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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1gql | |||||||||
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タイトル | Structure of Pseudomonas cellulosa alpha-D-glucuronidase complexed with glucuronic acid and xylotriose | |||||||||
要素 | ALPHA-D-GLUCURONIDASE | |||||||||
キーワード | HYDROLASE / GLUCURONIDASE / (ALPHA-BETA)8 BARREL / GLYCOSIDE HYDROLASE / GLUCURONIC ACID / XYLOTRIOSE | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 glucuronoxylan catabolic process / xylan alpha-1,2-glucuronosidase / xylan alpha-1,2-glucuronosidase activity / alpha-glucuronidase activity / cell outer membrane / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | CELLVIBRIO JAPONICUS (バクテリア) | |||||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.67 Å | |||||||||
データ登録者 | Nurizzo, D. / Nagy, T. / Gilbert, H.J. / Davies, G.J. | |||||||||
引用 | ジャーナル: Structure / 年: 2002 タイトル: The Structural Basis for Catalysis and Specificity of the Pseudomonas Cellulosa Alpha-Glucuronidase, Glca67A 著者: Nurizzo, D. / Nagy, T. / Gilbert, H.J. / Davies, G.J. | |||||||||
履歴 |
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Remark 700 | SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AB" AND "BB" IN EACH CHAIN ON SHEET ... SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AB" AND "BB" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ARE ACTUALLY 8-STRANDED BARRELS THESE ARE REPRESENTED BY A 9-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. |
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1gql.cif.gz | 321.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1gql.ent.gz | 257.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1gql.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1gql_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1gql_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 1gql_validation.xml.gz | 64.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1gql_validation.cif.gz | 99.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gq/1gql ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gq/1gql | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 80439.594 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) CELLVIBRIO JAPONICUS (バクテリア) 解説: CIMB / プラスミド: PTN1 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): TUNER (DE3) 参照: UniProt: Q8VP74, UniProt: B3PC73*PLUS, EC: 3.2.1.139 |
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-糖 , 2種, 4分子
#2: 多糖 | #3: 糖 | |
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-非ポリマー , 3種, 1441分子
#4: 化合物 | ChemComp-EDO / #5: 化合物 | ChemComp-CO / #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.8 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 8 詳細: 30MG/ML, 15% PEG3350, 250MM MGCL2, 5MM TRIS PH8.0, 20% ETHYLENE GLYCOL, 50MM GLUCURONIC ACID, 50MM XYLOTRIOSE, pH 8.00 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 20 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 110 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH3R / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2001年8月15日 / 詳細: OSMICS CONFOCAL MULTILAYER |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.67→20 Å / Num. obs: 159491 / % possible obs: 93.9 % / 冗長度: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.049 / Net I/σ(I): 15.7 |
反射 シェル | 解像度: 1.67→1.7 Å / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.225 / Mean I/σ(I) obs: 3 / % possible all: 86.4 |
反射 | *PLUS Num. obs: 149092 |
反射 シェル | *PLUS 最低解像度: 1.7 Å / % possible obs: 86.4 % / Num. unique obs: 6204 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: NATIVE ALPHA-D-GLUCURONIDASE 解像度: 1.67→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.969 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.963 / SU B: 1.5 / SU ML: 0.05 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.087 / ESU R Free: 0.084 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 14.57 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.67→20 Å
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拘束条件 |
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