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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1g7j | ||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF HEN EGG WHITE LYSOZYME (HEL) COMPLEXED WITH THE MUTANT ANTI-HEL MONOCLONAL ANTIBODY D1.3 (VLW92H) | ||||||
要素 |
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キーワード | HYDROLASE INHIBITOR/HYDROLASE / HYDROLASE INHIBITOR-HYDROLASE complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 immunoglobulin complex / immunoglobulin mediated immune response / antigen binding / 抗微生物ペプチド / Neutrophil degranulation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / cell wall macromolecule catabolic process / リゾチーム / lysozyme activity / killing of cells of another organism ...immunoglobulin complex / immunoglobulin mediated immune response / antigen binding / 抗微生物ペプチド / Neutrophil degranulation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / cell wall macromolecule catabolic process / リゾチーム / lysozyme activity / killing of cells of another organism / defense response to Gram-negative bacterium / defense response to Gram-positive bacterium / defense response to bacterium / 小胞体 / extracellular space / identical protein binding / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Mus musculus (ハツカネズミ) Gallus gallus (ニワトリ) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.75 Å | ||||||
データ登録者 | Sundberg, E.J. / Urrutia, M. / Braden, B.C. / Isern, J. / Mariuzza, R.A. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 2000 タイトル: Estimation of the hydrophobic effect in an antigen-antibody protein-protein interface. 著者: Sundberg, E.J. / Urrutia, M. / Braden, B.C. / Isern, J. / Tsuchiya, D. / Fields, B.A. / Malchiodi, E.L. / Tormo, J. / Schwarz, F.P. / Mariuzza, R.A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1g7j.cif.gz | 83.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1g7j.ent.gz | 65.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1g7j.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g7/1g7j ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g7/1g7j | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: 抗体 | 分子量: 11652.914 Da / 分子数: 1 / 断片: LIGHT CHAIN / 変異: W92H / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: GenBank: 1333979 |
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#2: 抗体 | 分子量: 12857.275 Da / 分子数: 1 / 断片: HEAVY CHAIN / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P01820 |
#3: タンパク質 | 分子量: 14331.160 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Gallus gallus (ニワトリ) / 参照: UniProt: P00698, リゾチーム |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.82 % | |||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 15-18% poly(ethylene glycol) 8000; 0.1 M potassium phosphate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K | |||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 詳細: used macroseeding / PH range low: 6.5 / PH range high: 6 | |||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: SIEMENS / 波長: 1.5418 Å |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | Num. all: 69273 / Num. obs: 35748 / % possible obs: 95.7 % / Rmerge(I) obs: 0.041 |
反射 シェル | 解像度: 1.75→1.79 Å / Rmerge(I) obs: 0.299 / % possible all: 91.8 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 1.75 Å / Num. measured all: 69273 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 91.8 % |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.75→15 Å
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.75→15 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: CNS / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最低解像度: 15 Å / % reflection Rfree: 9.3 % / Rfactor obs: 0.1974 | ||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |