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万見
- PDB-1gka: The molecular basis of the coloration mechanism in lobster shell.... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1gka
タイトルThe molecular basis of the coloration mechanism in lobster shell. beta-crustacyanin at 3.2 A resolution
要素(CRUSTACYANIN ...) x 2
キーワードLIPOCALIN / CRUSTACYANIN / LOBSTER / ASTAXANTHIN / BATHOCHROMIC / COLORATION
機能・相同性
機能・相同性情報


pigment binding / cholesterol binding / response to reactive oxygen species / lipid metabolic process / extracellular space / extracellular region / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Invertebrate colouration protein / Lipocalin, ApoD type / Lipocalin family conserved site / Calycin beta-barrel core domain / Lipocalin / cytosolic fatty-acid binding protein family / Lipocalin/cytosolic fatty-acid binding domain / Calycin / Lipocalin / Lipocalin signature. / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ASTAXANTHIN / DODECANE / Crustacyanin-A1 subunit / Crustacyanin-A2 subunit
類似検索 - 構成要素
生物種HOMARUS GAMMARUS (ウミザリガニ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.23 Å
データ登録者Cianci, M. / Rizkallah, P.J. / Olczak, A. / Raftery, J. / Chayen, N.E. / Zagalsky, P.F. / Helliwell, J.R.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2002
タイトル: The Molecular Basis of the Coloration Mechanism in Lobster Shell: Beta -Crustacyanin at 3.2-A Resolution
著者: Cianci, M. / Rizkallah, P. / Olczak, A. / Raftery, J. / Chayen, N. / Zagalsky, P. / Helliwell, J.
履歴
登録2001年8月10日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02002年8月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf
Remark 700 SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ... SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 9-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 10-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. REMARK 900

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CRUSTACYANIN A1 SUBUNIT
B: CRUSTACYANIN A2 SUBUNIT
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,9717
ポリマ－40,2472
非ポリマー1,7245
水54030
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)155.466, 155.466, 168.504
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number182
Space group name H-MP6322

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要素

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CRUSTACYANIN ... , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 CRUSTACYANIN A1 SUBUNIT / BETA CRUSTACYANIN SUBUNIT


分子量: 20558.029 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) HOMARUS GAMMARUS (ウミザリガニ) / 組織: CARAPACE / 参照: UniProt: P58989*PLUS
#2: タンパク質 CRUSTACYANIN A2 SUBUNIT


分子量: 19688.822 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) HOMARUS GAMMARUS (ウミザリガニ) / 組織: CARAPACE / 参照: UniProt: P80007

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非ポリマー , 5種, 35分子

#3: 化合物 ChemComp-AXT / ASTAXANTHIN / 3,3'-DIHYDROXY-BETA,BETA-CAROTENE-4,4'-DIONE / アスタキサンチン


分子量: 596.838 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H52O4
#4: 化合物 ChemComp-D12 / DODECANE / ドデカン


分子量: 170.335 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H26
#5: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#6: 化合物 ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES


分子量: 238.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18N2O4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 30 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

構成要素の詳細THIS BETA CRUSTACYANIN IS RESPONSIBLE FOR BINDING THE CAROTENOID ASTAXANTHIN THAT PROVIDES THE ...THIS BETA CRUSTACYANIN IS RESPONSIBLE FOR BINDING THE CAROTENOID ASTAXANTHIN THAT PROVIDES THE COLORATION OF THE CARAPACE OF THE LOBSTER.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 7.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 78.89 %
結晶化pH: 7.7 / 詳細: pH 7.70
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / pH: 8 / 手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
110 mg/mlprotein1drop
210 mMTris-HCl1droppH8.0
31.25 Msodium potassium phosphate1reservoirpH7.
40.05 MHEPES1reservoirpH7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX14.1 / 波長: 1.488
検出器日付: 2000年11月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.488 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→100 Å / Num. obs: 24504 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7 % / Rmerge(I) obs: 0.124 / Net I/σ(I): 15.5
反射 シェル解像度: 3.23→3.38 Å / Rmerge(I) obs: 0.35 / Mean I/σ(I) obs: 5.5 / % possible all: 100
反射
*PLUS
最高解像度: 3 Å / 最低解像度: 100 Å / Num. measured all: 171943
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 100 % / Rmerge(I) obs: 0.35

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1H91

1h91


解像度: 3.23→100 Å / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2515 -5 %RANDOM
Rwork0.2133 ---
obs0.2133 19827 99.7 %-
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.42 Å0.33 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.5 Å0.39 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.23→100 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2843 0 123 30 2996
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.031007
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg2.77747
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d26.55446
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.52549
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 3.23→3.35 Å / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.391 --
Rwork0.3085 1845 -
obs--0.999 %
精密化
*PLUS
最低解像度: 100 Å / Rfactor Rfree: 0.251 / Rfactor Rwork: 0.213
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.031
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg2.78
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg26.6
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg1.53

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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