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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1g16 | ||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF SEC4-GDP | ||||||
要素 | RAS-RELATED PROTEIN SEC4 | ||||||
キーワード | SIGNALING PROTEIN / ENDOCYTOSIS/EXOCYTOSIS / G protein Rab / ENDOCYTOSIS-EXOCYTOSIS COMPLEX | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 ascospore-type prospore assembly / membrane addition at site of cytokinesis / RAB geranylgeranylation / RAB GEFs exchange GTP for GDP on RABs / incipient cellular bud site / vesicle fusion / Golgi to plasma membrane transport / cellular bud neck / mating projection tip / transport vesicle membrane ...ascospore-type prospore assembly / membrane addition at site of cytokinesis / RAB geranylgeranylation / RAB GEFs exchange GTP for GDP on RABs / incipient cellular bud site / vesicle fusion / Golgi to plasma membrane transport / cellular bud neck / mating projection tip / transport vesicle membrane / exocytosis / protein secretion / transport vesicle / Neutrophil degranulation / autophagy / vesicle / mitochondrial outer membrane / endosome / GTPase activity / GTP binding / endoplasmic reticulum / mitochondrion / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.8 Å | ||||||
データ登録者 | Stroupe, C. / Brunger, A.T. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2000 タイトル: Crystal structures of a Rab protein in its inactive and active conformations. 著者: Stroupe, C. / Brunger, A.T. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1g16.cif.gz | 146.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1g16.ent.gz | 121.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1g16.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1g16_validation.pdf.gz | 1.8 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1g16_full_validation.pdf.gz | 1.8 MB | 表示 | |
XML形式データ | 1g16_validation.xml.gz | 32.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1g16_validation.cif.gz | 43.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g1/1g16 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g1/1g16 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 19305.557 Da / 分子数: 4 / 断片: RESIDUES 18-187 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) プラスミド: PGEX-4T-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P07560 #2: 化合物 | ChemComp-CO / #3: 化合物 | ChemComp-GDP / #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 3 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.07 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 294 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 5.7 詳細: PEG 4000, 12% Cobalt Chloride, 70 mM Sodium cacodylate, pH 5.7, microbatch, temperature 21K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 10 ℃ / 手法: batch method | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 |
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放射光源 |
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検出器 |
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放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||
放射波長 |
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反射 | 解像度: 1.8→28.9 Å / Num. all: 117032 / Num. obs: 104861 / % possible obs: 89.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.89 % / Biso Wilson estimate: 20.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.058 / Net I/σ(I): 20 | |||||||||||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 1.8→1.9 Å / 冗長度: 3.62 % / Rmerge(I) obs: 0.258 / Num. unique all: 11775 / % possible all: 60.8 | |||||||||||||||||||||
反射 | *PLUS Num. measured all: 408214 | |||||||||||||||||||||
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 60.8 % / Mean I/σ(I) obs: 5.2 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 1.8→28.93 Å / Rfactor Rfree error: 0.003 / Data cutoff high absF: 1170816.61 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 44.58 Å2 / ksol: 0.384 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 32.3 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→28.93 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.8→1.86 Å / Rfactor Rfree error: 0.014 / Total num. of bins used: 10
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: CNS / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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