+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1eq8 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | THREE-DIMENSIONAL STRUCTURE OF THE PENTAMERIC HELICAL BUNDLE OF THE ACETYLCHOLINE RECEPTOR M2 TRANSMEMBRANE SEGMENT | ||||||
要素 | ACETYLCHOLINE RECEPTOR PROTEINアセチルコリン受容体 | ||||||
キーワード | SIGNALING PROTEIN / NEUROTRANSMITTER RECEPTOR (神経伝達物質受容体) / M2 / LIPID BILAYERS (脂質二重層) / ION-CHANNEL (イオンチャネル) / HELICAL BUNDLE (ヘリックスバンドル) / PENTAMERIC BUNDLE | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 acetylcholine-gated monoatomic cation-selective channel activity / transmembrane signaling receptor activity / postsynaptic membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Torpedo californica (ゴマフシビレエイ) | ||||||
手法 | 個体NMR / X-PLOR 3.1, distance geometry, simulated annealing, molecular dynamics, FISI, FINGERPRINT, HOLE | ||||||
データ登録者 | Marassi, F.M. / Gesell, J.J. / Kim, Y. / Valente, A.P. / Oblatt-Montal, M. / Montal, M. / Opella, S.J. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1999 タイトル: Structures of the M2 channel-lining segments from nicotinic acetylcholine and NMDA receptors by NMR spectroscopy. 著者: Opella, S.J. / Marassi, F.M. / Gesell, J.J. / Valente, A.P. / Kim, Y. / Oblatt-Montal, M. / Montal, M. #1: ジャーナル: J.BIOMOL.NMR / 年: 1999 タイトル: Dilute Spin-Exchange Assignment of Solid-State NMR Spectra of Oriented Proteins: Acetylcholine M2 in Bilayers 著者: Marassi, F.M. / Gesell, J.J. / Valente, A.P. / Kim, Y. / Oblatt-Montal, M. / Montal, M. / Opella, S.J. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1eq8.cif.gz | 43.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb1eq8.ent.gz | 34.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1eq8.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eq/1eq8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eq/1eq8 | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| |||||||||
NMR アンサンブル |
|
-要素
#1: タンパク質・ペプチド | 分子量: 2522.013 Da / 分子数: 5 / 断片: M2 SEGMENT / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Torpedo californica (ゴマフシビレエイ) Cell: NEURON / 細胞内の位置: POST-SYNAPTIC MEMBRANE / 器官: BRAIN脳 / プラスミド: PMAL / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P02718 #2: 化合物 | ChemComp-OH / | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 個体NMR | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
NMR実験 |
| ||||||||||||
NMR実験の詳細 | Text: The orientation of each monomer in the pentameric bundle was obtained from the combination of the solution NMR (PDB file 1a11) and solid-state NMR (PDB file 1cek) structures |
-試料調製
詳細 |
| ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
試料状態 |
| ||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: その他 / 詳細: NMR |
-NMR測定
NMRスペクトロメーター |
|
---|
-解析
NMR software |
| ||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 手法: X-PLOR 3.1, distance geometry, simulated annealing, molecular dynamics, FISI, FINGERPRINT, HOLE ソフトェア番号: 1 詳細: The backbone coordinates obtained from solution NMR were superimposed on the coordinates obtained from solid-state NMR to fix the helix orientation and rotation in the membrane. The ...詳細: The backbone coordinates obtained from solution NMR were superimposed on the coordinates obtained from solid-state NMR to fix the helix orientation and rotation in the membrane. The pentameric array was then optimized using molecular dynamics. Pore contours were calculated with the program HOLE. | ||||||||||||||||||||
代表構造 | 選択基準: minimized average structure | ||||||||||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: structures with favorable non-bond energy 計算したコンフォーマーの数: 30 / 登録したコンフォーマーの数: 1 |