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- PDB-1fwx: CRYSTAL STRUCTURE OF NITROUS OXIDE REDUCTASE FROM P. DENITRIFICANS -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1fwx
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF NITROUS OXIDE REDUCTASE FROM P. DENITRIFICANS
要素NITROUS OXIDE REDUCTASE
キーワードOXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / Beta-propeller domain (Βプロペラドメイン) / cupredoxin domain / CuZ site / CuA site
機能・相同性
機能・相同性情報


亜酸化窒素レダクターゼ / nitrous-oxide reductase activity / denitrification pathway / cytochrome-c oxidase activity / ペリプラズム / copper ion binding / calcium ion binding / 生体膜
類似検索 - 分子機能
EfeO-type cupredoxin-like domain / Cupredoxin-like domain / 亜酸化窒素レダクターゼ / Nitrous-oxide reductase, C-terminal / Nitrous oxide reductase, propeller repeat 1 / Nitrous oxide reductase, propeller repeat 2 / Nitrous oxide reductase propeller repeat / Nitrous oxide reductase propeller repeat 2 / Nitrous oxide reductase, N-terminal / Cytochrome c oxidase subunit II-like C-terminal ...EfeO-type cupredoxin-like domain / Cupredoxin-like domain / 亜酸化窒素レダクターゼ / Nitrous-oxide reductase, C-terminal / Nitrous oxide reductase, propeller repeat 1 / Nitrous oxide reductase, propeller repeat 2 / Nitrous oxide reductase propeller repeat / Nitrous oxide reductase propeller repeat 2 / Nitrous oxide reductase, N-terminal / Cytochrome c oxidase subunit II-like C-terminal / Cytochrome oxidase subunit II copper A binding domain profile. / YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase / 7 Propeller / Methylamine Dehydrogenase; Chain H / Cupredoxins - blue copper proteins / Twin arginine translocation (Tat) signal profile. / Twin-arginine translocation pathway, signal sequence / Cupredoxin / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / Immunoglobulin-like / サンドイッチ / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DINUCLEAR COPPER ION / (MU-4-SULFIDO)-TETRA-NUCLEAR COPPER ION / 亜酸化窒素レダクターゼ
類似検索 - 構成要素
生物種Paracoccus denitrificans (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Brown, K. / Djinovic-Carugo, K. / Haltia, T. / Cabrito, I. / Saraste, M. / Moura, J.J. / Moura, I. / Tegoni, M. / Cambillau, C.
引用
ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2000
タイトル: Revisiting the Catalytic CuZ Cluster of Nitrous Oxide (N2O) Reductase. Evidence of a Bridging Inorganic Sulfur
著者: Brown, K. / Djinovic-Carugo, K. / Haltia, T. / Cabrito, I. / Saraste, M. / Moura, J.J. / Moura, I. / Tegoni, M. / Cambillau, C.
#1: ジャーナル: BIOCHEM.J. / 年: 2003
タイトル: Crystal structure of nitrous oxide reductase from Paracoccus denitrificans at 1.6 A resolution
著者: Haltia, T. / Brown, K. / Tegoni, M. / Cambillau, C. / Saraste, M. / Mattila, K. / Djinovic-Carugo, K.
履歴
登録2000年9月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年9月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12007年10月16日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32017年10月4日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42023年8月9日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NITROUS OXIDE REDUCTASE
B: NITROUS OXIDE REDUCTASE
C: NITROUS OXIDE REDUCTASE
D: NITROUS OXIDE REDUCTASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)267,82627
ポリマ－265,5904
非ポリマー2,23623
水47,5962642
1
A: NITROUS OXIDE REDUCTASE
B: NITROUS OXIDE REDUCTASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)133,93314
ポリマ－132,7952
非ポリマー1,13812
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area13740 Å2
ΔGint-173 kcal/mol
Surface area34700 Å2
手法PISA, PQS
2
C: NITROUS OXIDE REDUCTASE
D: NITROUS OXIDE REDUCTASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)133,89313
ポリマ－132,7952
非ポリマー1,09811
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area13570 Å2
ΔGint-169 kcal/mol
Surface area34810 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)102.595, 105.090, 116.696
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 110.69, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細The biological assembly is a dimer constructed from chains A and B, and C and D, related by the non-crystallographic two-fold.

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要素

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タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
NITROUS OXIDE REDUCTASE


分子量: 66397.500 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Paracoccus denitrificans (バクテリア) / 参照: UniProt: Q51705, EC: 1.7.99.6

-
非ポリマー , 5種, 2665分子

#2: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物


分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物
ChemComp-CUA / DINUCLEAR COPPER ION


分子量: 127.092 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu2
#5: 化合物
ChemComp-CUZ / (MU-4-SULFIDO)-TETRA-NUCLEAR COPPER ION


分子量: 286.249 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu4S
#6: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2642 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

配列の詳細sequence Clear deltaF electron density map at position 291 suggests VAL rather than ALA. CLEAR ...sequence Clear deltaF electron density map at position 291 suggests VAL rather than ALA. CLEAR DELTAF ELECTRON DENSITY MAP AT POSITION 8 SUGGESTS ALA RATHER THAN GLY.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.76 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: PEG8000, Na cacodylate, Mg acetate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: Haltia, T., (2003) BIOCHEM.J., 369, 77.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
116 %(w/v)PEG80001reservoir
280 mMsodium cacodylate1reservoir
3160 mMmagnesium acetate1reservoir
414 mg/mlprotein1drop

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW7A / 波長: 1
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2000年3月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→40 Å / Num. all: 272421 / Num. obs: 272421 / % possible obs: 91.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.05 % / Biso Wilson estimate: 20.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.051 / Net I/σ(I): 27.9
反射 シェル解像度: 1.63→1.65 Å / 冗長度: 1.3 % / Rmerge(I) obs: 0.252 / % possible all: 84.7
反射
*PLUS
最低解像度: 40 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345データ収集
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
CNS0.9精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1QNI

1qni


解像度: 1.6→29.83 Å / Rfactor Rfree error: 0.007 / Data cutoff high absF: 1693812.71 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.264 1331 0.5 %SHELLS
Rwork0.241 ---
all0.263 272421 --
obs0.263 272417 89.4 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 55.4278 Å2 / ksol: 0.372188 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 24.3 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.25 Å20 Å2-3.6 Å2
2--4.35 Å20 Å2
3----2.09 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.26 Å0.23 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.25 Å0.21 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→29.83 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数18491 0 43 2642 21176
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg2.3
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d26
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.87
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it0.311.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it0.522
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it0.322
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it0.542.5
LS精密化 シェル解像度: 1.6→1.7 Å / Rfactor Rfree error: 0.028 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.389 193 0.5 %
Rwork0.322 41629 -
obs--82.9 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMION-WITHSULPHUR.TOP
X-RAY DIFFRACTION3ION-WITHSULPHUR.PARAMWATER.TOP
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / バージョン: 0.9 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
σ(F): 0 / % reflection Rfree: 0.5 % / Rfactor obs: 0.241
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 24.3 Å2
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg2.3
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg26
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.87
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it0.311.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it0.322
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it0.522
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it0.542.5
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.389 / % reflection Rfree: 0.5 % / Rfactor Rwork: 0.322

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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