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- PDB-1g1a: THE CRYSTAL STRUCTURE OF DTDP-D-GLUCOSE 4,6-DEHYDRATASE (RMLB)FRO... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1g1a
タイトルTHE CRYSTAL STRUCTURE OF DTDP-D-GLUCOSE 4,6-DEHYDRATASE (RMLB)FROM SALMONELLA ENTERICA SEROVAR TYPHIMURIUM
要素DTDP-D-GLUCOSE 4,6-DEHYDRATASE
キーワードLYASE (リアーゼ) / Rossmann fold (ロスマンフォールド) / Protein-NAD complex / Short Chain Dehydrogenase
機能・相同性
機能・相同性情報


dTDP-glucose 4,6-dehydratase / dTDP-glucose 4,6-dehydratase activity / nucleotide-sugar metabolic process / O antigen biosynthetic process / dTDP-rhamnose biosynthetic process / extracellular polysaccharide biosynthetic process / NADH binding / lipopolysaccharide biosynthetic process / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能
dTDP-glucose 4,6-dehydratase / GDP-mannose 4,6 dehydratase / NAD(P)-binding domain / UDP-galactose 4-epimerase, domain 1 / UDP-galactose 4-epimerase; domain 1 / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Alpha-Beta Complex / ロスマンフォールド / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / dTDP-glucose 4,6-dehydratase / dTDP-glucose 4,6-dehydratase
類似検索 - 構成要素
生物種Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.47 Å
データ登録者Allard, S.T.M. / Giraud, M.-F. / Whitfield, C. / Graninger, M. / Messner, P. / Naismith, J.H.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2001
タイトル: The crystal structure of dTDP-D-Glucose 4,6-dehydratase (RmlB) from Salmonella enterica serovar Typhimurium, the second enzyme in the dTDP-l-rhamnose pathway.
著者: Allard, S.T. / Giraud, M.F. / Whitfield, C. / Graninger, M. / Messner, P. / Naismith, J.H.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2000
タイトル: The purifiaction, crystallisation and structural elucidation of dTDP-D-glucose 4,6-dehydratase (RmlB), the second enzyme of the dTDP-L-rhamnose synthesis pathway from Salmonella ...タイトル: The purifiaction, crystallisation and structural elucidation of dTDP-D-glucose 4,6-dehydratase (RmlB), the second enzyme of the dTDP-L-rhamnose synthesis pathway from Salmonella enterica serovar Typhimurium.
著者: Allard, S.T.M. / Giraud, M.-F. / Whitfield, C. / Messner, P. / Naismith, J.H.
履歴
登録2000年10月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年3月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年10月3日Group: Advisory / Data collection
カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues
改定 1.42024年2月7日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DTDP-D-GLUCOSE 4,6-DEHYDRATASE
B: DTDP-D-GLUCOSE 4,6-DEHYDRATASE
C: DTDP-D-GLUCOSE 4,6-DEHYDRATASE
D: DTDP-D-GLUCOSE 4,6-DEHYDRATASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)166,58817
ポリマ－163,0704
非ポリマー3,51813
水9,224512
1
A: DTDP-D-GLUCOSE 4,6-DEHYDRATASE
B: DTDP-D-GLUCOSE 4,6-DEHYDRATASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,3429
ポリマ－81,5352
非ポリマー1,8077
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5870 Å2
ΔGint-95 kcal/mol
Surface area27810 Å2
手法PISA
2
C: DTDP-D-GLUCOSE 4,6-DEHYDRATASE
D: DTDP-D-GLUCOSE 4,6-DEHYDRATASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,2468
ポリマ－81,5352
非ポリマー1,7116
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5700 Å2
ΔGint-80 kcal/mol
Surface area27690 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)110.623, 87.533, 111.304
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 98.04, 90.00
Int Tables number4
Cell settingmonoclinic
Space group name H-MP1211
詳細The biological unit is a dimer. The assymmmetric unit contains two dimers.

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要素

#1: タンパク質
DTDP-D-GLUCOSE 4,6-DEHYDRATASE / E.C.4.2.1.46


分子量: 40767.516 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌)
生物種: Salmonella enterica / 株: subsp. enterica serovar Typhimurium / 遺伝子: RMLB / Variant: SEROVAR TYPHIMURIUM / プラスミド: PET28A(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P26391, UniProt: Q9EU31*PLUS, dTDP-glucose 4,6-dehydratase
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物
ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / ニコチンアミドアデニンジヌクレオチド


分子量: 663.425 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / コメント: NAD*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 512 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.39 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.3
詳細: 0.1M MES, 1.5M lithium Sulfate, pH 6.3, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
結晶化
*PLUS
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
14 mg/mlprotein1drop
22.5 mMNAD+1drop
34 mMdithiothreitol1drop
40.1 MMES1reservoir
51.5 Mlithium sulphate1reservoir

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインID波長
シンクロトロンSRS PX7.211.488
シンクロトロンESRF BM1420.934
検出器
タイプID検出器日付
MARRESEARCH1IMAGE PLATE1999年7月7日
MARRESEARCH2CCD2000年2月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.4881
20.9341
反射解像度: 2.47→40.8 Å / Num. all: 74855 / Num. obs: 67669 / % possible obs: 90.4 % / 冗長度: 3 % / Biso Wilson estimate: 44.217 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 9.5
反射 シェル解像度: 2.47→2.56 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.358 / Num. unique all: 7903 / % possible all: 72.9
反射
*PLUS
Num. measured all: 201143
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 72.9 % / Mean I/σ(I) obs: 2.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
AMoRE位相決定
CNS精密化
MOSFLMデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
精密化解像度: 2.47→40.8 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.249 3391 5 %Random
Rwork0.202 ---
all0.204 74855 --
obs0.204 67669 90.4 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.47→40.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11196 0 221 512 11929
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d1.44
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg22.43
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.97

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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