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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1g0e | ||||||
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タイトル | SITE-SPECIFIC MUTANT (HIS64 REPLACED WITH ALA) OF HUMAN CARBONIC ANHYDRASE II COMPLEXED WITH 4-METHYLIMIDAZOLE | ||||||
要素 | CARBONIC ANHYDRASE II炭酸脱水酵素 | ||||||
キーワード | LYASE (リアーゼ) / TWISTED BETA SHEET / CHEMICAL RESCUE / 4-METHYLIMIDAZOLE (4-メチルイミダゾール) / ZINC METALLOENZYME / PROTEIN LIGAND COMPLEX (リガンド) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 positive regulation of cellular pH reduction / positive regulation of dipeptide transmembrane transport / regulation of monoatomic anion transport / 分泌 / cyanamide hydratase / cyanamide hydratase activity / arylesterase activity / regulation of chloride transport / Reversible hydration of carbon dioxide / angiotensin-activated signaling pathway ...positive regulation of cellular pH reduction / positive regulation of dipeptide transmembrane transport / regulation of monoatomic anion transport / 分泌 / cyanamide hydratase / cyanamide hydratase activity / arylesterase activity / regulation of chloride transport / Reversible hydration of carbon dioxide / angiotensin-activated signaling pathway / positive regulation of synaptic transmission, GABAergic / morphogenesis of an epithelium / regulation of intracellular pH / 炭酸脱水酵素 / carbonate dehydratase activity / carbon dioxide transport / Erythrocytes take up oxygen and release carbon dioxide / Erythrocytes take up carbon dioxide and release oxygen / neuron cellular homeostasis / one-carbon metabolic process / apical part of cell / 髄鞘 / extracellular exosome / zinc ion binding / 細胞膜 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 1.6 Å | ||||||
データ登録者 | Duda, D. / McKenna, R. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 2001 タイトル: Structural and kinetic analysis of the chemical rescue of the proton transfer function of carbonic anhydrase II. 著者: Duda, D. / Tu, C. / Qian, M. / Laipis, P. / Agbandje-McKenna, M. / Silverman, D.N. / McKenna, R. #1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1992 タイトル: Structure of Native and Apo Carbonic Anhydrase II and Structure of Some of its Anion-ligand Complexes. 著者: Hakansson, K. / Carlsson, M. / Svensson, L.A. / Liljas, A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1g0e.cif.gz | 72.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1g0e.ent.gz | 52.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1g0e.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g0/1g0e ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g0/1g0e | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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詳細 | THE BIOLOGICAL ASSEMBLY IS A MONOMER CONSTRUCTED FROM CHAIN A |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 29221.992 Da / 分子数: 1 / 変異: H64A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 組織: BLOOD血液 / プラスミド: PET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00918, 炭酸脱水酵素 | ||
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#2: 化合物 | ChemComp-ZN / | ||
#3: 化合物 | ChemComp-HG / | ||
#4: 化合物 | ChemComp-4MZ / | ||
#5: 水 | ChemComp-HOH / | ||
非ポリマーの詳細 | THE LIGAND 4MZ IS CALLED 4MI IN THE PUBLICATIO配列の詳細 | RESIDUES 125 AND 127 ARE COVALENTLY | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.09 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.8 詳細: Ammonium Sulfate, Mercury Chloride, Tris HCl, pH 7.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 4 ℃ | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2000年3月28日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.6→25 Å / Num. all: 468251 / Num. obs: 28456 / % possible obs: 88.8 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 16.46 % / Biso Wilson estimate: 9.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.047 / Net I/σ(I): 15.2 |
反射 シェル | 解像度: 1.6→25 Å / 冗長度: 16.46 % / Rmerge(I) obs: 0.047 / Num. unique all: 28456 / % possible all: 88.8 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 468251 |
反射 シェル | *PLUS 最低解像度: 1.66 Å / % possible obs: 64.1 % / Num. unique obs: 2018 / Rmerge(I) obs: 0.107 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 1.6→25 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high absF: 918664.21 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1 / σ(I): 1 / 立体化学のターゲット値: Brunger & Adams
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 47.68 Å2 / ksol: 0.389 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 11.2 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.6→25 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.6→1.7 Å / Rfactor Rfree error: 0.016 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: CNS / バージョン: 1 / 分類: refinement | |||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS σ(F): 1 / % reflection Rfree: 4.9 % / Rfactor all: 0.18 / Rfactor obs: 179 / Rfactor Rfree: 0.2 | |||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS Biso mean: 11.2 Å2 | |||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor Rfree: 0.207 / % reflection Rfree: 4.4 % / Rfactor Rwork: 0.188 |