+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1e9o | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Crystal structure of bovine SOD - 1 of 3 | ||||||
要素 | (SUPEROXIDE DISMUTASEスーパーオキシドディスムターゼ) x 2 | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / SOD / ENZYME (酵素) / SUPEROXIDE (超酸化物) / ASYMMETRY | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 neurofilament cytoskeleton organization / protein phosphatase 2B binding / relaxation of vascular associated smooth muscle / response to superoxide / peripheral nervous system myelin maintenance / retina homeostasis / negative regulation of cholesterol biosynthetic process / hydrogen peroxide biosynthetic process / auditory receptor cell stereocilium organization / regulation of protein kinase activity ...neurofilament cytoskeleton organization / protein phosphatase 2B binding / relaxation of vascular associated smooth muscle / response to superoxide / peripheral nervous system myelin maintenance / retina homeostasis / negative regulation of cholesterol biosynthetic process / hydrogen peroxide biosynthetic process / auditory receptor cell stereocilium organization / regulation of protein kinase activity / myeloid cell homeostasis / muscle cell cellular homeostasis / superoxide metabolic process / heart contraction / positive regulation of catalytic activity / スーパーオキシドディスムターゼ / transmission of nerve impulse / superoxide dismutase activity / regulation of multicellular organism growth / response to axon injury / glutathione metabolic process / ovarian follicle development / 着床 / reactive oxygen species metabolic process / dendrite cytoplasm / removal of superoxide radicals / regulation of mitochondrial membrane potential / locomotory behavior / response to organic substance / positive regulation of cytokine production / sensory perception of sound / response to hydrogen peroxide / 血圧 / ペルオキシソーム / protein polyubiquitination / ubiquitin-protein transferase activity / response to heat / protein-folding chaperone binding / cytoplasmic vesicle / 精子形成 / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / response to ethanol / intracellular iron ion homeostasis / negative regulation of neuron apoptotic process / positive regulation of MAPK cascade / copper ion binding / neuronal cell body / protein homodimerization activity / protein-containing complex / ミトコンドリア / zinc ion binding / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | BOS TAURUS (ウシ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å | ||||||
データ登録者 | Hough, M.A. / Samar Hasnain, S. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2000 タイトル: Conformational Variability of the Cu Site in One Subunit of Bovine Cuzn Superoxide Dismutase: The Importance of Mobility in the Glu119-Leu142 Loop Region for Catalytic Function 著者: Hough, M.A. / Strange, R.W. / Hasnain, S.S. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1e9o.cif.gz | 73.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb1e9o.ent.gz | 53.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1e9o.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e9/1e9o ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e9/1e9o | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 15578.227 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) BOS TAURUS (ウシ) / Cell: EUKARYOTE / 細胞内の位置: CYTOPLASM細胞質 / 器官: BLOOD血液 参照: UniProt: P00442, スーパーオキシドディスムターゼ | ||||
---|---|---|---|---|---|
#2: タンパク質 | 分子量: 15648.406 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) BOS TAURUS (ウシ) / Cell: EUKARYOTE / 細胞内の位置: CYTOPLASM細胞質 / 器官: BLOOD血液 参照: UniProt: P00442, スーパーオキシドディスムターゼ | ||||
#3: 化合物 | ChemComp-CU / #4: 水 | ChemComp-HOH / | 構成要素の詳細 | DESTROYS RADICALS TOXIC TO BIOLOGICAL SYSTEMS WHICH ARE NORMALLY PRODUCED WITHIN THE CELLS 2 ...DESTROYS RADICALS TOXIC TO BIOLOGICAL | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.87 Å3/Da / 溶媒含有率: 55 % | ||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
結晶化 | pH: 4 / 詳細: PEG-4000, NACL, pH 4.00 | ||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 4 ℃ / pH: 6.5 / 手法: 蒸気拡散法 | ||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
|
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 287 K |
---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-6A / 波長: 1 |
検出器 | タイプ: FUJI / 検出器: IMAGE PLATE |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.85→25 Å / Num. obs: 68261 / % possible obs: 83.7 % / 冗長度: 3 % / Biso Wilson estimate: 18 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.061 / Net I/σ(I): 9.1 |
反射 シェル | 解像度: 1.85→1.9 Å / 冗長度: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.28 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / % possible all: 84 |
反射 | *PLUS Num. obs: 25532 / Num. measured all: 68261 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 84 % / Rmerge(I) obs: 0.28 |
-解析
ソフトウェア |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1CBJ 解像度: 1.85→8 Å / SU B: 2.1 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.15
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 24.8 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.85→8 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ソフトウェア | *PLUS 名称: REFMAC / 分類: refinement | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor Rfree: 0.23 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |