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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1gts | ||||||
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タイトル | STRUCTURAL BASIS FOR TRANSFER RNA AMINOACEYLATION BY ESCHERICHIA COLI GLUTAMINYL-TRNA SYNTHETASE | ||||||
要素 |
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キーワード | LIGASE/RNA / PROTEIN-RNA COMPLEX / LIGASE-RNA COMPLEX | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 グルタミンtRNAリガーゼ / glutamine-tRNA ligase activity / glutaminyl-tRNA aminoacylation / glutamyl-tRNA aminoacylation / ATP binding / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 2.8 Å | ||||||
データ登録者 | Perona, J.J. / Steitz, T.A. / Rould, M.A. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 1993 タイトル: Structural basis for transfer RNA aminoacylation by Escherichia coli glutaminyl-tRNA synthetase. 著者: Perona, J.J. / Rould, M.A. / Steitz, T.A. #1: ジャーナル: Nature / 年: 1991 タイトル: Structural Basis of Anticodon Loop Recognition by Glutaminyl-tRNA Synthetase 著者: Rould, M.A. / Perona, J.J. / Steitz, T.A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1gts.cif.gz | 159.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1gts.ent.gz | 126.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1gts.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gt/1gts ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gt/1gts | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: RNA鎖 | 分子量: 23754.121 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) |
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#2: タンパク質 | 分子量: 63434.641 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00962 |
#3: 化合物 | ChemComp-AMP / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.77 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.37 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | *PLUS 温度: 17 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: referred to J.Mol.Biol. 202.121 1988 / PH range low: 7.2 / PH range high: 6.8 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
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放射波長 | 相対比: 1 |
-解析
ソフトウェア | 名称: X-PLOR / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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精密化 | Rfactor Rwork: 0.199 / Rfactor obs: 0.199 / 最高解像度: 2.8 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 最高解像度: 2.8 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 2.8 Å / 最低解像度: 6 Å / Rfactor obs: 0.199 / Rfactor Rwork: 0.199 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS タイプ: x_angle_d / Dev ideal: 3.4 |