+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1eyc | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | STRUCTURE OF S. NUCLEASE STABILIZING QUINTUPLE MUTANT T41I/S59A/P117G/H124L/S128A | ||||||
要素 | STAPHYLOCOCCAL NUCLEASEMicrococcal nuclease | ||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 endonuclease activity, active with either ribo- or deoxyribonucleic acids and producing 3'-phosphomonoesters / micrococcal nuclease / nucleic acid binding / extracellular region / 生体膜 / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) | ||||||
手法 | X線回折 / AB INITIO / 解像度: 1.85 Å | ||||||
データ登録者 | Chen, J. / Lu, Z. / Sakon, J. / Stites, W.E. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2000 タイトル: Increasing the thermostability of staphylococcal nuclease: implications for the origin of protein thermostability. 著者: Chen, J. / Lu, Z. / Sakon, J. / Stites, W.E. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1eyc.cif.gz | 39.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb1eyc.ent.gz | 27.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1eyc.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ey/1eyc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ey/1eyc | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 16758.332 Da / 分子数: 1 / 変異: T41I/S59A/P117G/H124L/S128A / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) 株: FOGGI / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00644, micrococcal nuclease |
---|---|
#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.71 % | |||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: MPD, Sodium phosphate buffer, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K | |||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 詳細: MPD, Sodium phosphate buffer, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K | |||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
|
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 297 K |
---|---|
放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH3R / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 1.85 Å / 最低解像度: 8 Å / % possible obs: 92.9 % |
-解析
ソフトウェア |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: AB INITIO / 解像度: 1.85→8 Å / Num. parameters: 4571 / Num. restraintsaints: 4435 / 交差検証法: FREE R / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH AND HUBER
| |||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 溶媒モデル: MOEWS & KRETSINGER, J.MOL.BIOL.91(1973)201-228 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Num. disordered residues: 4 / Occupancy sum hydrogen: 0 / Occupancy sum non hydrogen: 1133 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.85→8 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||
ソフトウェア | *PLUS 名称: SHELXL-97 / 分類: refinement | |||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Num. reflection obs: 8958 / σ(I): 4 / Rfactor obs: 0.1674 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS Biso mean: 49.58 Å2 |