTIGEN (HLA-A*0201) (ALPHA CHAIN)
B: BETA 2-MICROGLOBULIN
C: HIV-1 REVERSE TRANSCRIPTASE (RESIDUES 309-317)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,7273
ポリマ－44,7273
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4400 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area18590 Å2
手法PISA
2
D: CLASS I HISTOCOMPATIBILITY ANTIGEN (HLA-A*0201) (ALPHA CHAIN)
E: BETA 2-MICROGLOBULIN
F: HIV-1 REVERSE TRANSCRIPTASE (RESIDUES 309-317)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,7273
ポリマ－44,7273
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4400 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area18570 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)50.370, 63.600, 74.750
Angle α, β, γ (deg.)81.53, 75.72, 77.48
Int Tables number1
Space group name H-MP1
Atom site foot note1: SIDE CHAIN ATOMS OF A 176, A 194, A 196, A 223, A 268, B 58, D 176, D 194, D 223, D 268, E 58, E 74 ARE DISORDERED, AND HAVE OCCUPANCIES EQUAL TO ZERO IN THIS ENTRY.
2: RESIDUES PRO A 210, PRO B 32, PRO C 5, PRO D 210, PRO E 32, PRO F 5 ARE CIS PROLINES.
3: ESCHERICHIA COLI EXPRESSED BETA-2 MICROGLOBULIN CONTAINS AN N-TERMINAL METHIONINE, IDENTIFIED HERE BY RESIDUE NUMBER 0.

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要素

#1: タンパク質 CLASS I HISTOCOMPATIBILITY ANTIGEN (HLA-A*0201) (ALPHA CHAIN)


分子量: 31854.203 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BETA-2-MICROGLOBULIN / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P01892, UniProt: P04439*PLUS
#2: タンパク質 BETA 2-MICROGLOBULIN / Β2-ミクログロブリン


分子量: 11879.356 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BETA-2-MICROGLOBULIN / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P61769
#3: タンパク質・ペプチド HIV-1 REVERSE TRANSCRIPTASE (RESIDUES 309-317)


分子量: 993.199 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
属: Lentivirusレンチウイルス属 / 参照: UniProt: P04588
構成要素の詳細SECONDARY STRUCTURE SPECIFICATIONS WERE MADE BY USE OF THE PROCEDURE OF W. KABSCH AND C. SANDER ...SECONDARY STRUCTURE SPECIFICATIONS WERE MADE BY USE OF THE PROCEDURE OF W. KABSCH AND C. SANDER (PROGRAM *DSSP*).

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.17 %
結晶化
*PLUS
pH: 6.5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
113 %PEG60001reservoir
225 mMn-morpholinoethanesulfanolamine1reservoir
30.1 %sodium azide1reservoir

-
データ収集

反射
*PLUS
最高解像度: 2.5 Å / 最低解像度: 30 Å / % possible obs: 88 % / Rmerge(I) obs: 0.046

-
解析

ソフトウェア
名称分類
X-PLORモデル構築
X-PLOR精密化
X-PLOR位相決定
精密化Rfactor Rwork: 0.278 / Rfactor obs: 0.278 / 最高解像度: 2.5 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 最高解像度: 2.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6308 0 0 0 6308
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.014
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg3
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.5 Å / 最低解像度: 6 Å / Num. reflection obs: 22064 / Rfactor obs: 0.278
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 15.6 Å2
拘束条件
*PLUS
タイプ: x_angle_d / Dev ideal: 3

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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