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- PDB-1gxb: ANTHRANILATE PHOSPHORIBOSYLTRANSFERASE IN COMPLEX WITH PYROPHOSPH... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1gxb
タイトルANTHRANILATE PHOSPHORIBOSYLTRANSFERASE IN COMPLEX WITH PYROPHOSPHATE AND MAGNESIUM
要素ANTHRANILATE PHOSPHORIBOSYLTRANSFERASE
キーワードTRANSFERASE (転移酵素) / TRYPTOPHANE BIOSYNTHESIS / ANTHRANILATE PHOSPHORIBOSYL TRANSFERASE / PRPP (ホスホリボシル二リン酸) / MG2+ (マグネシウム) / PYROPHOSPHATE (ピロリン酸塩)
機能・相同性
機能・相同性情報


anthranilate phosphoribosyltransferase / anthranilate phosphoribosyltransferase activity / tryptophan biosynthetic process / magnesium ion binding / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
Anthranilate phosphoribosyl transferase / Transferase, Pyrimidine Nucleoside Phosphorylase; Chain C / Pyrimidine Nucleoside Phosphorylase; Chain A, domain 2 / Nucleoside phosphorylase/phosphoribosyltransferase catalytic domain / Transferase, Pyrimidine Nucleoside Phosphorylase; Chain A, domain 3 / Glycosyl transferase family 3, N-terminal domain / Glycosyl transferase family 3, N-terminal domain superfamily / Glycosyl transferase family, helical bundle domain / Glycosyl transferase, family 3 / Glycosyl transferase family, a/b domain ...Anthranilate phosphoribosyl transferase / Transferase, Pyrimidine Nucleoside Phosphorylase; Chain C / Pyrimidine Nucleoside Phosphorylase; Chain A, domain 2 / Nucleoside phosphorylase/phosphoribosyltransferase catalytic domain / Transferase, Pyrimidine Nucleoside Phosphorylase; Chain A, domain 3 / Glycosyl transferase family 3, N-terminal domain / Glycosyl transferase family 3, N-terminal domain superfamily / Glycosyl transferase family, helical bundle domain / Glycosyl transferase, family 3 / Glycosyl transferase family, a/b domain / Nucleoside phosphorylase/phosphoribosyltransferase catalytic domain superfamily / Up-down Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PYROPHOSPHATE 2- / Anthranilate phosphoribosyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種SULFOLOBUS SOLFATARICUS (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.65 Å
データ登録者Mayans, O. / Ivens, A. / Nissen, L.J. / Kirschner, K. / Wilmanns, M.
引用ジャーナル: Embo J. / 年: 2002
タイトル: Structural Analysis of Two Enzymes Catalysing Reverse Metabolic Reactions Implies Common Ancestry
著者: Mayans, O. / Ivens, A. / Nissen, L.J. / Kirschner, K. / Wilmanns, M.
履歴
登録2002年4月2日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02003年4月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32019年5月22日Group: Data collection / Other / Refinement description
カテゴリ: pdbx_database_proc / pdbx_database_status / refine
Item: _pdbx_database_status.recvd_author_approval / _refine.pdbx_ls_cross_valid_method
改定 1.42019年7月24日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.52020年3月11日Group: Derived calculations / Other
カテゴリ: pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly ...pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list
Item: _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id ..._pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression
改定 1.62024年5月8日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ANTHRANILATE PHOSPHORIBOSYLTRANSFERASE
B: ANTHRANILATE PHOSPHORIBOSYLTRANSFERASE
C: ANTHRANILATE PHOSPHORIBOSYLTRANSFERASE
D: ANTHRANILATE PHOSPHORIBOSYLTRANSFERASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)151,25511
ポリマ－150,4784
非ポリマー7777
水4,197233
1
A: ANTHRANILATE PHOSPHORIBOSYLTRANSFERASE
ヘテロ分子

D: ANTHRANILATE PHOSPHORIBOSYLTRANSFERASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,6406
ポリマ－75,2392
非ポリマー4014
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_646-x+1,y-1,-z+11
Buried area2790 Å2
ΔGint-41 kcal/mol
Surface area25240 Å2
手法PISA
2
C: ANTHRANILATE PHOSPHORIBOSYLTRANSFERASE
ヘテロ分子

B: ANTHRANILATE PHOSPHORIBOSYLTRANSFERASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,6155
ポリマ－75,2392
非ポリマー3763
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_667-x+1,y+1,-z+21
Buried area2620 Å2
ΔGint-32 kcal/mol
Surface area25150 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)90.845, 65.467, 115.372
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 107.25, 90.00
Int Tables number3
Space group name H-MP121

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要素

#1: タンパク質
ANTHRANILATE PHOSPHORIBOSYLTRANSFERASE /


分子量: 37619.516 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SULFOLOBUS SOLFATARICUS (古細菌)
参照: UniProt: P50384, anthranilate phosphoribosyltransferase
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物
ChemComp-POP / PYROPHOSPHATE 2- / ピロリン酸塩


分子量: 175.959 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: H2O7P2
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 233 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.51 %
結晶化pH: 7 / 詳細: pH 7.00

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データ収集

回折平均測定温度: 293 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X11 / 波長: 0.8902
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2001年8月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8902 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.65→20 Å / Num. obs: 38449 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 4.7 % / Biso Wilson estimate: 68.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.047 / Net I/σ(I): 17.7
反射 シェル解像度: 2.65→2.69 Å / 冗長度: 4.7 % / Rmerge(I) obs: 0.354 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.65→20 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: MLF
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.297 1158 3 %FREERFLAG
Rwork0.223 ---
obs0.223 38445 99.8 %-
溶媒の処理Bsol: 41.8586 Å2 / ksol: 0.34172 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.325 Å20 Å2-3.513 Å2
2--12.266 Å20 Å2
3----11.941 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.65→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10481 0 39 233 10753
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.171
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg3
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.391.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.42
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.842
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.852.5

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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