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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1ghl | ||||||
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タイトル | THE THREE-DIMENSIONAL STRUCTURE OF PHEASANT AND GUINEA-FOWL EGG LYSOZYMES | ||||||
要素 | PHEASANT EGG WHITE LYSOZYME | ||||||
キーワード | HYDROLASE(O-GLYCOSYL) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 代謝 / リゾチーム / lysozyme activity / killing of cells of another organism / defense response to bacterium / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Phasianus colchicus (キジ) | ||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 2.1 Å | ||||||
データ登録者 | Alzari, P.M. / Lescar, J. | ||||||
引用 | ジャーナル: Protein Sci. / 年: 1994 タイトル: Crystal structures of pheasant and guinea fowl egg-white lysozymes 著者: Lescar, J. / Souchon, H. / Alzari, P.M. #1: ジャーナル: To be Published タイトル: Three-Dimensional Structure of a Heteroclitic Antigen-Antibody Cross-Reaction Complex 著者: Chitarra, V. / Alzari, P.M. / Bentley, G.A. / Bhat, T.N. / Eisele, J.-L. / Houdusse, A. / Lescar, J. / Souchon, H. / Poljak, R.J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1ghl.cif.gz | 59.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1ghl.ent.gz | 48.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1ghl.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gh/1ghl ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gh/1ghl | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 14332.271 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Phasianus colchicus (キジ) / 参照: UniProt: P00702, リゾチーム #2: 水 | ChemComp-HOH / | 配列の詳細 | SEQUENCE ADVISORY NOTICE: DIFFERENCE BETWEEN SWISS-PROT AND PDB SEQUENCE. SWISS-PROT ENTRY NAME: ...SEQUENCE ADVISORY NOTICE: DIFFERENCE | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.38 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | *PLUS pH: 7 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
放射 | 散乱光タイプ: x-ray |
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放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 2 Å / 最低解像度: 2.1 Å / Num. obs: 19434 / % possible obs: 94 % / Num. measured all: 91751 / Rmerge(I) obs: 0.083 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2.1→6 Å / σ(F): 3 /
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.1→6 Å
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拘束条件 |
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精密化 | *PLUS 最高解像度: 2.1 Å / 最低解像度: 6 Å / Num. reflection obs: 16122 / Rfactor obs: 0.178 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS タイプ: x_angle_d / Dev ideal: 2.53 |