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- PDB-1g3m: CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN ESTROGEN SULFOTRANSFERASE IN COMPLEX W... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1g3m
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN ESTROGEN SULFOTRANSFERASE IN COMPLEX WITH IN-ACTIVE COFACTOR PAP AND 3,5,3',5'-TETRACHLORO-BIPHENYL-4,4'-DIOL
要素ESTROGEN SULFOTRANSFERASEEstrone sulfotransferase
キーワードTRANSFERASE (転移酵素) / estrogen (エストロゲン) / sulfotransferase / PCB / human (ヒト)
機能・相同性
機能・相同性情報


estrone sulfotransferase / estrone sulfotransferase activity / estrogen catabolic process / flavonol 3-sulfotransferase activity / steroid sulfotransferase activity / aryl sulfotransferase activity / Cytosolic sulfonation of small molecules / 3'-phosphoadenosine 5'-phosphosulfate metabolic process / sulfation / ethanol catabolic process ...estrone sulfotransferase / estrone sulfotransferase activity / estrogen catabolic process / flavonol 3-sulfotransferase activity / steroid sulfotransferase activity / aryl sulfotransferase activity / Cytosolic sulfonation of small molecules / 3'-phosphoadenosine 5'-phosphosulfate metabolic process / sulfation / ethanol catabolic process / sulfotransferase activity / Paracetamol ADME / estrogen metabolic process / steroid metabolic process / positive regulation of fat cell differentiation / steroid binding / 核膜 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Sulfotransferase domain / Sulfotransferase domain / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / ロスマンフォールド / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-3'-5'-DIPHOSPHATE / 3,5,3',5'-TETRACHLORO-BIPHENYL-4,4'-DIOL / Sulfotransferase 1E1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Shevtsov, S. / Petrochenko, E.V. / Negishi, M. / Pedersen, L.C.
引用ジャーナル: Environ.Health Perspect. / 年: 2003
タイトル: Crystallographic analysis of a hydroxylated polychlorinated biphenyl (OH-PCB) bound to the catalytic estrogen binding site of human estrogen sulfotransferase.
著者: Shevtsov, S. / Petrotchenko, E.V. / Pedersen, L.C. / Negishi, M.
履歴
登録2000年10月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年7月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月7日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ESTROGEN SULFOTRANSFERASE
B: ESTROGEN SULFOTRANSFERASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,10310
ポリマ－70,3532
非ポリマー1,7518
水10,863603
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)62.687, 96.894, 61.724
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 92.58, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細The asymmetric unit represents the proposed biological dimer.

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要素

#1: タンパク質 ESTROGEN SULFOTRANSFERASE / Estrone sulfotransferase / SULFOTRANSFERASE / ESTROGEN-PREFERRING


分子量: 35176.375 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: STE / プラスミド: PGEX4T3 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P49888, estrone sulfotransferase
#2: 化合物 ChemComp-A3P / ADENOSINE-3'-5'-DIPHOSPHATE / アデノシン3′,5′-ビスりん酸 / アデノシン-3',5'-ビスリン酸


タイプ: RNA linking / 分子量: 427.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2
#3: 化合物 ChemComp-PCQ / 3,5,3',5'-TETRACHLORO-BIPHENYL-4,4'-DIOL / 3,3′,5,5′-テトラクロロビフェニル-4,4′-ジオ-ル


分子量: 323.987 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H6Cl4O2
#4: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール


分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 603 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.77 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 0.1M MES 22% PEG8000 , pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K
結晶化
*PLUS
温度: 20 ℃ / pH: 7.5 / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式詳細
115 mg/mlprotein1drop
20.5 mMmonosodium phosphate1drop
3100 mM1dropNaCl
44 mMPAP1droppH7.5
50.1 MMES1reservoirpH6.0
618 %PEG80001reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 93 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU300 / 波長: 1.542 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2000年9月15日 / 詳細: mirrors
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.542 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→25 Å / Num. obs: 81460 / % possible obs: 92.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2 % / Biso Wilson estimate: 18.4 Å2 / Rsym value: 0.058 / Net I/σ(I): 8.39
反射 シェル解像度: 1.7→1.76 Å / 冗長度: 1.37 % / Mean I/σ(I) obs: 1.94 / Rsym value: 0.262 / % possible all: 82.9
反射
*PLUS
最低解像度: 50 Å / Num. obs: 75359 / Num. measured all: 151066 / Rmerge(I) obs: 0.058
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 82.9 % / Rmerge(I) obs: 0.262 / Mean I/σ(I) obs: 1.9

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CCP4モデル構築
CNS精密化
Oモデル構築
CCP4位相決定
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: HUMAN EST

解像度: 1.7→24.53 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Data cutoff high absF: 644110.07 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.219 3751 5.1 %RANDOM
Rwork0.193 ---
obs0.193 74034 91.5 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 51.22 Å2 / ksol: 0.369 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 21.4 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.34 Å20 Å21.79 Å2
2--0.62 Å20 Å2
3---2.73 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.22 Å0.19 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.16 Å0.17 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→24.53 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4775 0 106 603 5484
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d21.1
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.76
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.131.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.712
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.772
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.572.5
LS精密化 シェル解像度: 1.7→1.81 Å / Rfactor Rfree error: 0.012 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.282 517 4.7 %
Rwork0.274 10563 -
obs--82.7 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION3COMBINE.PARPAP.TOP
X-RAY DIFFRACTION4TCB.TOP
精密化
*PLUS
最高解像度: 1.7 Å / 最低解像度: 50 Å / % reflection Rfree: 5 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg21.1
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.76

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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