+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1fce | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | PROCESSIVE ENDOCELLULASE CELF OF CLOSTRIDIUM CELLULOLYTICUM | |||||||||
要素 | CELLULASE CELF | |||||||||
キーワード | CELLULASE DEGRADATION / FAMILY 48 / THIOOLIGOSACCHARIDE INHIBITOR / PROCESSIVE ENDO ACTION / HYDROLASE (加水分解酵素) | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Clostridium cellulolyticum (バクテリア) | |||||||||
手法 | X線回折 / 多重同系置換・異常分散 / 解像度: 2 Å | |||||||||
データ登録者 | Parsiegla, G. / Juy, M. / Haser, R. | |||||||||
引用 | ジャーナル: EMBO J. / 年: 1998 タイトル: The crystal structure of the processive endocellulase CelF of Clostridium cellulolyticum in complex with a thiooligosaccharide inhibitor at 2.0 A resolution. 著者: Parsiegla, G. / Juy, M. / Reverbel-Leroy, C. / Tardif, C. / Belaich, J.P. / Driguez, H. / Haser, R. | |||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1fce.cif.gz | 180.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb1fce.ent.gz | 144 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1fce.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fc/1fce ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fc/1fce | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 70869.875 Da / 分子数: 1 / 断片: CATALYTIC DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Clostridium cellulolyticum (バクテリア) 細胞内の位置: SECRETED ON CELLULOSOME / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 細胞内の位置 (発現宿主): CYTOPLASM / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: P37698, セルラーゼ | ||||
---|---|---|---|---|---|
#2: 多糖 | タイプ: oligosaccharideオリゴ糖 / 分子量: 696.669 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 #3: 化合物 | ChemComp-CA / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 45 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
結晶化 | pH: 7.5 / 詳細: pH 7.5 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: Reverbel-Leroy, C., (1997) Acta Crystallogr., D.54, 114. | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
|
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 288 K |
---|---|
放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH2R / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1996年7月1日 |
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE(002) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→30 Å / Num. obs: 43593 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.2 % / Biso Wilson estimate: 18.5 Å2 / Rsym value: 0.073 / Net I/σ(I): 8 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.05 Å / 冗長度: 3.9 % / Mean I/σ(I) obs: 3 / Rsym value: 0.248 / % possible all: 100 |
反射 | *PLUS Rmerge(I) obs: 0.073 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 100 % / Rmerge(I) obs: 0.248 |
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 多重同系置換・異常分散 / 解像度: 2→30 Å / Rfactor Rfree error: 0.003 / Data cutoff high absF: 1000000 / Data cutoff low absF: 0.001 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 15.3 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→30 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 2→2.09 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Total num. of bins used: 8
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Xplor file |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / バージョン: 3.8 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor obs: 0.163 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
|