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万見
- PDB-1h31: Oxidised SoxAX complex from Rhodovulum sulfidophilum -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1h31
タイトルOxidised SoxAX complex from Rhodovulum sulfidophilum
要素
  • CYTOCHROME Cシトクロムc
  • DIHEME CYTOCHROME C
キーワードELECTRON TRANSPORT (電子伝達系) / SULFUR CYCLE (硫黄循環) / SOXAX COMPLEX / THIOSULFATE OXIDATION / CYSTEINE PERSULFIDE HEME LIGAND
機能・相同性
機能・相同性情報


sulfide oxidation / L-cysteine S-thiosulfotransferase / oxidoreductase activity, acting on a sulfur group of donors, cytochrome as acceptor / sulfur oxidation / sulfurtransferase activity / cytochrome complex / thiosulfate sulfurtransferase activity / electron transfer activity / ペリプラズム / oxidoreductase activity ...sulfide oxidation / L-cysteine S-thiosulfotransferase / oxidoreductase activity, acting on a sulfur group of donors, cytochrome as acceptor / sulfur oxidation / sulfurtransferase activity / cytochrome complex / thiosulfate sulfurtransferase activity / electron transfer activity / ペリプラズム / oxidoreductase activity / protein heterodimerization activity / heme binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
L-cysteine S-thiosulfotransferase subunit SoxA / Sulfur oxidation c-type cytochrome SoxX / SoxA/TsdA, cytochrome c domain / シトクロムc / Cytochrome c-like domain / Cytochrome Bc1 Complex; Chain D, domain 2 / Cytochrome c family profile. / Cytochrome c-like domain / Cytochrome c-like domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
HEME C / L-cysteine S-thiosulfotransferase subunit SoxA / シトクロムc
類似検索 - 構成要素
生物種RHODOVULUM SULFIDOPHILUM (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.55 Å
データ登録者Bamford, V.A. / Bruno, S. / Rasmussen, T. / Appia-Ayme, C. / Cheesman, M.R. / Berks, B.C. / Hemmings, A.M.
引用ジャーナル: Embo J. / 年: 2002
タイトル: Structural Basis for the Oxidation of Thiosulfate by a Sulfur Cycle Enzyme
著者: Bamford, V.A. / Bruno, S. / Rasmussen, T. / Appia-Ayme, C. / Cheesman, M.R. / Berks, B.C. / Hemmings, A.M.
履歴
登録2002年8月21日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02002年11月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年3月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Other / Structure summary / Version format compliance

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DIHEME CYTOCHROME C
B: CYTOCHROME C
C: DIHEME CYTOCHROME C
D: CYTOCHROME C
E: DIHEME CYTOCHROME C
F: CYTOCHROME C
G: DIHEME CYTOCHROME C
H: CYTOCHROME C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)182,34720
ポリマ－174,9258
非ポリマー7,42212
水12,412689
1
A: DIHEME CYTOCHROME C
B: CYTOCHROME C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,5875
ポリマ－43,7312
非ポリマー1,8563
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2880 Å2
ΔGint-12.6 kcal/mol
Surface area20720 Å2
手法PISA
2
C: DIHEME CYTOCHROME C
D: CYTOCHROME C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,5875
ポリマ－43,7312
非ポリマー1,8563
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2890 Å2
ΔGint-14.2 kcal/mol
Surface area20400 Å2
手法PISA
3
E: DIHEME CYTOCHROME C
F: CYTOCHROME C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,5875
ポリマ－43,7312
非ポリマー1,8563
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2960 Å2
ΔGint-15.4 kcal/mol
Surface area20340 Å2
手法PISA
4
G: DIHEME CYTOCHROME C
H: CYTOCHROME C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,5875
ポリマ－43,7312
非ポリマー1,8563
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2890 Å2
ΔGint-13.9 kcal/mol
Surface area20550 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)81.188, 102.894, 114.365
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 110.45, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.74562, -0.00193, 0.66637), (0.00332, -0.99999, 0.00081), (0.66636, 0.00282, 0.74562)-10.05786, 78.02703, -26.60685
2given(-0.40393, 0.50149, -0.76508), (0.91454, 0.20187, -0.35052), (-0.02134, -0.84128, -0.54018)80.63965, 55.54509, 60.02388
3given(-0.29057, 0.93459, -0.20519), (-0.91224, -0.20587, 0.35417), (0.28876, 0.29009, 0.91239)-30.45963, 73.82, -17.79923

-
要素

#1: タンパク質
DIHEME CYTOCHROME C / SOXA


分子量: 28974.408 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) RHODOVULUM SULFIDOPHILUM (バクテリア) / 参照: UniProt: Q939U1
#2: タンパク質
CYTOCHROME C / シトクロムc / SOXX


分子量: 14756.748 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) RHODOVULUM SULFIDOPHILUM (バクテリア) / 参照: UniProt: Q939U4
#3: 化合物
ChemComp-HEC / HEME C / Heme C


分子量: 618.503 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H34FeN4O4
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 689 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.8 %
結晶化pH: 6.5 / 詳細: pH 6.50
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
115 %(w/v)PEG80001reservoir
20.2 Mmagnesium acetate1reservoir
3100 mMMES1reservoirpH6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 1
検出器検出器: CCD / 日付: 2000年6月15日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.55→20 Å / Num. obs: 58706 / % possible obs: 98.2 % / 冗長度: 10 % / Rmerge(I) obs: 0.031
反射
*PLUS
Num. measured all: 101074
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 88.7 % / Rmerge(I) obs: 0.05

-
解析

ソフトウェア
名称分類
CNS精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.55→20 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.264 -5 %RANDOM
Rwork0.21 ---
obs0.21 58706 98.2 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.55→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12252 0 516 689 13457
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.012
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.298
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
精密化
*PLUS
% reflection Rfree: 5 % / Rfactor Rwork: 0.21
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.368 / Rfactor Rwork: 0.296

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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